Example/ToMRIregister.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: ToMRIregister.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/07/26 17:15:27 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmSerieHelper.h"
  20 #include "gdcmFile.h"
  21 #include "gdcmFileHelper.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmDirList.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25 #include "gdcmArgMgr.h"
  26 #include <iostream>
  27 #include <sstream>
  28
  29 bool AquisitionTime_0008_0032_Compare(gdcm::File *file1, gdcm::File *file2);
  30
  31 bool AquisitionTime_0008_0032_Compare(gdcm::File *file1, gdcm::File *file2)
  32 {
  33    return file1->GetEntryString(0x0008,0x0032) < file2->GetEntryString(0x0008,0x0032);
  34 }
  35
  36 int main(int argc, char *argv[])
  37 {
  38
  39    START_USAGE(usage)
  40    "\n ToMriregister :\n                                                      ",
  41    " - Converts the Siemens Sonata MRI '*tfl2d1'                              ",
  42    " to be processable by MriRegister software                                ",
  43    " - May be used as a template for gdcm::SerieHelper use.                   ",
  44    "                                                                          ",
  45    "usage: ToMriRegister dirin=inputDirectoryName                             ",
  46    "                     dirout=outputDirectoryName                           ",
  47    "                     [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]    ",
  48    "                                                                          ",
  49    "       inputDirectoryName : user wants to analyze *all* the files         ",
  50    "                            within the directory                          ",
  51    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  52    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  53    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  54    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  55    "       debug      : developer wants to run the program in 'debug mode'    ",
  56    FINISH_USAGE
  57
  58    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  59
  60    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  61
  62    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  63    {
  64       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  65       delete am;
  66       return 0;
  67    }
  68
  69    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  70       gdcm::Debug::DebugOn();
  71
  72    int verbose  = am->ArgMgrDefined("verbose");
  73
  74    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  75    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  76       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  77    else
  78    {
  79       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  80          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  81       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  82          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  83    }
  84
  85    const char *dirIn  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  86    if (dirIn == 0)
  87    {
  88        std::cout <<std::endl
  89                  << "'dirin=' must be present;"
  90                  <<  std::endl;
  91        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  92        delete am;
  93        return 0;
  94    }
  95
  96    const char *dirOut  = am->ArgMgrGetString("dirout");
  97    if (dirOut == 0)
  98    {
  99        std::cout <<std::endl
 100                  << "'dirout=' must be present;"
 101                  <<  std::endl;
 102        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 103        delete am;
 104        return 0;
 105    }
 106
 107    /* if unused Param we give up */
 108    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 109    {
 110       am->ArgMgrUsage(usage);
 111       delete am;
 112       return 0;
 113    }
 114
 115    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 116
 117    // ======================== more checking on the params ==============
 118
 119    if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(dirIn) )
 120    {
 121       std::cout << "KO : [" << dirIn << "] is not a Directory." << std::endl;
 122       return 0;
 123
 124    }
 125    else
 126    {
 127       if (verbose)
 128          std::cout << "OK : [" << dirIn << "] is a Directory." << std::endl;
 129    }
 130
 131    std::string systemCommand;
 132    std::string strDirNameout(dirOut);          // to please gcc 4
 133    if (verbose)
 134       std::cout << "Check for output directory :[" << dirOut << "]."
 135              <<std::endl;
 136    if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(dirOut) )    // dirout not found
 137    {
 138       systemCommand = "mkdir " + strDirNameout;        // create it!
 139       if (verbose)
 140          std::cout << systemCommand << std::endl;
 141       system (systemCommand.c_str());
 142       if ( ! gdcm::DirList::IsDirectory(dirOut) ) // be sure it worked
 143       {
 144           std::cout << "KO : not a dir : [" << dirOut
 145                     << "] (creation failure ?)" << std::endl;
 146       return 0;
 147
 148       }
 149       else
 150       {
 151         if (verbose)
 152            std::cout << "Directory [" << dirOut << "] created." << std::endl;
 153       }
 154    }
 155    else
 156    {
 157       if (verbose)
 158          std::cout << "Output Directory [" << dirOut
 159                    << "] already exists; Used as is." << std::endl;
 160    }
 161
 162    // ========================== Now, we can do the job! ================
 163
 164    // Just to see *all* the file names:
 165
 166    gdcm::DirList dirList(dirIn,true); // gets (recursively) the file list
 167    gdcm::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 168    for( gdcm::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 169                                  it != fileList.end();
 170                                  ++it )
 171    {
 172       std::cout << "file [" << it->c_str() << "]" << std::endl;
 173    }
 174
 175    gdcm::SerieHelper *s;
 176
 177    s = gdcm::SerieHelper::New();
 178    s->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSEQ);     // Don't load Sequences
 179
 180    // we could choose to ignore some Files
 181    //gdcm::TagKey t(0x0010,0x0024);  // [Sequence Name]
 182    // Keep only files where restriction is true
 183    //s->AddRestriction(t, "*tfl2d1 ", gdcm::GDCM_EQUAL);
 184
 185    s->SetDirectory(dirIn, true); // true : recursive exploration
 186
 187 /*
 188    std::cout << " ---------------------------------------- "
 189              << "'Single UID' Filesets found in :["
 190              << dirName << "]" << std::endl;
 191
 192    s->Print();
 193    std::cout << " ------------------------------------- Result after splitting"
 194              << std::endl;
 195 */
 196    int nbFiles;
 197    std::string fullFilename, lastFilename;
 198    char fullWriteFilename[1024]; // should be enough.
