Example/WriteDicomAsJPEG2000.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: WriteDicomAsJPEG2000.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/08/29 08:13:40 $
   7   Version:   $Revision: 1.10 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23
  24 // Open a dicom file and compress it as JPEG2000 stream
  25 int main(int argc, char *argv[])
  26 {
  27   if( argc < 2)
  28     {
  29     std::cerr << argv[0] << " inputfilename.dcm [ outputfilename.dcm"
  30               << " quality debug]\n";
  31     return 1;
  32     }
  33
  34    std::string filename = argv[1];
  35    std::string outfilename = "/tmp/bla.dcm";
  36    if( argc >= 3 )
  37      outfilename = argv[2];
  38    int quality = 100;
  39    if( argc >= 4 )
  40      quality = atoi(argv[3]);
  41    std::cerr << "Using quality: " << quality << std::endl;
  42
  43    if (argc > 4)
  44       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  45
  46 // Step 1 : Read the image
  47    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  48    f->SetLoadMode ( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL ); // Load everything
  49    f->SetFileName( filename );
  50    f->Load();
  51
  52    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *tested = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( f );
  53    std::string PixelType = tested->GetFile()->GetPixelType();
  54    int xsize = f->GetXSize();
  55    int ysize = f->GetYSize();
  56    int zsize = f->GetZSize();
  57    //tested->Print( std::cout );
  58
  59    int samplesPerPixel = f->GetSamplesPerPixel();
  60    size_t testedDataSize    = tested->GetImageDataRawSize(); // Raw : Don't convert gray pixels+LUT to RBG pixels
  61    uint8_t *testedImageData = tested->GetImageDataRaw();
  62
  63    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() ) {
  64       tested->Print( std::cout );
  65       std::cout << "-------------------------------------------------------------------------------" << std::endl;
  66    }
  67 // Step 1 : Create the header of the new file
  68    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  69    std::ostringstream str;
  70
  71    // Set the image size
  72    str.str("");
  73    str << xsize;
  74    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
  75    str.str("");
  76    str << ysize;
  77    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
  78
  79    if(zsize>1)
  80    {
  81       str.str("");
  82       str << zsize;
  83       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008,"IS"); // Number of Frames
  84    }
  85
  86    int bitsallocated = f->GetBitsAllocated();
  87    int bitsstored    = f->GetBitsStored();
  88    int highbit       = f->GetHighBitPosition();
  89    //std::string pixtype = f->GetPixelType();
  90    int sign = f->IsSignedPixelData();
  91
  92    // Set the pixel type
  93    str.str("");
  94    str << bitsallocated;
  95    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100,"US");// Bits Allocated
  96    str.str("");
  97    str << bitsstored;
  98    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101,"US");  // Bits Stored
  99
 100    str.str("");
 101    str << highbit;
 102    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 103
 104    // Set the pixel representation
 105    str.str("");
 106    str << sign;
 107    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103,"US"); // Pixel Representation
 108
 109    // Set the samples per pixel
 110    str.str("");
 111    str << samplesPerPixel; //img.components;
 112    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002,"US"); // Samples per Pixel
 113
 114 // The image may be displayed uncorectly if these fields are missing
 115
 116    // Set the Pixel Aspect Ratio, if any
 117    std::string par = f->GetEntryString(0x0028,0x0034);
 118    std::cerr <<"Pixel Aspect Ratio [" << par << "]" << std::endl;
 119    if ( par != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 120       fileToBuild->InsertEntryString(par,0x0028,0x0034,"IS"); // Pixel Aspect Ratio
 121
 122    // Set the Modality, if any
 123    std::string modality = f->GetEntryString(0x0008,0x0060);
 124    std::cerr <<"Modality [" << modality << "]" << std::endl;
 125    if ( modality != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 126       fileToBuild->InsertEntryString(modality,0x0008,0x0060,"CS"); // Modality
 127
 128    // Set the Media Storage SOP Class UID, if any
 129    std::string mssop = f->GetEntryString(0x0002,0x0002);
 130    std::cerr <<"Media Storage SOP Class UID [" << mssop << "]" << std::endl;
 131    if ( mssop != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 132       fileToBuild->InsertEntryString(mssop,0x0002,0x0002,"UI"); // Media Storage SOP Class UID
 133
 134    // This one is mandatory to deal with Pixel Aspect Ratio, in ultrasound images !
 135    // Set the SOP Class UID, if any
 136    std::string sop = f->GetEntryString(0x0008,0x0016);
 137    std::cerr <<"SOP Class UID [" << sop << "]" << std::endl;
 138    if ( sop != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 139       fileToBuild->InsertEntryString(sop,0x0008,0x0016,"UI"); // SOP Class UID
 140
 141 // Step 2 : Create the output image
 142    size_t size = xsize * ysize * zsize
 143                * samplesPerPixel  * bitsallocated / 8;
 144
 145    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 146
 147    // Consider that pixels are unmodified
 148    fileH->SetContentType(GDCM_NAME_SPACE::UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);
 149    std::cerr << "xsize " << xsize << " ysize " << ysize << " zsize " << zsize << " samplesPerPixel " << samplesPerPixel
 150              << " bitsallocated " << bitsallocated << std::endl;
 151    std::cerr << "size " << size << " testedDataSize " << testedDataSize <<
 152                  std::endl;
 153    assert(abs (size-testedDataSize) <= 1 );
 154    fileH->SetWriteTypeToJPEG2000(  );
 155    //fileH->SetImageData(testedImageData, testedDataSize);
 156
 157    // SetUserData will ensure the compression
 158    fileH->SetUserData(testedImageData, testedDataSize);
 159    if( !fileH->Write(outfilename) )
 160      {
 161      std::cerr << "write fails" << std::endl;
 162      }
 163
 164    f->Delete();
 165    tested->Delete();
 166    fileToBuild->Delete();
 167    fileH->Delete();
 168
 169    return 0;
 170 }
 171