Example/ToInTag.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ToInTag.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/02/23 18:26:17 $
   7   Version:   $Revision: 1.9 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmDocEntry.h"
  19 #include "gdcmDicomDir.h"
  20 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 #include "gdcmFileHelper.h"
  23 #include "gdcmDirList.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25 #include "gdcmArgMgr.h"
  26 #include "gdcmUtil.h"
  27 #include "gdcmSerieHelper.h"
  28
  29 #include <iostream>
  30
  31 /**
  32   * \brief
  33   *          - explores recursively the given directory
  34   *          - keeps the requested series
  35   *          - orders the gdcm-readable found Files
  36   *            according to their Patient/Study/Serie/Image characteristics
  37   *          - fills a single level Directory with *all* the files,
  38   *            converted into a Brucker-like Dicom, Intags compliant
  39   */
  40
  41 typedef std::map<std::string, gdcm::File*> SortedFiles;
  42
  43 int main(int argc, char *argv[])
  44 {
  45    START_USAGE(usage)
  46    " \n ToInTag :\n                                                           ",
  47    " - explores recursively the given directory,                              ",
  48    " - keeps the requested series/ drops the unrequested series               ",
  49    " - orders the gdcm-readable found Files according to their                ",
  50    "           (0x0010, 0x0010) Patient's Name                                ",
  51    "           (0x0020, 0x000e) Series Instance UID                           ",
  52    "           (0x0020, 0x0032) Image Position (Patient)                      ",
  53    "           (0x0018, 0x1060) Trigger Time                                  ",
  54    "           (0x0018, 0x1312) In-plane Phase Encoding Direction             ",
  55    " - fills a single level (*) Directory with *all* the files,               ",
  56    "           converted into a Brucker-like Dicom, InTags compliant          ",
  57    "   (*) actually : creates as many directories as Patients                 ",
  58    "                  -that shouldn't appear, but being carefull is better ! -",
  59    " or                                                                       ",
  60    " - fills a tree-like structure of directories as :                        ",
  61    "        - Patient                                                         ",
  62    "        -- Serie                                                          ",
  63    "        --- Position                                                      ",
  64    "            Images are (sorted by Trigger Time /                          ",
  65    "                     Encoding Direction (Row, Column)                     ",
  66    "      use :                                                               ",
  67    "           0x0021, 0x1020 : 'SLICE INDEX'                                 ",
  68    "           0x0021, 0x1040 : 'FRAME INDEX'                                 ",
  69    "           0x0020, 0x0012 : 'SESSION INDEX'  (Acquisition Number)         ",
  70    " usage:                                                                   ",
  71    " ToInTag          dirin=rootDirectoryName                                 ",
  72    "                  dirout=outputDirectoryName                              ",
  73    "                  {  [keep= list of seriesNumber to process]              ",
  74    "                   | [drop= list of seriesNumber to ignore] }             ",
  75    "                  [taggrid] [skel]                                        ",
  76    "                  [input = {ACR|DCM}]                                     ",
  77    "                  [extent=image suffix (.IMA, .NEMA, .DCM, ...)]          ",
  78    "                  [listonly] [split]                                      ",
  79    "                  [noshadowseq][noshadow][noseq] [verbose] [debug]        ",
  80    "                                                                          ",
  81    " dirout : will be created if doesn't exist                                ",
  82    " keep : if user wants to process a limited number of series               ",
  83    "            he gives the list of 'SeriesNumber' (tag 0020|0011)           ",
  84    " drop : if user wants to ignore a limited number of series                ",
  85    "            he gives the list of 'SeriesNumber' (tag 0020|0011)           ",
  86    "        SeriesNumber are short enough to be human readable                ",
  87    "        e.g : 1030,1035,1043                                              ",
  88    " taggrid : user knows all the images are 'grid' -ie : not 'col', not 'raw'",
  89    " extent : DO NOT forget the leading '.' !                                 ",
  90    " skel: name skeleton eg : patName_1.nema -> skel=patName_                 ",
  91    " split: creates a tree-like structure of directories as :                 ",
  92    "        - Patient                                                         ",
