Example/WriteDicomAsJPEG.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: WriteDicomAsJPEG.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/10/18 19:54:25 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21
  22 #include <iostream>
  23 #include <sstream>
  24
  25 #include <stdio.h>
  26 extern "C" {
  27 #include "gdcmjpeg/8/jconfig.h"
  28 #include "gdcmjpeg/8/jpeglib.h"
  29 #include "gdcmjpeg/8/jinclude.h"
  30 #include "gdcmjpeg/8/jerror.h"
  31 }
  32
  33 #include "gdcmJPEGFragment.h"
  34 #include <setjmp.h>
  35 #include <fstream>
  36
  37 #include "jdatasrc.cxx"
  38 #include "jdatadst.cxx"
  39
  40 bool CreateOneFrame (std::ostream *fp, void *input_buffer, int fragment_size,
  41                      int image_width, int image_height, int sample_pixel, int quality)
  42 {
  43    JSAMPLE *image_buffer = (JSAMPLE*) input_buffer;
  44
  45   /* This struct contains the JPEG compression parameters and pointers to
  46    * working space (which is allocated as needed by the JPEG library).
  47    * It is possible to have several such structures, representing multiple
  48    * compression/decompression processes, in existence at once.  We refer
  49    * to any one struct (and its associated working data) as a "JPEG object".
  50    */
  51   struct jpeg_compress_struct cinfo;
  52   /* This struct represents a JPEG error handler.  It is declared separately
  53    * because applications often want to supply a specialized error handler
  54    * (see the second half of this file for an example).  But here we just
  55    * take the easy way out and use the standard error handler, which will
  56    * print a message on stderr and call exit() if compression fails.
  57    * Note that this struct must live as long as the main JPEG parameter
  58    * struct, to avoid dangling-pointer problems.
  59    */
  60   struct jpeg_error_mgr jerr;
  61   /* More stuff */
  62   //FILE*  outfile;    /* target FILE* /
  63   JSAMPROW row_pointer[1];   /* pointer to JSAMPLE row[s] */
  64   int row_stride;            /* physical row width in image buffer */
  65
  66   /* Step 1: allocate and initialize JPEG compression object */
  67
  68   /* We have to set up the error handler first, in case the initialization
  69    * step fails.  (Unlikely, but it could happen if you are out of memory.)
  70    * This routine fills in the contents of struct jerr, and returns jerr's
  71    * address which we place into the link field in cinfo.
  72    */
  73   cinfo.err = jpeg_std_error(&jerr);
  74   /* Now we can initialize the JPEG compression object. */
  75   jpeg_create_compress(&cinfo);
  76
  77   /* Step 2: specify data destination (eg, a file) */
  78   /* Note: steps 2 and 3 can be done in either order. */
  79
  80   /* Here we use the library-supplied code to send compressed data to a
  81    * stdio stream.  You can also write your own code to do something else.
  82    * VERY IMPORTANT: use "b" option to fopen() if you are on a machine that
  83    * requires it in order to write binary files.
  84    */
  85  // if ((outfile = fopen(filename, "wb")) == NULL) {
  86  //   fprintf(stderr, "can't open %s\n", filename);
  87  //   exit(1);
  88  //
  89  // }
  90   jpeg_stdio_dest(&cinfo, fp, fragment_size);
  91
  92   /* Step 3: set parameters for compression */
  93
  94   /* First we supply a description of the input image.
  95    * Four fields of the cinfo struct must be filled in:
  96    */
  97   cinfo.image_width = image_width;/* image width and height, in pixels */
  98   cinfo.image_height = image_height;
  99   if ( sample_pixel == 3 )
 100     {
 101     cinfo.input_components = 3;     /* # of color components per pixel */
 102     cinfo.in_color_space = JCS_RGB; /* colorspace of input image */
 103     }
 104   else
 105     {
 106     cinfo.input_components = 1;     /* # of color components per pixel */
 107     cinfo.in_color_space = JCS_GRAYSCALE; /* colorspace of input image */
 108     }
 109   /* Now use the library's routine to set default compression parameters.
 110    * (You must set at least cinfo.in_color_space before calling this,
 111    * since the defaults depend on the source color space.)
 112    */
 113   jpeg_set_defaults(&cinfo);
 114   /* Now you can set any non-default parameters you wish to.
 115    * Here we just illustrate the use of quality (quantization table) scaling:
 116    */
 117   jpeg_set_quality(&cinfo, quality, TRUE /* limit to baseline-JPEG values */);
 118
 119   /* Step 4: Start compressor */
 120
 121   /* TRUE ensures that we will write a complete interchange-JPEG file.
 122    * Pass TRUE unless you are very sure of what you're doing.
 123    */
 124   jpeg_start_compress(&cinfo, TRUE);
 125
 126   /* Step 5: while (scan lines remain to be written) */
 127   /*           jpeg_write_scanlines(...); */
 128
 129   /* Here we use the library's state variable cinfo.next_scanline as the
 130    * loop counter, so that we don't have to keep track ourselves.
 131    * To keep things simple, we pass one scanline per call; you can pass
 132    * more if you wish, though.
 133    */
 134   if (sample_pixel == 3)
 135     {
 136     row_stride = image_width * 3;/* JSAMPLEs per row in image_buffer */
 137     }
 138   else
 139     {
 140     row_stride = image_width * 1;/* JSAMPLEs per row in image_buffer */
 141     }
 142
 143
 144   while (cinfo.next_scanline < cinfo.image_height) {
 145     /* jpeg_write_scanlines expects an array of pointers to scanlines.
