Example/Rename.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: Rename.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/09/01 11:17:32 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDirList.h"
  21 #include "gdcmArgMgr.h"
  22
  23 int main(int argc, char *argv[])
  24 {
  25    START_USAGE(usage)
  26    " \n copies and renames the files within a directory as ima-SeriesNumber-ImageNumber.dcm (usefull for unaware users!)\n",
  27    " usage:  Rename dirin=inputDirectoryName  ",
  28    "                dirout=outputDirectoryName",
  29    "                [rec] [fix]                    ",
  30    "      rec : user wants to parse recursively the directory                 ",
  31    "      fix : user want fix length (4) for SeriesNumber/ ImageNumber        ",
  32    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
  33    "      warning    : user wants to be warned about any oddity in the File   ",
  34    "      verose     : user wants to be warned about the programm processing  ",
  35
  36    FINISH_USAGE
  37
  38    // Initialize Arguments Manager
  39    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am= new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  40
  41    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
  42    {
  43       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  44       delete am;
  45       return 1;
  46    }
  47
  48    const char *dirNameIn   = am->ArgMgrGetString("dirin");
  49    const char *dirNameOut  = am->ArgMgrGetString("dirout");
  50
  51    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  52       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  53
  54    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  55       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  56
  57    bool rec      = ( 0 != am->ArgMgrDefined("rec") );
  58    bool fix      = ( 0 != am->ArgMgrDefined("fix") );
  59    bool verbose  = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  60
  61    /* if unused Param we give up */
  62    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  63    {
  64       am->ArgMgrUsage(usage);
  65       delete am;
  66       return 1;
  67    }
  68
  69    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  70
  71    // ----------- End Arguments Manager ---------
  72
  73    // =============================== Deal with a Directory =====================
  74
  75 #ifdef _MSC_VER
  76    std::string copyinstr("copy");
  77 #else
  78    std::string copyinstr("cp");
  79 #endif
  80
  81    char copy[4096]; // Hope it's enough!
  82
  83 /*
  84    char format[5]; // "%d" or "%04d"
  85
  86    if (fix)
  87       sprintf(format, "%s", "%04d");
  88    else
  89       sprintf(format, "%s", "%d");
  90 */
  91
  92    std::cout << "dirNameIn [" << dirNameIn << "]" << std::endl;
  93
  94    GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirNameIn, rec); // gets recursively (or not) the file list
  95    GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
  96    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  97    bool res;
  98
  99    if (fileList.size() == 0)
 100    {
 101       std::cout << "No file found in : [" << dirNameIn << "]" << std::endl;
 102    }
 103
 104    // Remember :
 105    //0020|0011 [IS]  [Series Number]
 106    //0020|0012 [IS]  [Acquisition Number]
 107    //0020|0013 [IS]  [Instance Number]
 108
 109    std::string  strSeriesNumber;
 110    std::string  strAcquisitionNumber;
 111    std::string  strInstanceNumber;
 112    int SeriesNumber;
 113    int AcquisitionNumber;
 114    int InstanceNumber;
 115
 116    for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 117                                  it != fileList.end();
 118                                  ++it )
 119    {
 120       if (verbose)
 121          std::cout << std::endl<<" Start processing :[" << it->c_str() << "]"
 122                    << std::endl;
 123       f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 124       f->SetFileName( it->c_str() );
 125       res = f->Load();
 126
 127       if ( !res )
 128       {
 129             std::cout << "Cannot process file [" << it->c_str() << "]"
 130                       << std::endl;
 131             std::cout << "Either it doesn't exist, or it's read protected "
 132                       << std::endl;
 133             std::cout << "or it's not a Dicom File, or its 'header' is bugged"
 134                       << std::endl;
 135             std::cout << "use 'PrintFile filein=... debug' "
 136                       << "to try to guess the pb"
 137                       << std::endl;
 138             f->Delete();
 139             continue;
 140       }
 141
 142       int number;
 143
 144       strSeriesNumber = f->GetEntryString(0x0020,0x0011);
 145       if ( strSeriesNumber != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 146       {
 147        if (verbose) std::cout << " SeriesNumber [" <<  strSeriesNumber << "]" << std::endl;
 148          SeriesNumber = atoi(strSeriesNumber.c_str());
 149       }
 150
 151       strAcquisitionNumber = f->GetEntryString(0x0020,0x0012);
 152       if ( strAcquisitionNumber != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 153       {
 154        if (verbose) std::cout << " AcquisitionNumber [" <<  strAcquisitionNumber << "]" << std::endl;
 155          AcquisitionNumber = atoi(strAcquisitionNumber.c_str());
 156          number = AcquisitionNumber;
 157       }
 158
 159       strInstanceNumber = f->GetEntryString(0x0020,0x0013);
 160       if ( strInstanceNumber != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 161       {
 162        if (verbose) std::cout << " InstanceNumber [" <<  strInstanceNumber << "]" << std::endl;
 163          InstanceNumber = atoi(strInstanceNumber.c_str());
 164          number = InstanceNumber;
 165       }
 166
 167       if (fix)
 168          sprintf (copy, "%s %s %s%cima-%04d-%04d.dcm",
 169                       copyinstr.c_str(),
 170                       it->c_str(),
 171                       dirNameOut, GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR, SeriesNumber,  number);
 172       else
 173          sprintf (copy, "%s %s %s%cima-%d-%d.dcm",
 174                       copyinstr.c_str(),
 175                       it->c_str(),
 176                       dirNameOut, GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR, SeriesNumber,  number);
 177
 178
 179        if (verbose) std::cout << copy << std::endl;
 180        system (copy);
 181    }
 182 }
 183
 184