Example/SplitIntoXCoherentDirectoriesIgnoreSerieUID.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: SplitIntoXCoherentDirectoriesIgnoreSerieUID.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/08/25 14:37:05 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmSerieHelper.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmFile.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include <iostream>
  23 #include "gdcmDirList.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25 #include "gdcmArgMgr.h"
  26 #include "gdcmDictSet.h"  // for GetName
  27 int main(int argc, char *argv[])
  28 {
  29
  30    START_USAGE(usage)
  31    "\n SplitIntoCoherentFileSetIgnoreSerieUID :\n                             ",
  32    "Shows the various 'XCoherent' Filesets within a directory                 ",
  33    "Optionaly copies the images in a Directories tree                          ",
  34    "usage: SplitIntoCoherentFileSetIgnoreSerieUID{dirin=inputDirectoryName}   ",
  35    "                           dirout=outputDirectoryName                     ",
  36    "                       { tag=group-elem | pos | ori } [sort]              ",
  37    "                       [{ write | copy }]                                 ",
  38    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  39    "                       [studyUID = ]                                                           ",
  40    "       dirin : user wants to analyze *all* the files                      ",
  41    "                            within the directory                          ",
  42    "       write : user wants to create directories                           ",
  43    "       dirout : will be created if doesn't exist                          ",
  44    "       pos  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  45    "                         'Image Position '                                ",
  46    "       ori  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  47    "                         'Image Orientation '                             ",
  48    "       tag : group-elem    (in hexa, no space)                            ",
  49    "                       the user wants to split on                         ",
  50    "       sort :  user wants FileHelper to sort the images                   ",
  51    "               Warning : will probabely crash if sort has no meaning      ",
  52    "                (not only look at image names)                            ",
  53    "       studyUID   : *aware* user wants to add the serie                   ",
  54    "                                             to an already existing study ",
  55    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  56    "       debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'   ",
  57    FINISH_USAGE
  58
  59    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  60
  61    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  62
  63    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  64    {
  65       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  66       delete am;
  67       return 0;
  68    }
  69
  70    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  71       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  72
  73    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  74
  75    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  76    if (dirName == 0)
  77    {
  78        std::cout <<std::endl
  79                  << "'dirin=' must be present;"
  80                  <<  std::endl;
  81        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  82        delete am;
  83        return 0;
  84    }
  85
  86    const char *dirNameout;
  87    dirNameout  = am->ArgMgrGetString("dirout",".");
  88
  89    bool pos  =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("pos") );
  90    bool ori  =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("ori") );
  91    bool sort =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("sort") );
  92    bool copy =    ( 0 != am->ArgMgrDefined("copy") );
  93    bool write =   ( 0 != am->ArgMgrDefined("write") );
  94    bool verbose = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  95    bool tag     = ( 0 != am->ArgMgrDefined("tag") );
  96
  97    if( copy && write )
  98    {
  99       std::cout << "COPY and WRITE are mutually exclusive" << std::endl;
 100       delete am;
 101       return 0;
 102    }
 103
 104    if( (tag && (pos || ori)) || (pos && (tag || ori)) || (ori && (tag || pos)) )
 105    {
 106       std::cout << " POS, ORI and TAG are mutually exclusive" << std::endl;
 107       delete am;
 108       return 0;
 109    }
 110
 111    if( (!tag && !pos && !ori))
 112    {
 113       std::cout << " One of POS, ORI and TAG is mandatory!" << std::endl;
 114       delete am;
 115       return 0;
 116    }
 117    int nb;
 118    uint16_t *groupelem;
 119    if (tag)
 120    {
 121       groupelem = am->ArgMgrGetXInt16Enum("tag", &nb);
 122       if (nb != 1)
 123       {
 124          std::cout << "TAG : one and only one group,elem!" << std::endl;
 125          delete am;
 126          return 0;
 127       }
 128    }
 129
 130    bool userDefinedStudy = ( 0 != am->ArgMgrDefined("userDefinedStudy") );
 131    const char *studyUID  = am->ArgMgrGetString("studyUID");
 132
 133    /* if unused Param we give up */
 134    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 135    {
 136       am->ArgMgrUsage(usage);
 137       delete am;
 138       return 0;
 139    }
 140
 141    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 142
 143
 144    GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *s;
 145    s = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 146
 147    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 148
 149    GDCM_NAME_SPACE::DirList dirlist(dirName, true); // recursive exploration
 150    GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileNames = dirlist.GetFilenames();
 151    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l = new GDCM_NAME_SPACE::FileList;
 152
 153    std::string replaceChar("_");
 154 // Loop on all the gdcm-readable files
 155    for (GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it = fileNames.begin();
 156                                     it != fileNames.end();
 157                                   ++it)
 158    {
 159       if (verbose)
 160          std::cout << *it << std::endl;
 161       f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 162       f->SetLoadMode(loadMode);       // load any DataElement
 163       f->SetMaxSizeLoadEntry(0x7fff); // load any length
 164       f->SetFileName( *it );
 165       f->Load();
 166       l->push_back(f);
 167    }
 168
 169 /* ===========================================================================================*/
 170    std::string systemCommand;
 171    std::string filenameout;
 172    if (write) {
 173       if (verbose)
 174          std::cout << "Check for output directory :[" << dirNameout << "]."