  93    "        -- Serie                                                          ",
  94    "        --- Position                                                      ",
  95    "            Images are (sorted by Trigger Time /                          ",
  96    "                     Encoding Direction (Row, Column)                     ",
  97    " noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences                 ",
  98    " noshadow : user doesn't want to load Private groups (odd number)         ",
  99    " noseq    : user doesn't want to load Sequences                           ",
 100    " verbose  : user wants to run the program in 'verbose mode'               ",
 101    " debug    : *developer*  wants to run the program in 'debug mode'         ",
 102    FINISH_USAGE
 103
 104    std::cout << "inside ToInTag" << std::endl;
 105
 106    // ----- Initialize Arguments Manager ------
 107
 108    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 109
 110    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
 111    {
 112       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 113       delete am;
 114       return 0;
 115    }
 116
 117    const char *dirNamein;
 118    dirNamein  = am->ArgMgrGetString("dirin",".");
 119
 120    const char *dirNameout;
 121    dirNameout  = am->ArgMgrGetString("dirout",".");
 122
 123    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
 124    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
 125       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
 126    else
 127    {
 128    if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 129          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
 130       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 131          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
 132    }
 133
 134    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 135       gdcm::Debug::DebugOn();
 136
 137    int verbose  = am->ArgMgrDefined("verbose");
 138    int split    = am->ArgMgrDefined("split");
 139    int listonly = am->ArgMgrDefined("listonly");
 140
 141    int nbSeriesToKeep;
 142    int *seriesToKeep = am->ArgMgrGetListOfInt("keep", &nbSeriesToKeep);
 143    int nbSeriesToDrop;
 144    int *seriesToDrop = am->ArgMgrGetListOfInt("drop", &nbSeriesToDrop);
 145
 146    if ( nbSeriesToKeep!=0 && nbSeriesToDrop!=0)
 147    {
 148       std::cout << "KEEP and DROP are mutually exclusive !" << std::endl;
 149       delete am;
 150       return 0;
 151    }
 152
 153    int taggrid = am->ArgMgrDefined("taggrid");
 154
 155    int hasSkel = am->ArgMgrDefined("skel");
 156    const char *skel;
 157    if (hasSkel)
 158       skel = am->ArgMgrGetString("skel");
 159
 160    const char *extent  = am->ArgMgrGetString("extent",".DCM");
 161
 162    // if unused Param we give up
 163    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 164    {
 165       am->ArgMgrUsage(usage);
 166       delete am;
 167       return 0;
 168    }
 169    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 170
 171    // ----- Begin Processing -----
 172
 173    if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(dirNamein) )
 174    {
 175       std::cout << "KO : [" << dirNamein << "] is not a Directory." << std::endl;
 176       return 0;
 177
 178    }
 179    else
 180    {
 181       std::cout << "OK : [" << dirNamein << "] is a Directory." << std::endl;
 182    }
 183
 184    std::string systemCommand;
 185
 186    std::cout << "Check for output directory :[" << dirNameout << "]."
 187              <<std::endl;
 188    if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(dirNameout) )    // dirout not found
 189    {
 190       std::string strDirNameout(dirNameout);          // to please gcc 4
 191       systemCommand = "mkdir " +strDirNameout;        // create it!
 192       if (verbose)
 193          std::cout << systemCommand << std::endl;
 194       system (systemCommand.c_str());
 195       if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(dirNameout) ) // be sure it worked
 196       {
 197           std::cout << "KO : not a dir : [" << dirNameout << "] (creation failure ?)" << std::endl;
 198       return 0;
 199
 200       }
 201       else
 202       {
 203         std::cout << "Directory [" << dirNameout << "] created." << std::endl;
 204       }
 205    }
 206    else
 207    {
 208        std::cout << "Output Directory [" << dirNameout << "] already exists; Used as is." << std::endl;
 209    }
 210
 211    std::string strDirNamein(dirNamein);
 212    gdcm::DirList dirList(strDirNamein, true); // get recursively the list of files
 213
 214    if (listonly)
 215    {
 216       std::cout << "------------List of found files ------------" << std::endl;
 217       dirList.Print();
 218       std::cout << std::endl;
 219    }
 220
 221    gdcm::DirListType fileNames;
 222    fileNames = dirList.GetFilenames();
 223    gdcm::SerieHelper *s;              // Needed only to may use SerieHelper::AddSeriesDetail()
 224    s = gdcm::SerieHelper::New();
 225
 226    std::string token = "%%%"; // Hope it's enough!
