Example/WriteDicomAsJPEG2000.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: WriteDicomAsJPEG2000.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/06/21 15:01:00 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22
  23 // Open a dicom file and compress it as JPEG 2000 stream
  24 int main(int argc, char *argv[])
  25 {
  26   if( argc < 2)
  27     {
  28     std::cerr << argv[0] << " inputfilename.dcm\n";
  29     return 1;
  30     }
  31
  32    std::string filename = argv[1];
  33    std::string outfilename = "/tmp/bla.dcm";
  34    if( argc >= 3 )
  35      outfilename = argv[2];
  36    int quality = 100;
  37    if( argc >= 4 )
  38      quality = atoi(argv[3]);
  39    std::cerr << "Using quality: " << quality << std::endl;
  40
  41 // Step 1 : Create the header of the image
  42    //GDCM_NAME_SPACE::File *f = new GDCM_NAME_SPACE::File();
  43    // gdcm1.3 syntax. Sorry
  44    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  45    f->SetLoadMode ( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL ); // Load everything
  46    f->SetFileName( filename );
  47    f->Load();
  48
  49    //GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *tested = new GDCM_NAME_SPACE::FileHelper( f );
  50    // gdcm1.3 syntax. Sorry
  51    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *tested = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( f );
  52    std::string PixelType = tested->GetFile()->GetPixelType();
  53    int xsize = f->GetXSize();
  54    int ysize = f->GetYSize();
  55    int zsize = f->GetZSize();
  56    //tested->Print( std::cout );
  57
  58    int samplesPerPixel = f->GetSamplesPerPixel();
  59    size_t testedDataSize    = tested->GetImageDataSize();
  60    uint8_t *testedImageData = tested->GetImageData();
  61
  62 // Step 1 : Create the header of the image
  63
  64 //   GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = new GDCM_NAME_SPACE::File();
  65    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
  66    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  67
  68    std::ostringstream str;
  69
  70    // Set the image size
  71    str.str("");
  72    str << xsize;
  73    //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
  74    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
  75    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
  76    str.str("");
  77    str << ysize;
  78    //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
  79    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
  80    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
  81
  82    if(zsize>1)
  83    {
  84       str.str("");
  85       str << zsize;
  86       //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0008); // Number of Frames
  87    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
  88       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
  89    }
  90    int bitsallocated = f->GetBitsAllocated();
  91    int bitsstored = f->GetBitsStored();
  92    int highbit = f->GetHighBitPosition();
  93    //std::string pixtype = f->GetPixelType();
  94    int sign = f->IsSignedPixelData();
  95
  96    // Set the pixel type
  97    str.str("");
  98    str << bitsallocated;
  99    //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 100    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
 101    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
 102
 103    str.str("");
 104    str << bitsstored;
 105    //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0101); // Bits Stored
 106    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
 107    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 108    str.str("");
 109    str << highbit;
 110    //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0102); // High Bit
 111    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
 112    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 113
 114    // Set the pixel representation
 115    str.str("");
 116    str << sign;
 117    //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 118    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
 119    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 120
 121
 122    // Set the samples per pixel
 123    str.str("");
 124    str << samplesPerPixel; //img.components;
 125    //fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 126    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
 127    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 128
 129 // Step 2 : Create the output image
 130    //GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = new GDCM_NAME_SPACE::FileHelper(fileToBuild);
 131    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
 132    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 133    fileH->SetWriteTypeToJPEG2000(  );
 134    fileH->SetImageData(testedImageData, testedDataSize);
 135    if( !fileH->Write(outfilename) )
 136      {
 137      std::cerr << "write fails" << std::endl;
 138      }
 139
 140    //delete f;
 141    // gdcm1.3 syntax. Sorry !
 142    f->Delete();
 143    //delete tested;
 144    tested->Delete();
 145    //delete fileToBuild;
 146    fileToBuild->Delete();
 147    //delete fileH;
 148    fileH->Delete();
 149
 150    return 0;
 151 }