 199
 200    std::ostringstream str;
 201
 202    gdcm::XCoherentFileSetmap xcm;
 203    gdcm::FileHelper *fh;
 204
 205    // will be used for ordering.
 206    s->SetUserLessThanFunction(AquisitionTime_0008_0032_Compare);
 207    int serieNumber = 0;
 208    int sliceNumber = 0;
 209    int imageNumber = 0;
 210
 211    // For all the Single SerieUID Files Sets of the gdcm::Serie
 212    gdcm::FileList *l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 213    while (l)
 214    {
 215       nbFiles = l->size() ;
 216       if ( l->size() < 8 ) // Hope we skip Scout views !
 217       {
 218          std::cout << "Ignore the 'Single SerieUID' FileSet :["
 219                    << s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID()
 220                    << "]  " << nbFiles << " long" << std::endl;
 221          std::cout << "-----------------------------------" << std::endl;
 222       }
 223       else
 224       {
 225          std::cout << "Split the 'Single SerieUID' FileSet :["
 226                    << s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID()
 227                    << "]  " << nbFiles << " long" << std::endl;
 228          std::cout << "-----------------------------------" << std::endl;
 229
 230          xcm = s->SplitOnPosition(l);
 231
 232          //int sliceNumber = 0;
 233
 234          for (gdcm::XCoherentFileSetmap::iterator i = xcm.begin();
 235                                                   i != xcm.end();
 236                                                 ++i)
 237          {
 238              std::cout << "Position : ";
 239              std::cout << "[" << (*i).first << "]" << std::endl;
 240
 241             s->OrderFileList((*i).second);  // sort the current XCoherent Fileset
 242
 243             //int imageNumber = 0;
 244             for ( gdcm::FileList::iterator it =  ((*i).second)->begin();
 245                                            it != ((*i).second)->end();
 246                                          ++it)
 247             {
 248
 249             // Set the DataElements MriRegister needs to be happy
 250             // Probabely one of the following (check it !):
 251             /*
 252                0020 0011 IS 1 Series Number
 253                0020 0012 IS 1 Acquisition Number
 254                0020 0013 IS 1 Instance Number
 255            */
 256
 257             str.str("");
 258             str << serieNumber;
 259             (*it)->InsertEntryString(str.str(),0x0020,0x0011, "IS"); // Series Number
 260
 261             str.str("");
 262             str << imageNumber;
 263             (*it)->InsertEntryString(str.str(),0x0020,0x0013, "IS"); // Instance Number
 264
 265             // Load the pixels in RAM.
 266
 267                fh = gdcm::FileHelper::New(*it);
 268                uint8_t *imageData = fh->GetImageDataRaw(); // Don't convert (Gray Pixels + LUT) into (RGB pixels) ?!?
 269                if (!imageData)
 270                   std::cout << "fail to read [" << (*it)->GetFileName() << std::endl;
 271                fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 272                fh->SetContentType(gdcm::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 273
 274                // forge the file name
 275
 276                fullFilename = (*it)->GetFileName();
 277                lastFilename =  gdcm::Util::GetName( fullFilename );
 278                //fullWriteFilename = strDirNameout + gdcm::GDCM_FILESEPARATOR
 279                //                                  + lastFilename;
 280                sprintf(fullWriteFilename, "%s%c%04d-%04d-%04d.dcm",
 281                                       dirOut, gdcm::GDCM_FILESEPARATOR,
 282                                       serieNumber, sliceNumber, imageNumber);
 283                if (verbose)
 284                   std::cout << fullFilename << " -> " << fullWriteFilename << std::endl;
 285
 286                // Write it, now
 287
 288                if (!fh->Write(fullWriteFilename))
 289                {
 290                   std::cout << "Fail to write :[" << fullWriteFilename << "]"
 291                             << std::endl;
 292                }
 293
 294                ///\todo FIXME segfaults if uncommented ?!?
 295                // delete(imageData);
 296                (*it)->Delete();
 297                fh->Delete();
 298
 299                imageNumber++;
 300
 301             }
 302             std::cout << std::endl;
 303             sliceNumber++;
 304          }
 305       }
 306       serieNumber++;
 307       l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
 308    }
 309    s->Delete();
 310    return 0;
 311 }