 227 /*
 228    std::cout << "---------------Print Serie--------------" << std::endl;
 229    s->SetDirectory(dirNamein, true); // true : recursive exploration
 230    s->SetUseSeriesDetails(true);
 231    s->AddSeriesDetail(0x0018, 0x1312);
 232    s->Print();
 233 */
 234
 235    gdcm::File *f;
 236    gdcm::FileHelper *fh;
 237    std::vector<std::string> tokens;
 238    std::vector<std::string> tokensForFileName;
 239
 240    // For Siemens pb, we need Station Name
 241
 242    gdcm::DirListType::iterator it1 = fileNames.begin();
 243    f = gdcm::File::New();
 244    f->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL);
 245    f->SetFileName( *it1 );
 246    f->Load();
 247    std::string stationName = f->GetEntryString(0x0020,0x000d);
 248    f->Delete();
 249
 250 /*
 251    std::cout << "---------------Print Unique Series identifiers---------"
 252              << std::endl;
 253    std::string uniqueSeriesIdentifier;
 254
 255    for (gdcm::DirListType::iterator it) = fileNames.begin();
 256                                     it != fileNames.end();
 257                                   ++it)
 258    {
 259       std::cout << "File Name : " << *it << std::endl;
 260       f = gdcm::File::New();
 261       f->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL);
 262       f->SetFileName( *it );
 263       f->Load();
 264
 265       uniqueSeriesIdentifier=s->CreateUniqueSeriesIdentifier(f);
 266       std::cout << "                           [" <<
 267                uniqueSeriesIdentifier  << "]" << std::endl;
 268       f->Delete();
 269    }
 270 */
 271
 272    if (verbose)
 273       std::cout << "------------------Print Break levels-----------------" << std::endl;
 274
 275    std::string userFileIdentifier;
 276    SortedFiles sf;
 277
 278    s->AddSeriesDetail(0x0010, 0x0010, false); // Patient's Name
 279    s->AddSeriesDetail(0x0020, 0x000e, false); // Series Instance UID
 280    s->AddSeriesDetail(0x0020, 0x0032, false); // Image Position (Patient)
 281    s->AddSeriesDetail(0x0018, 0x1060, true);  // Trigger Time (true: convert to keep numerical order)
 282    s->AddSeriesDetail(0x0018, 0x1312, false); // In-plane Phase Encoding Direction
 283    s->AddSeriesDetail(0x0018, 0x103e, false); // Series Description (special Siemens ...)
 284
 285    //uint8_t *imageData; // Useless : pixels will not be loaded
 286                          //          (images are overwritten)
 287
 288    for (gdcm::DirListType::iterator it = fileNames.begin();
 289                                     it != fileNames.end();
 290                                   ++it)
 291    {
 292       f = gdcm::File::New();
 293       f->SetLoadMode(loadMode);
 294       f->SetFileName( *it );
 295       f->Load();
 296
 297       std::string strSeriesNumber;
 298       int seriesNumber;
 299       int j;
 300
 301       // keep only requested Series
 302       bool keep = false;
 303       if (nbSeriesToKeep != 0)
 304       {
 305          strSeriesNumber = f->GetEntryString(0x0020, 0x0011 );
 306          seriesNumber = atoi( strSeriesNumber.c_str() );
 307          for (j=0;j<nbSeriesToKeep; j++)
 308          {
 309             if(seriesNumber == seriesToKeep[j])
 310             {
 311                keep = true;
 312                break;
 313             }
 314          }
 315          if ( !keep)
 316          {
 317             f->Delete();
 318             continue;
 319          }
 320       }
 321       // drop all unrequested Series
 322       bool drop = false;
 323       if (nbSeriesToDrop != 0)
 324       {
 325          strSeriesNumber = f->GetEntryString(0x0020, 0x0011 );
 326          seriesNumber = atoi( strSeriesNumber.c_str() );
 327          for (j=0;j<nbSeriesToDrop; j++)
 328          {
 329             if(seriesNumber == seriesToDrop[j])
 330             {
 331                drop = true;
 332                break;
 333             }
 334         }
 335         if (drop)
 336         {
 337            f->Delete();
 338            continue;
 339         }
 340       }
 341
 342       userFileIdentifier=s->CreateUserDefinedFileIdentifier(f);
 343       tokens.clear();
 344       gdcm::Util::Tokenize (userFileIdentifier, tokens, token);
 345
 346       int imageNum; // Within FileName
 347       char newName[1024];
 348
 349       if ( tokens[3] == "gdcmUnfound")  // sometimes Trigger Time is not found. CreateUserDefinedFileIdentifier is not aware of the pb.
