Example/WriteDicomAsJPEG.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: WriteDicomAsJPEG.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/08/28 16:49:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.19 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23
  24 // Open a dicom file and compress it as JPEG stream
  25 int main(int argc, char *argv[])
  26 {
  27   if( argc < 2)
  28     {
  29     std::cerr << argv[0] << " inputfilename.dcm [ outputfilename.dcm"
  30               << " quality debug]\n";
  31     return 1;
  32     }
  33
  34    std::string filename = argv[1];
  35    std::string outfilename = "/tmp/bla.dcm";
  36    if( argc >= 3 )
  37      outfilename = argv[2];
  38    int quality = 100;
  39    if( argc >= 4 )
  40      quality = atoi(argv[3]);
  41    std::cerr << "Using quality: " << quality << std::endl;
  42
  43    if (argc > 4)
  44       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  45
  46 // Step 1 : Read the image
  47    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  48    f->SetLoadMode ( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL ); // Load everything
  49    f->SetFileName( filename );
  50    f->Load();
  51
  52    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *tested = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( f );
  53    std::string PixelType = tested->GetFile()->GetPixelType();
  54    int xsize = f->GetXSize();
  55    int ysize = f->GetYSize();
  56    int zsize = f->GetZSize();
  57    //tested->Print( std::cout );
  58
  59    int samplesPerPixel = f->GetSamplesPerPixel();
  60    size_t testedDataSize    = tested->GetImageDataSize();
  61    uint8_t *testedImageData = tested->GetImageData();
  62
  63    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
  64       tested->Print( std::cout );
  65
  66 // Step 1 : Create the header of the new file
  67    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  68    std::ostringstream str;
  69
  70    // Set the image size
  71    str.str("");
  72    str << xsize;
  73    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
  74    str.str("");
  75    str << ysize;
  76    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
  77
  78    if(zsize>1)
  79    {
  80       str.str("");
  81       str << zsize;
  82       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008,"IS"); // Number of Frames
  83    }
  84
  85    int bitsallocated = f->GetBitsAllocated();
  86    int bitsstored    = f->GetBitsStored();
  87    int highbit       = f->GetHighBitPosition();
  88    //std::string pixtype = f->GetPixelType();
  89    int sign = f->IsSignedPixelData();
  90
  91    // Set the pixel type
  92    str.str("");
  93    str << bitsallocated;
  94    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100,"US");// Bits Allocated
  95    str.str("");
  96    str << bitsstored;
  97    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101,"US");  // Bits Stored
  98
  99    str.str("");
 100    str << highbit;
 101    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 102
 103    // Set the pixel representation
 104    str.str("");
 105    str << sign;
 106    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103,"US"); // Pixel Representation
 107
 108    // Set the samples per pixel
 109    str.str("");
 110    str << samplesPerPixel; //img.components;
 111    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002,"US"); // Samples per Pixel
 112
 113 // The image may be displayed uncorectly if these fields are missing
 114
 115    // Set the Pixel Aspect Ratio, if any
 116    std::string par = f->GetEntryString(0x0028,0x0034);
 117    std::cerr <<"Pixel Aspect Ratio [" << par << "]" << std::endl;
 118    if ( par != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 119       fileToBuild->InsertEntryString(par,0x0028,0x0034,"IS"); // Pixel Aspect Ratio
 120
 121    // Set the Modality, if any
 122    std::string modality = f->GetEntryString(0x0008,0x0060);
 123    std::cerr <<"Modality [" << modality << "]" << std::endl;
 124    if ( modality != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 125       fileToBuild->InsertEntryString(modality,0x0008,0x0060,"CS"); // Modality
 126
 127    // Set the Media Storage SOP Class UID, if any
 128    std::string mssop = f->GetEntryString(0x0002,0x0002);
 129    std::cerr <<"Media Storage SOP Class UID [" << mssop << "]" << std::endl;
 130    if ( mssop != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 131       fileToBuild->InsertEntryString(mssop,0x0002,0x0002,"UI"); // Media Storage SOP Class UID
 132
 133    // This one is mandatory to deal with Pixel Aspect Ratio, in ultrasound images !
 134    // Set the SOP Class UID, if any
 135    std::string sop = f->GetEntryString(0x0008,0x0016);
 136    std::cerr <<"SOP Class UID [" << sop << "]" << std::endl;
 137    if ( sop != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 138       fileToBuild->InsertEntryString(sop,0x0008,0x0016,"UI"); // SOP Class UID
 139
 140 // Step 2 : Create the output image
 141    size_t size = xsize * ysize * zsize
 142                * samplesPerPixel  * bitsallocated / 8;
 143
 144    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 145
 146    // Consider that pixels are unmodified
 147    fileH->SetContentType(GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 148
 149    std::cerr << "size " << size << " testedDataSize " << testedDataSize <<
 150                  std::endl;
 151    assert(abs (size-testedDataSize) <= 1 );
 152    fileH->SetWriteTypeToJPEG(  );
 153    //fileH->SetImageData(testedImageData, testedDataSize);
 154
 155    // SetUserData will ensure the compression
 156    fileH->SetUserData(testedImageData, testedDataSize);
 157    if( !fileH->Write(outfilename) )
 158      {
 159      std::cerr << "write fails" << std::endl;
 160      }
 161
 162    f->Delete();
 163    tested->Delete();
 164    fileToBuild->Delete();
 165    fileH->Delete();
 166
 167    return 0;
 168 }
 169