Example/Volume2Dicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: Volume2Dicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/30 11:05:47 $
   7   Version:   $Revision: 1.13 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * This example was proposed by Jean-Michel Rouet
  21  * It was patched by Mathieu Malaterre to remove ITK reference and be more
  22  * independant from other toolkit
  23  * It's aim is to show people how to write their data volume into DICOM slices
  24  */
  25
  26 #include "gdcmFile.h"
  27 #include "gdcmDocEntry.h"
  28 #include "gdcmFileHelper.h"
  29 #include "gdcmUtil.h"
  30
  31 #define USAGE "USAGE: Input3DImage OutputDirectory"
  32
  33 #include <time.h>
  34 #include <sys/types.h>
  35 #include <sys/stat.h>
  36 #ifdef _WIN32
  37    #define stat _stat
  38 #endif
  39
  40 #if defined(__BORLANDC__)
  41  #include <mem.h> // for memset, memcpy
  42 #endif
  43
  44 //const unsigned int Dimension = 3;
  45
  46 void gdcmwrite(const char *inputfile, std::string directory);
  47 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile,
  48                         std::string &date, std::string &time);
  49
  50 int main( int argc, char *argv[] )
  51 {
  52    if (argc < 2)
  53    {
  54       std::cerr << argv[0] << USAGE << std::endl;
  55       return 1;
  56    }
  57
  58    //const char *inputfile = argv[1];
  59    std::string directory = argv[1];
  60    //   itksys::SystemTools::ConvertToUnixSlashes( directory );
  61    if (directory[directory.size()-1] != '/')
  62    directory += '/';
  63
  64    std::cout << "Converting image into dicom in " << directory << std::endl;
  65
  66    ////////////////////////////////////////////////////////////
  67    // Reading input image and getting some information       //
  68    ////////////////////////////////////////////////////////////
  69    //std::cout << "Loading image " << inputfile << std::endl;
  70    //PixelType* imageData = input->GetPixelContainer()->GetImportPointer();
  71    uint8_t *imageData = new uint8_t[256*256*10];
  72    memset( imageData, 0, 256*256*10);
  73    std::cout << "Image Loaded." << std::endl;
  74
  75    int   sizex      = 256;
  76    int   sizey      = 256;
  77    int   sizez      = 10;
  78    //float spacing[3] = { 1.0, 1.0, 1.5 };
  79    //float orig[3]    = { 0.0, 0.0, 0.0 };
  80    int   sliceSize  = sizex*sizey*sizeof(uint8_t);
  81
  82    ////////////////////////////////////////////////////////////
  83    // compute window center and window width                 //
  84    ////////////////////////////////////////////////////////////
  85    uint8_t min, max; min = max = imageData[0];
  86    for (int i=1; i<sizex*sizey*sizez; i++)
  87    {
  88       uint8_t val = imageData[i];
  89       if (val > max)
  90          max = val;
  91       if (val < min)
  92          min = val;
  93    }
  94    //float wcenter = (max+min) / 2.;
  95    //float wwidth  = (max-min)>0 ? (max-min) : 1.;
  96
  97    ////////////////////////////////////////////////////////////
  98    // Get file date and time                                 //
  99    ////////////////////////////////////////////////////////////
 100    std::string filedate, filetime;
 101    //GetFileDateAndTime(inputfile, filedate, filetime);
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 103    ////////////////////////////////////////////////////////////
 104    // Create a new dicom header and fill in some info        //
 105    ////////////////////////////////////////////////////////////
 106    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
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 108    ////////////////////////////////////////////////////////////
 109    // Create a new dicom file object from the header         //
 110    ////////////////////////////////////////////////////////////
 111    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper  *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 112    uint8_t *myData = fh->GetImageData(); // Get an Image pointer
 113    fh->SetImageData( myData, sliceSize); // This callback ensures that the internal
 114                                         // Pixel_Data of fh is set correctly
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 116
 117    ////////////////////////////////////////////////////////////
 118    // Iterate through the slices and save them to file       //
 119    ////////////////////////////////////////////////////////////
 120    for (int z=0; z<sizez; z++)
 121    {
 122       // Set dicom relevant information for that slice
 123       //f->SetImageUIDFromSliceNumber(z);
 124       //f->SetImageLocation(orig[0],orig[1],orig[2]+z*spacing[2]);
 125
 126       // copy image slice content
 127       memcpy(myData,imageData+z*sizex*sizey,sliceSize);
 128
 129       // write the image
 130       std::string filename = directory + GDCM_NAME_SPACE::Util::Format("%Image_%05d.dcm", z);
 131       std::cout << "Writing file " << filename;
 132       fh->WriteDcmExplVR(filename);
 133       std::cout << " OK" << std::endl;
 134    }
 135
 136    ////////////////////////////////////////////////////////////
 137    // Free the allocated objects                             //
 138    ////////////////////////////////////////////////////////////
 139    fh->Delete();
 140    f->Delete();
 141
 142    return 0;
 143 }
 144
 145
 146 // just an utility function to retrieve date and time of a file
 147 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile, std::string &date,
 148                                                std::string &time)
 149 {
 150    struct stat buf;
 151    if (stat(inputfile, &buf) == 0)
 152    {
 153       char tmp[512];
 154
 155       strftime(tmp,512,"%Y%m%d", localtime(&buf.st_mtime) );
 156       date = tmp;
 157
 158       strftime(tmp,512,"%H%M%S", localtime(&buf.st_mtime) );
 159       time = tmp;
 160    }
 161    else
 162    {
 163       date = "20040101";
 164       time = "120000";
 165    }
 166 }