 350       {
 351          ///this is a trick to build up a lexicographical compliant name :
 352          ///     eg : fich001.ima vs fich100.ima as opposed to fich1.ima vs fich100.ima
 353          std::string name = gdcm::Util::GetName( *it );
 354          if (hasSkel)
 355          {
 356             gdcm::Util::Tokenize (name, tokensForFileName, skel);
 357             imageNum = atoi ( tokensForFileName[0].c_str() );
 358             // probabely we could write something much more complicated using C++ !
 359             sprintf (newName, "%s%06d%s", skel, imageNum, extent);
 360             tokens[3] = newName;
 361             tokensForFileName.clear();
 362          }
 363          else
 364             tokens[3] = name;
 365
 366
 367          userFileIdentifier = tokens[0] + token + tokens[1] + token + tokens[2] + token
 368                     + tokens[3] + token + tokens[4] + token + tokens[5] + token;
 369       }
 370       if (verbose)
 371          std::cout << "[" << userFileIdentifier  << "]" << std::endl;
 372
 373       // storing in a map ensures automatic sorting !
 374       sf[userFileIdentifier] = f;
 375    }
 376
 377    if (verbose)
 378       std::cout << "  " << std::endl;
 379
 380    std::string fullFilename, lastFilename;
 381    std::string previousPatientName, currentPatientName;
 382    std::string previousSerieInstanceUID, currentSerieInstanceUID;
 383    std::string previousImagePosition, currentImagePosition;
 384    std::string previousPhaseEncodingDirection, currentPhaseEncodingDirection;
 385    std::string previousTriggerTime, currentTriggerTime;
 386
 387    std::string currentStudyUID;
 388    std::string seriesDescription;
 389
 390    std::string writeDir, currentWriteDir;
 391    std::string currentPatientWriteDir, currentSerieWriteDir,
 392                currentPositionWriteDir, currentPhaseEncodingDirectionWriteDir;
 393
 394    std::string fullWriteFilename;
 395    std::string strExtent(extent);
 396
 397    writeDir = gdcm::Util::NormalizePath(dirNameout);
 398    SortedFiles::iterator it2;
 399
 400    previousPatientName            = "";
 401    previousSerieInstanceUID       = "";
 402    previousImagePosition          = "";
 403    previousPhaseEncodingDirection = "";
 404    previousTriggerTime            = "";
 405
 406    int sliceIndex = 0; // Is incremented *at the beginning* of processing
 407    int frameIndex;
 408    if (taggrid)
 409        frameIndex = 0;
 410    else
 411        frameIndex = 1;
 412
 413    int flag       = 0;
 414
 415    gdcm::File *currentFile;
 416
 417    std::string defaultStudyUID =  gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 418    std::string defaultSerieUID;
 419
 420    for (it2 = sf.begin() ; it2 != sf.end(); ++it2)
 421    {
 422       currentFile = it2->second;
 423
 424       fullFilename =  currentFile->GetFileName();
 425       lastFilename =  gdcm::Util::GetName( fullFilename );
 426       std::cout << " --------------------------------------------------"
 427                 << " Rewrite [" <<lastFilename << "]" << std::endl;
 428
 429       tokens.clear();
 430       gdcm::Util::Tokenize (it2->first, tokens, token);
 431
 432       currentPatientName            = tokens[0];
 433       currentSerieInstanceUID       = tokens[1];
 434       currentImagePosition          = tokens[2];
 435       currentTriggerTime            = tokens[3];
 436       currentPhaseEncodingDirection = tokens[4];
 437       seriesDescription             = tokens[5];  // For Siemens pb
 438
 439       if ( currentImagePosition[0] == '-')
 440           currentImagePosition[0] = 'M';
 441       if ( currentImagePosition[0] == '+')
 442           currentImagePosition[0] = 'P';
 443
 444       // Add a default ImagePositionPatient to avoid confusion at post processing time
 445       if ( currentFile->GetEntryString(0x0020,0x0032) == gdcm::GDCM_UNFOUND &&
 446            currentFile->GetEntryString(0x0020,0x0030) == gdcm::GDCM_UNFOUND )
 447       {
 448          currentFile->InsertEntryString("0.\\0.\\0.",0x0020, 0x0032, "DS" );
 449       }
 450
