Example/Volume2Dicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: Volume2Dicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/02 10:06:32 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * This example was proposed by Jean-Michel Rouet
  21  * It was patch by Mathieu Malaterre to remove ITK reference and be more
  22  * independant from other toolkit
  23  * It's aim is to show people how to write their data volume into DICOM slices
  24  */
  25
  26 #include "gdcmFile.h"
  27 #include "gdcmDocEntry.h"
  28 #include "gdcmBinEntry.h"
  29 #include "gdcmFileHelper.h"
  30 #include "gdcmUtil.h"
  31
  32 #define USAGE "USAGE: Input3DImage OutputDirectory"
  33
  34 #include <time.h>
  35 #include <sys/types.h>
  36 #include <sys/stat.h>
  37 #ifdef WIN32
  38    #define stat _stat
  39 #endif
  40
  41 const unsigned int Dimension = 3;
  42
  43 void gdcmwrite(const char *inputfile, std::string directory);
  44 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile,
  45                         std::string &date, std::string &time);
  46
  47 int main( int argc, char *argv[] )
  48 {
  49    if (argc < 2)
  50    {
  51       std::cerr << argv[0] << USAGE << std::endl;
  52       return 1;
  53    }
  54
  55    //const char *inputfile = argv[1];
  56    std::string directory = argv[1];
  57 //   itksys::SystemTools::ConvertToUnixSlashes( directory );
  58    if (directory[directory.size()-1] != '/')
  59       directory += '/';
  60
  61    std::cout << "Converting image into dicom in " << directory << std::endl;
  62
  63     ////////////////////////////////////////////////////////////
  64     // Reading input image and getting some information       //
  65     ////////////////////////////////////////////////////////////
  66     //std::cout << "Loading image " << inputfile << std::endl;
  67     //PixelType* imageData = input->GetPixelContainer()->GetImportPointer();
  68     uint8_t *imageData = new uint8_t[256*256*10];
  69     memset( imageData, 0, 256*256*10);
  70     std::cout << "Image Loaded." << std::endl;
  71
  72     int   sizex      = 256;
  73     int   sizey      = 256;
  74     int   sizez      = 10;
  75     //float spacing[3] = { 1.0, 1.0, 1.5 };
  76     //float orig[3]    = { 0.0, 0.0, 0.0 };
  77     int   sliceSize  = sizex*sizey*sizeof(uint8_t);
  78
  79     ////////////////////////////////////////////////////////////
  80     // compute window center and window width                 //
  81     ////////////////////////////////////////////////////////////
  82     uint8_t min, max; min = max = imageData[0];
  83     for (int i=1; i<sizex*sizey*sizez; i++)
  84     {
  85        uint8_t val = imageData[i];
  86        if (val > max)
  87           max = val;
  88        if (val < min)
  89           min = val;
  90     }
  91     //float wcenter = (max+min) / 2.;
  92     //float wwidth  = (max-min)>0 ? (max-min) : 1.;
  93
  94     ////////////////////////////////////////////////////////////
  95     // Get file date and time                                 //
  96     ////////////////////////////////////////////////////////////
  97     std::string filedate, filetime;
  98     //GetFileDateAndTime(inputfile, filedate, filetime);
  99
 100     ////////////////////////////////////////////////////////////
 101     // Create a new dicom header and fill in some info        //
 102     ////////////////////////////////////////////////////////////
 103     gdcm::File *h1 = new gdcm::File();
 104
 105     //h1->SetDateAndTime(filedate, filetime);
 106     //h1->SetModality("CT");
 107     //h1->SetPatientName( "TestPatient");
 108     //h1->SetPatientID( "TestID");
 109     //h1->SetStudyID( "1");
 110     //h1->SetSeriesNumber( "1");
 111     //h1->SetSliceThickness(spacing[2]);
 112     //h1->SetSpaceBetweenSlices(spacing[2]);
 113     //h1->SetXYSpacing( spacing[0], spacing[1]);
 114     //h1->SetXSize(sizex);
 115     //h1->SetYSize(sizey);
 116     //h1->SetNbBitsAllocated(16);
 117     //h1->SetNbBitsStored(12);
 118     //h1->SetNbBitsStored(12);
 119     //h1->SetPixelSigned(true);
 120     //h1->SetCenter( wcenter);
 121     //h1->SetWindow( wwidth);
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 123     ////////////////////////////////////////////////////////////
 124     // Create a new dicom file object from the header         //
 125     ////////////////////////////////////////////////////////////
 126     gdcm::FileHelper  *f1 = new gdcm::FileHelper(h1);
 127     uint8_t *myData = f1->GetImageData(); // Get an Image pointer
 128     f1->SetImageData( myData, sliceSize); // This callback ensures that the internal
 129                                           // Pixel_Data of f1 is set correctly
 130
 131
 132     ////////////////////////////////////////////////////////////
 133     // Iterate through the slices and save them to file       //
 134     ////////////////////////////////////////////////////////////
 135     for (int z=0; z<sizez; z++)
 136     {
 137        // Set dicom relevant information for that slice
 138        //h1->SetImageUIDFromSliceNumber(z);
 139        //h1->SetImageLocation(orig[0],orig[1],orig[2]+z*spacing[2]);
 140
 141        // copy image slice content
 142        memcpy(myData,imageData+z*sizex*sizey,sliceSize);
 143
 144        // write the image
 145        std::string filename = directory + gdcm::Util::Format("%Image_%05d.dcm", z);
 146        std::cout << "Writing file " << filename;
 147        f1->WriteDcmExplVR(filename);
 148        std::cout << " OK" << std::endl;
 149     }
 150
 151     ////////////////////////////////////////////////////////////
 152     // Free the allocated objects                             //
 153     ////////////////////////////////////////////////////////////
 154     // delete f1; // FIXME: these calls sometimes crashes under .NET ????
 155     // delete h1;
 156
 157     return 0;
 158 }
 159
 160
 161 // just an utility function to retrieve date and time of a file
 162 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile, std::string &date,
 163                                                std::string &time)
 164 {
 165    struct stat buf;
 166    if (stat(inputfile, &buf) == 0)
 167    {
 168       char tmp[512];
 169
 170       strftime(tmp,512,"%Y%m%d", localtime(&buf.st_mtime) );
 171       date = tmp;
 172
 173       strftime(tmp,512,"%H%M%S", localtime(&buf.st_mtime) );
 174       time = tmp;
 175    }
 176    else
 177    {
 178       date = "20040101";
 179       time = "120000";
 180    }
 181 }