 175                    <<std::endl;
 176       if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(dirNameout) )    // dirout not found
 177       {
 178          std::string strDirNameout(dirNameout);          // to please gcc 4
 179          systemCommand = "mkdir \"" +strDirNameout + "\"";        // create it!
 180          if (verbose)
 181             std::cout << systemCommand << std::endl;
 182          system (systemCommand.c_str());
 183          if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(dirNameout) ) // be sure it worked
 184          {
 185              std::cout << "KO : not a dir : [" << dirNameout << "] (creation failure ?)"
 186                        << std::endl;
 187          return 0;
 188          }
 189          else
 190          {
 191             if (verbose)
 192                std::cout << "Directory [" << dirNameout << "] created." << std::endl;
 193          }
 194       }
 195       else
 196       {
 197          if (verbose)
 198             std::cout << "Output Directory [" << dirNameout
 199                       << "] already exists; Used as is."
 200                       << std::endl;
 201       }
 202    }
 203       // --> End of checking supposed-to-be-directory names
 204
 205    int nbFiles;
 206    std::string fileName;
 207
 208    // For all the Single SerieUID Files Sets of the GDCM_NAME_SPACE::Serie
 209
 210   // GDCM_NAME_SPACE::FileList *l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();//===> Ignore 'Serie UID"
 211
 212    GDCM_NAME_SPACE::XCoherentFileSetmap xcm;
 213
 214    std::string serieUID;
 215    std::string currentSerieWriteDir = "";
 216    std::string xCoherentWriteDir = "";
 217    std::string xCoherentName = "";
 218    std::string serieDirectory;
 219    std::string lastFilename;
 220    std::string rep("_");
 221    int controlCount = 0;
 222
 223    // 'Study Instance UID'
 224    // The user is allowed to create his own Study,
 225    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
 226    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
 227    //          adding new Series to an already existing Study
 228    std::string strStudyUID;
 229    if ( !userDefinedStudy )
 230       strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 231    else
 232       strStudyUID = studyUID;
 233
 234
 235 //   while (l) // for each 'Single SerieUID FileSet' //===> Ignore 'Serie UID"
 236 //   {
 237       nbFiles = l->size() ;
 238       if ( l->size() > 2 ) // ignore a Directory with less than 2 images.
 239                            // Why not ? Just an example, for testing!
 240       {
 241           // Just not to make too many modif in the code
 242           //serieUID = "SingleSerie"; // s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID();
 243           serieUID = s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID();
 244           GDCM_NAME_SPACE::Util::ReplaceSpecChar(serieUID, rep);
 245
 246           // --- for write
 247           if (write)
 248           {
 249              currentSerieWriteDir = currentSerieWriteDir + dirNameout;
 250              unsigned int l = strlen(dirNameout)-1;
 251              if ( dirNameout[l] != '/'  &&  dirNameout[l] != '\\')
 252                 currentSerieWriteDir = currentSerieWriteDir + GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR;
 253
 254              currentSerieWriteDir = currentSerieWriteDir + serieUID;
 255              if (verbose)
 256                 std::cout << "[" << currentSerieWriteDir<< "]" << std::endl;
 257             // if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(currentSerieWriteDir) )
 258              {
 259                 systemCommand   = "mkdir \"" + currentSerieWriteDir + "\"";
 260                 system( systemCommand.c_str());
 261                 if (verbose)
 262                    std::cout <<  "1 " <<systemCommand << std::endl;
 263              }
 264          }
 265           // --- end for write
 266
 267          std::cout << "Split the 'Single SerieUID' FileSet :["
 268                    << serieUID
 269                    << "]  " << nbFiles << " long" << std::endl;
 270          std::cout << "-----------------------------------" << std::endl;
 271
 272          if (ori)
 273             xcm = s->SplitOnOrientation(l);
 274          else if (pos)
 275             xcm = s->SplitOnPosition(l);
 276          else if (groupelem != 0) {
 277
 278          std:: cout << GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(groupelem[0],groupelem[1])->GetName() << std::endl;
 279
 280             xcm = s->SplitOnTagValue(l, groupelem[0],groupelem[1] );
 281          }
 282
 283          GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh;
 284
 285          for (GDCM_NAME_SPACE::XCoherentFileSetmap::iterator i = xcm.begin();
 286                                                   i != xcm.end();