 451       // Add a default ImagePositionPatient to avoid confusion at post processing time
 452       if ( currentFile->GetEntryString(0x0020,0x0037) == gdcm::GDCM_UNFOUND &&
 453            currentFile->GetEntryString(0x0020,0x0035) == gdcm::GDCM_UNFOUND )
 454       {
 455          currentFile->InsertEntryString("1.\\0.\\0.\\0.\\1.\\0.",0x0020, 0x0037, "DS" );
 456       }
 457
 458       if (previousPatientName != currentPatientName)
 459       {
 460          if ( currentFile->GetEntryString(0x0020,0x000d) == gdcm::GDCM_UNFOUND)
 461          {
 462             if (verbose)
 463                std::cout << "--- new  Study UID created" << std::endl;
 464             defaultStudyUID =  gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 465             currentFile->InsertEntryString(defaultStudyUID, 0x0020, 0x000d, "UI" );
 466          }
 467
 468          previousPatientName = currentPatientName;
 469          if (verbose)
 470             std::cout << "==== new Patient  [" << currentPatientName  << "]" << std::endl;
 471
 472          previousPatientName            = currentPatientName;
 473          previousSerieInstanceUID       = ""; //currentSerieInstanceUID;
 474          previousImagePosition          = ""; //currentImagePosition;
 475          previousTriggerTime            = "";
 476          previousPhaseEncodingDirection = ""; //currentPhaseEncodingDirection;
 477
 478          currentPatientWriteDir = writeDir + currentPatientName;
 479          //if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(currentPatientWriteDir) )
 480            {
 481               systemCommand   = "mkdir " + currentPatientWriteDir;
 482               if (verbose)
 483                  std::cout << systemCommand << std::endl;
 484               system ( systemCommand.c_str() );
 485          }
 486       }
 487
 488       if (previousSerieInstanceUID != currentSerieInstanceUID)
 489       {
 490          if (verbose)
 491             std::cout << "==== === new Serie [" << currentSerieInstanceUID << "]"
 492                       << std::endl;
 493
 494          if ( currentFile->GetEntryString(0x0020,0x000e) == gdcm::GDCM_UNFOUND)
 495          {
 496             if (verbose)
 497                std::cout << "--- --- new  Serie UID created" << std::endl;
 498             defaultSerieUID =  gdcm::Util::CreateUniqueUID();
 499             currentFile->InsertEntryString(defaultSerieUID, 0x0020, 0x000e, "UI" );
 500          }
 501
 502          if (split)
 503          {
 504              currentSerieWriteDir  = currentPatientWriteDir + gdcm::GDCM_FILESEPARATOR
 505                              + currentSerieInstanceUID;
 506              systemCommand   = "mkdir " + currentSerieWriteDir;
 507              system (systemCommand.c_str());
 508          }
 509          previousSerieInstanceUID       = currentSerieInstanceUID;
 510          previousImagePosition          = ""; //currentImagePosition;
 511          previousPhaseEncodingDirection = ""; //currentPhaseEncodingDirection;
 512       }
 513
 514       if (previousImagePosition != currentImagePosition)
 515       {
 516          frameIndex = 1;
 517          flag = 0;
 518          if (verbose)
 519             std::cout << "=== === === new Position [" << currentImagePosition  << "]"
 520                       << std::endl;
 521          if (split)
 522          {
 523              currentPositionWriteDir  = currentSerieWriteDir + gdcm::GDCM_FILESEPARATOR
 524                              + currentImagePosition;
 525              systemCommand   = "mkdir " + currentPositionWriteDir;
 526              system (systemCommand.c_str());
 527          }
 528          previousImagePosition          = currentImagePosition;
 529          previousPhaseEncodingDirection = ""; //currentPhaseEncodingDirection;
 530          if (split)
 531             sliceIndex = 1; // only *one* slice in a given directory
 532          else
 533             sliceIndex += 1;
 534       }
 535       if (verbose)
 536          std::cout << "Slice Index : " << sliceIndex << std::endl;
 537
 538 // We don't split on Row/Column!
