Example/TestCopyDicom.cxx

   1 #include "gdcmHeader.h"
   2 #include "gdcmFile.h"
   3 #include "gdcmDocument.h"
   4 #include "gdcmValEntry.h"
   5 #include "gdcmBinEntry.h"
   6
   7 #ifndef _WIN32
   8 #include <unistd.h> //for access, unlink
   9 #endif
  10
  11 // return true if the file exists
  12 bool FileExists(const char* filename)
  13 {
  14 #ifdef _MSC_VER
  15 # define access _access
  16 #endif
  17 #ifndef R_OK
  18 # define R_OK 04
  19 #endif
  20   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  21     {
  22     return false;
  23     }
  24   else
  25     {
  26     return true;
  27     }
  28 }
  29
  30 bool RemoveFile(const char* source)
  31 {
  32 #ifdef _MSC_VER
  33 #define _unlink unlink
  34 #endif
  35   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  36 }
  37
  38 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
  39 // copying field by field the dicom image
  40
  41 int main(int argc, char* argv[])
  42 {
  43    if (argc < 3)
  44    {
  45       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  46       argv[0] << " input_dicom output_dicom" << std::endl;
  47       return 1;
  48    }
  49
  50 // don't modify identation in order to let this source xdiffable with ../Test
  51
  52       std::string filename = argv[1];
  53       std::string output = argv[2];
  54
  55       if( FileExists( output.c_str() ) )
  56       {
  57          std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  58          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  59          {
  60             std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  61             return 1;
  62          }
  63       }
  64       gdcmFile *original = new gdcmFile( filename );
  65
  66       std::cout << "--- Original ----------------------" << std::endl;
  67       //original->GetHeader()->Print();
  68
  69       gdcmFile *copy = new gdcmFile( output );
  70
  71       TagDocEntryHT & Ht = original->GetHeader()->GetEntry();
  72
  73       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  74       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
  75
  76       //First of all copy the header field by field
  77
  78       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  79       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  80       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  81       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  82
  83       gdcmDocEntry* d;
  84
  85       for (TagDocEntryHT::iterator tag = Ht.begin(); tag != Ht.end(); ++tag)
  86       {
  87          d = tag->second;
  88          d->Print(); std::cout << std::endl;
  89          if ( gdcmBinEntry* b = dynamic_cast<gdcmBinEntry*>(d) )
  90          {
  91             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
  92                                  b->GetBinArea(),
  93                                  b->GetLength(),
  94                                  b->GetGroup(),
  95                                  b->GetElement(),
  96                                  b->GetVR() );
  97          }
  98          else if ( gdcmValEntry* v = dynamic_cast<gdcmValEntry*>(d) )
  99          {
 100             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 101                                  v->GetValue(),
 102                                  v->GetGroup(),
 103                                  v->GetElement(),
 104                                  v->GetVR() );
 105          }
 106          else
 107          {
 108           // We skip pb of SQ recursive exploration
 109           //std::cout << "Skipped Sequence "
 110           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 111           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 112           //  << std::endl;
 113          }
 114       }
 115
 116
 117
 118
 119
 120       //copy->GetImageData();
 121       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 122
 123       std::cout << "--- Copy ----------------------" << std::endl;
 124       std::cout <<std::endl << "DO NOT care about Offset"  <<std::endl<<std::endl;;
 125       copy->GetHeader()->Print();
 126       std::cout << "--- ---- ----------------------" << std::endl;
 127
 128       copy->WriteDcmExplVR( output );
 129
 130       return 0;
 131 }
 132
 133
 134