 287                                                 ++i)
 288          {
 289             xCoherentName = (*i).first;
 290             if (verbose)
 291                std::cout << "==========================================xCoherentName = " << xCoherentName << std::endl;
 292              GDCM_NAME_SPACE::Util::ReplaceSpecChar(xCoherentName, rep);
 293              // --- for write
 294              if (write)
 295              {
 296                 xCoherentWriteDir = currentSerieWriteDir + GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR+ xCoherentName;
 297                // if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(xCoherentWriteDir) )
 298                 {
 299                    systemCommand   = "mkdir \"" + xCoherentWriteDir + "\"";
 300                    system( systemCommand.c_str());
 301                    if (verbose)
 302                       std::cout << "2 " << systemCommand << std::endl;
 303                 }
 304             }
 305             // --- end for write
 306
 307             if (ori)
 308                std::cout << "Orientation : ";
 309             else if (pos)
 310                std::cout << "Position : ";
 311             else if (groupelem != 0)
 312                std::cout << "Tag (" << std::hex << groupelem[0]
 313                          << "|" << groupelem[1] << ") value : ";
 314             std::cout << "[" << (*i).first << "]" << std::endl;
 315
 316             if (verbose)
 317                std::cout << "xCoherentName [" << xCoherentName << "]" << std::endl;
 318
 319            // Within a 'just to see' program,
 320            // OrderFileList() causes trouble, since some files
 321            // (eg:MIP views) don't have 'Position', now considered as mandatory
 322            // --> Activated on user demand.
 323
 324            if (sort) {
 325               s->OrderFileList((*i).second);  // sort the XCoherent Fileset
 326               std::cout << "ZSpacing for the file set " << s->GetZSpacing()
 327                         << std::endl;
 328            }
 329
 330             std::string strSerieUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();
 331
 332             for (GDCM_NAME_SPACE::FileList::iterator it2 =  ((*i).second)->begin();
 333                                           it2 != ((*i).second)->end();
 334                                         ++it2)
 335             {
 336                controlCount ++;
 337                fileName = (*it2)->GetFileName();
 338                std::cout << "    " << fileName << std::endl;
 339
 340                lastFilename =  GDCM_NAME_SPACE::Util::GetName( fileName );
 341
 342                // If you want to create file names of your own, here is the place!
 343                // Just replace 'lastFilename' by anything that's better for you.
 344                GDCM_NAME_SPACE:: Util::ReplaceSpecChar(lastFilename, replaceChar);
 345
 346                filenameout = xCoherentWriteDir  + GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR+ lastFilename;
 347                   //systemCommand   = "cp \"" + fileName + " \"" + filenameout;
 348                   //system( systemCommand.c_str());
 349               // --- for write
 350                if (write)
 351                {
 352                   fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( (*it2) );
 353                   fh->SetKeepOverlays( true );
 354                   fh->InsertEntryString(strSerieUID,0x0020,0x000e,"UI");
 355                   unsigned int dataSize  = fh->GetImageDataRawSize();
 356                   uint8_t *imageData = fh->GetImageDataRaw();// somewhat important : Loads the Pixels in memory !
 357                   if (!imageData)
 358                      std::cout << "fail to read [" << (*it2)->GetFileName() << std::endl;
 359                   fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 360                   fh->SetContentType(GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 361                   if (!fh->Write(filenameout))
 362                   {
 363                      std::cout << "Fail to write :[" << filenameout << "]"
 364                                << std::endl;
 365                   }
 366                   if (verbose)
 367                      std::cout << "3 " << systemCommand << std::endl;
 368                   fh->Delete();
 369            }
 370                // --- end for write
 371             }
 372             std::cout << std::endl;
 373          }
 374       }
 375      // l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet(); //===> Ignore 'Serie UID"
 376 // }
 377
 378    if ( controlCount == 0 )
 379       std::cout << "No suitable file was found!" << std::endl;
 380
 381    s->Delete();
 382 /*===============================================================================================*/
 383    return 0;
 384 }