 539 /*
 540       if (previousPhaseEncodingDirection != currentPhaseEncodingDirection)
 541       {
 542          if (verbose)
 543             std::cout << "==== === === === new PhaseEncodingDirection ["
 544                       << currentPhaseEncodingDirection  << "]" << std::endl;
 545
 546          if (split)
 547          {
 548              currentPhaseEncodingDirectionWriteDir  = currentPositionWriteDir
 549                              + gdcm::GDCM_FILESEPARATOR
 550                              + currentPhaseEncodingDirection;
 551              systemCommand   = "mkdir " + currentPhaseEncodingDirectionWriteDir;
 552              system (systemCommand.c_str());
 553          }
 554
 555          previousPhaseEncodingDirection = currentPhaseEncodingDirection;
 556       }
 557 */
 558
 559       if (verbose)
 560          std::cout << "--- --- --- --- --- " << (it2->second)->GetFileName()
 561                    << std::endl;
 562
 563       if ( gdcm::Debug::GetDebugFlag())
 564          std::cout << "--- --- --- --- --- " << it2->first << "  "
 565                    << (it2->second)->GetFileName() << " "
 566                    << gdcm::Util::GetName( fullFilename ) << std::endl;
 567
 568       // Transform the image to be 'Brucker-Like'
 569       // ----------------------------------------
 570
 571       // Deal with 0x0019, 0x1000 : 'FOV'
 572       int nX = currentFile->GetXSize();
 573       int nY = currentFile->GetYSize();
 574       float pxSzX = currentFile->GetXSpacing();
 575       float pxSzY = currentFile->GetYSpacing();
 576       char fov[64];
 577       sprintf(fov, "%f\\%f",nX*pxSzX, nY*pxSzY);
 578       if (currentFile->IsVRCoherent(0x0019) == 1 )
 579          currentFile->InsertEntryString(fov, 0x0019, 0x1000, "  ");
 580       else
 581          currentFile->InsertEntryString(fov, 0x0019, 0x1000, "DS");
 582
 583
 584       // Deal with 0x0020, 0x0012 : 'SESSION INDEX'  (Acquisition Number)
 585       std::string chSessionIndex;
 586       // CLEANME
 587
 588       /* for SIEMENS MRI :
 589         D 0008|1010 [SH]  [Station Name ] [MRC35150]
 590         we have to deal with :
 591
 592         D 0008|103e [LO]  [Series Description ] [fl2d9_line PA 15 90deg]
 593         D 0008|103e [LO]  [Series Description ] [fl2d9_line PA 15 0deg ]
 594       */
 595       if (taggrid)
 596          chSessionIndex = "1";
 597       else
 598          if ( stationName == "MRC35150" )
 599          {
 600             if ( gdcm::Util::DicomStringEqual(seriesDescription, "fl2d9_line PA 15 90deg") )
 601               chSessionIndex = "1";
 602             else if ( gdcm::Util::DicomStringEqual(seriesDescription, "fl2d9_line PA 15 0deg") )
 603               chSessionIndex = "2";
 604             else
 605             {
 606                std::cout << "====================== seriesDescription "
 607                          << " neither fl2d9_line PA 15 90deg nor fl2d9_line PA 15 0deg (?!?) : [ "
 608                          << seriesDescription << "]" << std::endl;
 609                chSessionIndex = "1";
 610             }
 611          }
 612  else  // for all other 'normal' cases
 613          {
 614             if (currentPhaseEncodingDirection == "COL" || currentPhaseEncodingDirection == "COL " || currentPhaseEncodingDirection == " COL")
 615                chSessionIndex = "1";
 616             else if (currentPhaseEncodingDirection == "ROW" || currentPhaseEncodingDirection == "ROW "|| currentPhaseEncodingDirection == " ROW")
 617                chSessionIndex = "2";
 618             else
 619             {
 620                std::cout << "====================== PhaseEncodingDirection "
 621                          << " neither COL nor ROW (?!?) : [ "
 622                          << currentPhaseEncodingDirection << "]" << std::endl;
 623                chSessionIndex = "1";
 624             }
 625          }
 626       if (currentFile->IsVRCoherent(0x0020) == 1 )
 627          currentFile->InsertEntryString(chSessionIndex, 0x0020, 0x0012, "  ");
