Example/Volume2Dicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: Volume2Dicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/21 11:40:53 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * This example was proposed by Jean-Michel Rouet
  21  * It was patch by Mathieu Malaterre to remove ITK reference and be more
  22  * independant from other toolkit
  23  * It's aim is to show people how to write their data volume into DICOM slices
  24  */
  25
  26 #include "gdcmFile.h"
  27 #include "gdcmDocEntry.h"
  28 #include "gdcmBinEntry.h"
  29 #include "gdcmFileHelper.h"
  30 #include "gdcmUtil.h"
  31
  32 #define USAGE "USAGE: Input3DImage OutputDirectory"
  33
  34 #include <time.h>
  35 #include <sys/types.h>
  36 #include <sys/stat.h>
  37 #ifdef WIN32
  38    #define stat _stat
  39 #endif
  40
  41 const unsigned int Dimension = 3;
  42
  43 void gdcmwrite(const char *inputfile, std::string directory);
  44 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile, std::string &date, std::string &time);
  45
  46 int main( int argc, char * argv[] )
  47 {
  48    if (argc < 2)
  49    {
  50       std::cerr << argv[0] << USAGE << std::endl;
  51       return 1;
  52    }
  53
  54    //const char *inputfile = argv[1];
  55    std::string directory = argv[1];
  56 //   itksys::SystemTools::ConvertToUnixSlashes( directory );
  57    if (directory[directory.size()-1] != '/')
  58       directory += '/';
  59
  60    std::cout << "Converting image into dicom in " << directory << std::endl;
  61
  62     ////////////////////////////////////////////////////////////
  63     // Reading input image and getting some information       //
  64     ////////////////////////////////////////////////////////////
  65     //std::cout << "Loading image " << inputfile << std::endl;
  66     //PixelType* imageData = input->GetPixelContainer()->GetImportPointer();
  67     uint8_t *imageData = new uint8_t[256*256*10];
  68     memset( imageData, 0, 256*256*10);
  69     std::cout << "Image Loaded." << std::endl;
  70
  71     int   sizex      = 256;
  72     int   sizey      = 256;
  73     int   sizez      = 10;
  74     //float spacing[3] = { 1.0, 1.0, 1.5 };
  75     //float orig[3]    = { 0.0, 0.0, 0.0 };
  76     int   sliceSize  = sizex*sizey*sizeof(uint8_t);
  77
  78     ////////////////////////////////////////////////////////////
  79     // compute window center and window width                 //
  80     ////////////////////////////////////////////////////////////
  81     uint8_t min, max; min = max = imageData[0];
  82     for (int i=1; i<sizex*sizey*sizez; i++)
  83     {
  84        uint8_t val = imageData[i];
  85        if (val > max)
  86           max = val;
  87        if (val < min)
  88           min = val;
  89     }
  90     //float wcenter = (max+min) / 2.;
  91     //float wwidth  = (max-min)>0 ? (max-min) : 1.;
  92
  93     ////////////////////////////////////////////////////////////
  94     // Get file date and time                                 //
  95     ////////////////////////////////////////////////////////////
  96     std::string filedate, filetime;
  97     //GetFileDateAndTime(inputfile, filedate, filetime);
  98
  99     ////////////////////////////////////////////////////////////
 100     // Create a new dicom header and fill in some info        //
 101     ////////////////////////////////////////////////////////////
 102     gdcm::File *h1 = new gdcm::File();
 103
 104     //h1->SetDateAndTime(filedate, filetime);
 105     //h1->SetModality("CT");
 106     //h1->SetPatientName( "TestPatient");
 107     //h1->SetPatientID( "TestID");
 108     //h1->SetStudyID( "1");
 109     //h1->SetSeriesNumber( "1");
 110     //h1->SetSliceThickness(spacing[2]);
 111     //h1->SetSpaceBetweenSlices(spacing[2]);
 112     //h1->SetXYSpacing( spacing[0], spacing[1]);
 113     //h1->SetXSize(sizex);
 114     //h1->SetYSize(sizey);
 115     //h1->SetNbBitsAllocated(16);
 116     //h1->SetNbBitsStored(12);
 117     //h1->SetNbBitsStored(12);
 118     //h1->SetPixelSigned(true);
 119     //h1->SetCenter( wcenter);
 120     //h1->SetWindow( wwidth);
 121
 122     ////////////////////////////////////////////////////////////
 123     // Create a new dicom file object from the header         //
 124     ////////////////////////////////////////////////////////////
 125     gdcm::FileHelper  *f1 = new gdcm::FileHelper(h1);
 126     uint8_t *myData = f1->GetImageData(); // Get an Image pointer
 127     f1->SetImageData( myData, sliceSize); // This callback ensures that the internal
 128                                           // Pixel_Data of f1 is set correctly
 129
 130
 131     ////////////////////////////////////////////////////////////
 132     // Iterate through the slices and save them to file       //
 133     ////////////////////////////////////////////////////////////
 134     for (int z=0; z<sizez; z++)
 135     {
 136        // Set dicom relevant information for that slice
 137        //h1->SetImageUIDFromSliceNumber(z);
 138        //h1->SetImageLocation(orig[0],orig[1],orig[2]+z*spacing[2]);
 139
 140        // copy image slice content
 141        memcpy(myData,imageData+z*sizex*sizey,sliceSize);
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 143        // write the image
 144        std::string filename = directory + gdcm::Util::Format("%Image_%05d.dcm", z);
 145        std::cout << "Writing file " << filename;
 146        f1->WriteDcmExplVR(filename);
 147        std::cout << " OK" << std::endl;
 148     }
 149
 150     ////////////////////////////////////////////////////////////
 151     // Free the allocated objects                             //
 152     ////////////////////////////////////////////////////////////
 153     // delete f1; // FIXME: these calls sometimes crashes under .NET ????
 154     // delete h1;
 155
 156     return 0;
 157 }
 158
 159
 160 // just an utility function to retrieve date and time of a file
 161 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile, std::string &date, std::string &time)
 162 {
 163    struct stat buf;
 164    if (stat(inputfile, &buf) == 0)
 165    {
 166       char tmp[512];
 167
 168       strftime(tmp,512,"%Y%m%d", localtime(&buf.st_mtime) );
 169       date = tmp;
 170
 171       strftime(tmp,512,"%H%M%S", localtime(&buf.st_mtime) );
 172       time = tmp;
 173    }
 174    else
 175    {
 176       date = "20040101";
 177       time = "120000";
 178    }
 179 }