 146      * Here the array is only one element long, but you could pass
 147      * more than one scanline at a time if that's more convenient.
 148      */
 149     row_pointer[0] = & image_buffer[cinfo.next_scanline * row_stride];
 150
 151     (void) jpeg_write_scanlines(&cinfo, row_pointer, 1);
 152   }
 153
 154   /* Step 6: Finish compression */
 155
 156   jpeg_finish_compress(&cinfo);
 157
 158   /* After finish_compress, we can close the output file. */
 159
 160  // fclose(fp); --> the caller will close (multiframe treatement)
 161
 162   /* Step 7: release JPEG compression object */
 163
 164   /* This is an important step since it will release a good deal of memory. */
 165   jpeg_destroy_compress(&cinfo);
 166
 167   /* And we're done! */
 168
 169   return true;
 170 }
 171
 172 // Open a dicom file and compress it as JPEG stream
 173 int main(int argc, char *argv[])
 174 {
 175   if( argc < 2)
 176     return 1;
 177
 178   std::string filename = argv[1];
 179
 180 // Step 1 : Create the header of the image
 181    gdcm::File *f = new gdcm::File();
 182    f->SetLoadMode ( gdcm::LD_ALL ); // Load everything
 183    f->SetFileName( filename );
 184    f->Load();
 185
 186    gdcm::FileHelper *tested = new gdcm::FileHelper( f );
 187    std::string PixelType = tested->GetFile()->GetPixelType();
 188    int xsize = f->GetXSize();
 189    int ysize = f->GetYSize();
 190
 191    int samplesPerPixel = f->GetSamplesPerPixel();
 192    size_t testedDataSize    = tested->GetImageDataSize();
 193    std::cerr << "testedDataSize:" << testedDataSize << std::endl;
 194    uint8_t *testedImageData = tested->GetImageData();
 195
 196    //std::ofstream *of = new std::ofstream("/tmp/jpeg.jpg");
 197    std::ostringstream *of = new std::ostringstream();
 198    std::cout << "X: " << xsize << std::endl;
 199    std::cout << "Y: " << ysize << std::endl;
 200    std::cout << "Sample: " << samplesPerPixel << std::endl;
 201    int fragment_size = xsize*ysize*samplesPerPixel;
 202    CreateOneFrame(of, testedImageData, fragment_size, xsize, ysize, samplesPerPixel, 100);
 203    if( !f->IsReadable() )
 204    {
 205       std::cerr << "-------------------------------\n"
 206                 << "Error while creating the file\n"
 207                 << "This file is considered to be not readable\n";
 208
 209       return 1;
 210    }
 211    std::streambuf* sb = of->rdbuf();
 212    (void)sb;
 213
 214
 215
 216
 217
 218
 219 // Step 1 : Create the header of the image
 220
 221    gdcm::File *fileToBuild = new gdcm::File();
 222    std::ostringstream str;
 223
 224    // Set the image size
 225    str.str("");
 226    str << xsize;
 227    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 228    str.str("");
 229    str << ysize;
 230    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 231
 232    //if(img.sizeZ>1)
 233    //{
 234    //   str.str("");
 235    //   str << img.sizeZ;
 236    //   fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008); // Number of Frames
 237    //}
 238
 239    // Set the pixel type
 240    str.str("");
 241    str << 8; //img.componentSize;
 242    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 243
 244    str.str("");
 245    str << 8; //img.componentUse;
 246    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101); // Bits Stored
 247
 248    str.str("");
 249    str << 7; //( img.componentSize - 1 );
 250    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102); // High Bit
 251
 252    // Set the pixel representation
 253    str.str("");
 254    str << 0; //img.sign;
 255    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 256
 257    // Set the samples per pixel
 258    str.str("");
 259    str << samplesPerPixel; //img.components;
 260    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 261
 262 // Step 2 : Create the output image
 263 //   std::cout << "2...";
 264 //   if( img.componentSize%8 > 0 )
 265 //   {
 266 //      img.componentSize += 8-img.componentSize%8;
 267 //   }
 268    size_t size = xsize * ysize * 1 /*Z*/
 269                * samplesPerPixel /* * img.componentSize / 8*/;
 270
 271    uint8_t *imageData = new uint8_t[size];
 272    gdcm::FileHelper *fileH = new gdcm::FileHelper(fileToBuild);
 273    //fileH->SetImageData(imageData,size);
 274    assert( size == testedDataSize );
 275    size = of->str().size();
 276    //size = sb->in_avail();
 277    std::cerr << "Size JPEG:" << size << std::endl;
 278    //fileH->SetImageData((uint8_t*)of->str().c_str(), size);
 279    memcpy(imageData, of->str().c_str(), size);
 280    fileH->SetImageData(imageData, size);
 281    //str::string *s = of->str();
 282    //fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 283    fileH->SetWriteTypeToJPEG(  );
 284    std::string fileName = "/tmp/bla.dcm";
 285    if( !fileH->Write(fileName) )
 286      {
 287      std::cerr << "Badddd" << std::endl;
 288      }
 289    //of->close();
 290    std::ofstream out("/tmp/jpeg2.jpg");
 291    //out.write( of->str(), of
 292    //out << of->str(); //rdbuf is faster than going through str()
 293    out.write( (char*)imageData, size);
 294    std::cerr << "JPEG marker is: " << imageData[6] << imageData[7] <<
 295      imageData[8] << imageData[9] << std::endl;
 296    //out.rdbuf( *sb );
 297    out.close();
 298
 299    delete of;
 300    delete f;
 301    delete tested;
 302    delete fileToBuild;
 303    delete fileH;
 304
 305    return 0;
 306 }
 307