 628       else
 629          currentFile->InsertEntryString(chSessionIndex, 0x0020, 0x0012, "IS");
 630
 631       // Deal with  0x0021, 0x1020 : 'SLICE INDEX'
 632       char chSliceIndex[5];
 633       sprintf(chSliceIndex, "%04d", sliceIndex);
 634       std::string strChSliceIndex(chSliceIndex);
 635
 636       // Deal with  0x0021, 0x1040 : 'FRAME INDEX'
 637       char chFrameIndex[5];
 638       sprintf(chFrameIndex, "%04d", frameIndex);
 639
 640       std::string stringVR;
 641       if (currentFile->IsVRCoherent(0x0021) == 1 )
 642          stringVR = "  ";
 643       else
 644         stringVR = "IS";
 645
 646       currentFile->InsertEntryString(strChSliceIndex, 0x0021, 0x1020, stringVR);
 647       currentFile->InsertEntryString(chFrameIndex,    0x0021, 0x1040, stringVR);
 648
 649
 650       std::string strImagePositionPatient    = currentFile->GetEntryString(0x0020, 0x0032 );
 651       if (strImagePositionPatient == gdcm::GDCM_UNFOUND)
 652       {
 653          if (verbose)
 654             std::cout << "Duplicate ImagePosition into ImagePositionPatient" << std::endl;
 655          currentFile->InsertEntryString(currentFile->GetEntryString(0x0020, 0x0030), 0x0020, 0x0032, "DS" );
 656       }
 657
 658       std::string strImageOrientationPatient = f->GetEntryString(0x0020, 0x0037 );
 659       if (strImageOrientationPatient == gdcm::GDCM_UNFOUND)
 660       {
 661          if (verbose)
 662             std::cout << "Duplicate ImageOrientation into ImageOrientationPatient" << std::endl;
 663          currentFile->InsertEntryString(currentFile->GetEntryString(0x0020, 0x0035), 0x0020, 0x0037, "DS" );
 664       }
 665
 666       if (taggrid)
 667          frameIndex++;
 668       else
 669       {
 670          if (flag == 0)
 671          {
 672             flag = 1;
 673          }
 674          else
 675          {
 676             frameIndex++;
 677             flag = 0;
 678          }
 679       }
 680       if (verbose)
 681          std::cout << "Frame Index : " << frameIndex << std::endl;
 682
 683       if (split)
 684
 685          //fullWriteFilename = currentPhaseEncodingDirectionWriteDir + gdcm::GDCM_FILESEPARATOR
 686          //                                + lastFilename + strExtent;
 687          fullWriteFilename = currentPositionWriteDir + gdcm::GDCM_FILESEPARATOR
 688                                          + lastFilename + strExtent;
 689       else
 690          fullWriteFilename = currentPatientWriteDir + gdcm::GDCM_FILESEPARATOR
 691                                          + lastFilename + strExtent;
 692
 693       /*
 694       systemCommand  = "cp " + fullFilename + " " + fullWriteFilename;
 695       std::cout << systemCommand << std::endl;
 696       system (  systemCommand.c_str() );
 697       */
 698
 699       // Load the pixels in RAM.
 700
 701       fh = gdcm::FileHelper::New(currentFile);
 702       uint8_t *imageData = fh->GetImageDataRaw(); // Don't convert (Gray Pixels + LUT) into (RGB pixels) ?!?
 703       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 704       // We didn't modify pixels -> keep unchanged the following :
 705       // 'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
 706       // 'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016)
 707       // 'Image Type'                  (0x0008,0x0008)
 708       // 'Conversion Type'             (0x0008,0x0064)
 709
 710       // Put to Black the burnt-in number.
 711       nX = currentFile->GetXSize();
 712       nY = currentFile->GetYSize();
 713       for(int y=nY-15; y<nY; y++)
 714          for(int x=nX/3; x<nX/2+50; x++)
 715            imageData[ y*nX*2 + x ] = 0;
 716
 717       fh->SetContentType(gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 718       if (!fh->Write(fullWriteFilename))
 719       {
 720          std::cout << "Fail to write :[" << fullWriteFilename << "]"
 721                    << std::endl;
 722       }
 723       fh->Delete();
 724    }
 725    return 0;
 726  }