Example/TestCopyDicom.cxx

   1 #include "gdcmHeader.h"
   2 #include "gdcmFile.h"
   3 #include "gdcmDocument.h"
   4 #include "gdcmValEntry.h"
   5 #include "gdcmBinEntry.h"
   6
   7 #ifndef _WIN32
   8 #include <unistd.h> //for access, unlink
   9 #else
  10 #include <io.h> //for _access
  11 #endif
  12
  13 // return true if the file exists
  14 bool FileExists(const char* filename)
  15 {
  16 #ifdef _MSC_VER
  17 # define access _access
  18 #endif
  19 #ifndef R_OK
  20 # define R_OK 04
  21 #endif
  22   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  23     {
  24     return false;
  25     }
  26   else
  27     {
  28     return true;
  29     }
  30 }
  31
  32 bool RemoveFile(const char* source)
  33 {
  34 #ifdef _MSC_VER
  35 #define _unlink unlink
  36 #endif
  37   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  38 }
  39
  40 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
  41 // copying field by field the dicom image
  42
  43 int main(int argc, char* argv[])
  44 {
  45    if (argc < 3)
  46    {
  47       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  48       argv[0] << " input_dicom output_dicom" << std::endl;
  49       return 1;
  50    }
  51
  52 // don't modify identation in order to let this source xdiffable with ../Test
  53
  54       std::string filename = argv[1];
  55       std::string output = argv[2];
  56
  57       if( FileExists( output.c_str() ) )
  58       {
  59          std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  60          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  61          {
  62             std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  63             return 1;
  64          }
  65       }
  66       gdcm::File *original = new gdcm::File( filename );
  67
  68       std::cout << "--- Original ----------------------" << std::endl;
  69       //original->GetHeader()->Print();
  70
  71       gdcm::File *copy = new gdcm::File( output );
  72
  73       const gdcm::TagDocEntryHT & Ht = original->GetHeader()->GetTagHT();
  74
  75       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  76       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
  77
  78       //First of all copy the header field by field
  79
  80       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  81       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  82       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  83       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  84
  85       gdcm::DocEntry* d;
  86
  87       for (gdcm::TagDocEntryHT::const_iterator tag = Ht.begin(); tag != Ht.end(); ++tag)
  88       {
  89          d = tag->second;
  90          d->Print(); std::cout << std::endl;
  91          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  92          {
  93             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
  94                                  b->GetBinArea(),
  95                                  b->GetLength(),
  96                                  b->GetGroup(),
  97                                  b->GetElement(),
  98                                  b->GetVR() );
  99          }
 100          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 101          {
 102             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 103                                  v->GetValue(),
 104                                  v->GetGroup(),
 105                                  v->GetElement(),
 106                                  v->GetVR() );
 107          }
 108          else
 109          {
 110           // We skip pb of SQ recursive exploration
 111           //std::cout << "Skipped Sequence "
 112           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 113           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 114           //  << std::endl;
 115          }
 116       }
 117
 118
 119
 120
 121
 122       //copy->GetImageData();
 123       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 124
 125       std::cout << "--- Copy ----------------------" << std::endl;
 126       std::cout <<std::endl << "DO NOT care about Offset"  <<std::endl<<std::endl;;
 127       copy->GetHeader()->Print();
 128       std::cout << "--- ---- ----------------------" << std::endl;
 129
 130       copy->WriteDcmExplVR( output );
 131
 132       return 0;
 133 }
 134
 135
 136