Example/Volume2Dicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: Volume2Dicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/10/25 14:52:27 $
   7   Version:   $Revision: 1.10 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * This example was proposed by Jean-Michel Rouet
  21  * It was patch by Mathieu Malaterre to remove ITK reference and be more
  22  * independant from other toolkit
  23  * It's aim is to show people how to write their data volume into DICOM slices
  24  */
  25
  26 #include "gdcmFile.h"
  27 #include "gdcmDocEntry.h"
  28 #include "gdcmFileHelper.h"
  29 #include "gdcmUtil.h"
  30
  31 #define USAGE "USAGE: Input3DImage OutputDirectory"
  32
  33 #include <time.h>
  34 #include <sys/types.h>
  35 #include <sys/stat.h>
  36 #ifdef WIN32
  37    #define stat _stat
  38 #endif
  39
  40 //const unsigned int Dimension = 3;
  41
  42 void gdcmwrite(const char *inputfile, std::string directory);
  43 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile,
  44                         std::string &date, std::string &time);
  45
  46 int main( int argc, char *argv[] )
  47 {
  48    if (argc < 2)
  49    {
  50       std::cerr << argv[0] << USAGE << std::endl;
  51       return 1;
  52    }
  53
  54    //const char *inputfile = argv[1];
  55    std::string directory = argv[1];
  56    //   itksys::SystemTools::ConvertToUnixSlashes( directory );
  57    if (directory[directory.size()-1] != '/')
  58    directory += '/';
  59
  60    std::cout << "Converting image into dicom in " << directory << std::endl;
  61
  62    ////////////////////////////////////////////////////////////
  63    // Reading input image and getting some information       //
  64    ////////////////////////////////////////////////////////////
  65    //std::cout << "Loading image " << inputfile << std::endl;
  66    //PixelType* imageData = input->GetPixelContainer()->GetImportPointer();
  67    uint8_t *imageData = new uint8_t[256*256*10];
  68    memset( imageData, 0, 256*256*10);
  69    std::cout << "Image Loaded." << std::endl;
  70
  71    int   sizex      = 256;
  72    int   sizey      = 256;
  73    int   sizez      = 10;
  74    //float spacing[3] = { 1.0, 1.0, 1.5 };
  75    //float orig[3]    = { 0.0, 0.0, 0.0 };
  76    int   sliceSize  = sizex*sizey*sizeof(uint8_t);
  77
  78    ////////////////////////////////////////////////////////////
  79    // compute window center and window width                 //
  80    ////////////////////////////////////////////////////////////
  81    uint8_t min, max; min = max = imageData[0];
  82    for (int i=1; i<sizex*sizey*sizez; i++)
  83    {
  84       uint8_t val = imageData[i];
  85       if (val > max)
  86          max = val;
  87       if (val < min)
  88          min = val;
  89    }
  90    //float wcenter = (max+min) / 2.;
  91    //float wwidth  = (max-min)>0 ? (max-min) : 1.;
  92
  93    ////////////////////////////////////////////////////////////
  94    // Get file date and time                                 //
  95    ////////////////////////////////////////////////////////////
  96    std::string filedate, filetime;
  97    //GetFileDateAndTime(inputfile, filedate, filetime);
  98
  99    ////////////////////////////////////////////////////////////
 100    // Create a new dicom header and fill in some info        //
 101    ////////////////////////////////////////////////////////////
 102    gdcm::File *f = gdcm::File::New();
 103
 104    ////////////////////////////////////////////////////////////
 105    // Create a new dicom file object from the header         //
 106    ////////////////////////////////////////////////////////////
 107    gdcm::FileHelper  *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 108    uint8_t *myData = fh->GetImageData(); // Get an Image pointer
 109    fh->SetImageData( myData, sliceSize); // This callback ensures that the internal
 110                                         // Pixel_Data of fh is set correctly
 111
 112
 113    ////////////////////////////////////////////////////////////
 114    // Iterate through the slices and save them to file       //
 115    ////////////////////////////////////////////////////////////
 116    for (int z=0; z<sizez; z++)
 117    {
 118       // Set dicom relevant information for that slice
 119       //f->SetImageUIDFromSliceNumber(z);
 120       //f->SetImageLocation(orig[0],orig[1],orig[2]+z*spacing[2]);
 121
 122       // copy image slice content
 123       memcpy(myData,imageData+z*sizex*sizey,sliceSize);
 124
 125       // write the image
 126       std::string filename = directory + gdcm::Util::Format("%Image_%05d.dcm", z);
 127       std::cout << "Writing file " << filename;
 128       fh->WriteDcmExplVR(filename);
 129       std::cout << " OK" << std::endl;
 130    }
 131
 132    ////////////////////////////////////////////////////////////
 133    // Free the allocated objects                             //
 134    ////////////////////////////////////////////////////////////
 135    fh->Delete();
 136    f->Delete();
 137
 138    return 0;
 139 }
 140
 141
 142 // just an utility function to retrieve date and time of a file
 143 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile, std::string &date,
 144                                                std::string &time)
 145 {
 146    struct stat buf;
 147    if (stat(inputfile, &buf) == 0)
 148    {
 149       char tmp[512];
 150
 151       strftime(tmp,512,"%Y%m%d", localtime(&buf.st_mtime) );
 152       date = tmp;
 153
 154       strftime(tmp,512,"%H%M%S", localtime(&buf.st_mtime) );
 155       time = tmp;
 156    }
 157    else
 158    {
 159       date = "20040101";
 160       time = "120000";
 161    }
 162 }