Example/Volume2Dicom.cxx

   1 /*=========================================================================\r
   2                                                                                  \r
   3   Program:   gdcm\r
   4   Module:    $RCSfile: Volume2Dicom.cxx,v $\r
   5   Language:  C++\r
   6   Date:      $Date: 2004/12/04 08:46:10 $\r
   7   Version:   $Revision: 1.1 $\r
   8                                                                                  \r
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de\r
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or\r
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.\r
  12                                                                                  \r
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even\r
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.\r
  16                                                                                  \r
  17 =========================================================================*/\r
  18 \r
  19 /**\r
  20  * This example was proposed by Jean-Michel Rouet\r
  21  * It was patch by Mathieu Malaterre to remove ITK reference and be more\r
  22  * independant from other toolkit\r
  23  * It's aim is to show people how to write their data volume into DICOM slices\r
  24  */\r
  25 \r
  26 #include "gdcmHeader.h"\r
  27 #include "gdcmDocEntry.h"\r
  28 #include "gdcmBinEntry.h"\r
  29 #include "gdcmFile.h"\r
  30 #include "gdcmUtil.h"\r
  31 \r
  32 #define USAGE "USAGE: Input3DImage OutputDirectory"\r
  33 \r
  34 #include <time.h>\r
  35 #include <sys/types.h>\r
  36 #include <sys/stat.h>\r
  37 #ifdef WIN32\r
  38 #define stat _stat\r
  39 #endif\r
  40 \r
  41 const unsigned int Dimension = 3;\r
  42 \r
  43 void gdcmwrite(const char *inputfile, std::string directory);\r
  44 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile, std::string &date, std::string &time);\r
  45 \r
  46 int main( int argc, char * argv[] )\r
  47 {\r
  48    \r
  49    if (argc < 2) \r
  50    {\r
  51       std::cerr << argv[0] << USAGE << std::endl;\r
  52       return 1;\r
  53    }    \r
  54 \r
  55    //const char *inputfile = argv[1];\r
  56    std::string directory = argv[1];\r
  57 //   itksys::SystemTools::ConvertToUnixSlashes( directory );\r
  58    if (directory[directory.size()-1] != '/') directory += '/';\r
  59 \r
  60    std::cout << "Converting image into dicom in " << directory << std::endl;\r
  61 \r
  62     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
  63     // Reading input image and getting some information       //\r
  64     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
  65     //std::cout << "Loading image " << inputfile << std::endl;\r
  66     //PixelType* imageData = input->GetPixelContainer()->GetImportPointer();\r
  67     uint8_t *imageData = new uint8_t[256*256*10];\r
  68     memset( imageData, 0, 256*256*10);\r
  69     std::cout << "Image Loaded." << std::endl;\r
  70 \r
  71     int   sizex      = 256;\r
  72     int   sizey      = 256;\r
  73     int   sizez      = 10;\r
  74     float spacing[3] = { 1.0, 1.0, 1.5 };\r
  75     float orig[3]    = { 0.0, 0.0, 0.0 };\r
  76     int   sliceSize  = sizex*sizey*sizeof(uint8_t);\r
  77 \r
  78     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
  79     // compute window center and window width                 //\r
  80     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
  81     uint8_t min, max; min = max = imageData[0];\r
  82     for (int i=1; i<sizex*sizey*sizez; i++) \r
  83     {\r
  84        uint8_t val = imageData[i];\r
  85        if (val > max) max = val;\r
  86        if (val < min) min = val;\r
  87     }\r
  88     float wcenter = (max+min) / 2.;\r
  89     float wwidth  = (max-min)>0 ? (max-min) : 1.;\r
  90 \r
  91     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
  92     // Get file date and time                                 //\r
  93     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
  94     std::string filedate, filetime;    \r
  95     //GetFileDateAndTime(inputfile, filedate, filetime);\r
  96 \r
  97     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
  98     // Create a new dicom header and fill in some info        //\r
  99     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
 100     gdcm::Header *h1 = new gdcm::Header();\r
 101 \r
 102     //h1->SetDateAndTime(filedate, filetime);\r
 103     //h1->SetModality("CT");\r
 104     //h1->SetPatientName( "TestPatient");\r
 105     //h1->SetPatientID( "TestID");\r
 106     //h1->SetStudyID( "1");\r
 107     //h1->SetSeriesNumber( "1");\r
 108     //h1->SetSliceThickness(spacing[2]);\r
 109     //h1->SetSpaceBetweenSlices(spacing[2]);\r
 110     //h1->SetXYSpacing( spacing[0], spacing[1]);\r
 111     //h1->SetXSize(sizex);\r
 112     //h1->SetYSize(sizey);\r
 113     //h1->SetNbBitsAllocated(16);\r
 114     //h1->SetNbBitsStored(12);\r
 115     //h1->SetNbBitsStored(12);\r
 116     //h1->SetPixelSigned(true);\r
 117     //h1->SetCenter( wcenter);\r
 118     //h1->SetWindow( wwidth);\r
 119 \r
 120     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
 121     // Create a new dicom file object from the header         //\r
 122     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
 123     gdcm::File  *f1 = new gdcm::File(h1);\r
 124     uint8_t *myData = f1->GetImageData(); // Get an Image pointer\r
 125     f1->SetImageData( myData, sliceSize); // This callback ensures that the internal\r
 126                                           // Pixel_Data of f1 is set correctly\r
 127 \r
 128     \r
 129     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
 130     // Iterate through the slices and save them to file       //\r
 131     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
 132     for (int z=0; z<sizez; z++) \r
 133     {\r
 134        // Set dicom relevant information for that slice\r
 135        //h1->SetImageUIDFromSliceNumber(z);\r
 136        //h1->SetImageLocation(orig[0],orig[1],orig[2]+z*spacing[2]);\r
 137 \r
 138        // copy image slice content\r
 139        memcpy(myData,imageData+z*sizex*sizey,sliceSize);\r
 140 \r
 141        // write the image\r
 142        std::string filename = directory + gdcm::Util::Format("%Image_%05d.dcm", z);\r
 143        std::cout << "Writing file " << filename;\r
 144        f1->WriteDcmExplVR(filename);\r
 145        std::cout << " OK" << std::endl;\r
 146     }\r
 147 \r
 148     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
 149     // Free the allocated objects                             //\r
 150     ////////////////////////////////////////////////////////////\r
 151     // delete f1; // FIXME: these calls sometimes crashes under .NET ????\r
 152     // delete h1;\r
 153 }\r
 154 \r
 155 \r
 156 // just an utility function to retrieve date and time of a file\r
 157 void GetFileDateAndTime(const char *inputfile, std::string &date, std::string &time)\r
 158 {\r
 159    struct stat buf;    \r
 160    if (stat(inputfile, &buf) == 0) \r
 161    {\r
 162       char tmp[512];\r
 163 \r
 164       strftime(tmp,512,"%Y%m%d", localtime(&buf.st_mtime) );\r
 165       date = tmp;\r
 166 \r
 167       strftime(tmp,512,"%H%M%S", localtime(&buf.st_mtime) );\r
 168       time = tmp;\r
 169    }\r
 170    else\r
 171    {\r
 172       date = "20040101";\r
 173       time = "120000";\r
 174    }\r
 175 }\r
 176 \r