Example/WriteDicomAsJPEG2000.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: WriteDicomAsJPEG2000.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/08/24 10:48:08 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22
  23 // Open a dicom file and compress it as JPEG 2000 stream
  24 int main(int argc, char *argv[])
  25 {
  26   if( argc < 2)
  27     {
  28     std::cerr << argv[0] << " inputfilename.dcm\n";
  29     return 1;
  30     }
  31
  32    std::string filename = argv[1];
  33    std::string outfilename = "/tmp/bla.dcm";
  34    if( argc >= 3 )
  35      outfilename = argv[2];
  36    int quality = 100;
  37    if( argc >= 4 )
  38      quality = atoi(argv[3]);
  39    std::cerr << "Using quality: " << quality << std::endl;
  40
  41 // Step 1 : Create the header of the image
  42    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  43    f->SetLoadMode ( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL ); // Load everything
  44    f->SetFileName( filename );
  45    f->Load();
  46
  47    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *tested = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( f );
  48    std::string PixelType = tested->GetFile()->GetPixelType();
  49    int xsize = f->GetXSize();
  50    int ysize = f->GetYSize();
  51    int zsize = f->GetZSize();
  52    //tested->Print( std::cout );
  53
  54    int samplesPerPixel = f->GetSamplesPerPixel();
  55    size_t testedDataSize    = tested->GetImageDataSize();
  56    uint8_t *testedImageData = tested->GetImageData();
  57
  58 // Step 1 : Create the header of the image
  59
  60    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  61    std::ostringstream str;
  62
  63    // Set the image size
  64    str.str("");
  65    str << xsize;
  66    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
  67    str.str("");
  68    str << ysize;
  69    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
  70
  71    if(zsize>1)
  72    {
  73       str.str("");
  74       str << zsize;
  75       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
  76    }
  77    int bitsallocated = f->GetBitsAllocated();
  78    int bitsstored = f->GetBitsStored();
  79    int highbit = f->GetHighBitPosition();
  80    //std::string pixtype = f->GetPixelType();
  81    int sign = f->IsSignedPixelData();
  82
  83    // Set the pixel type
  84    str.str("");
  85    str << bitsallocated;
  86    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
  87
  88    str.str("");
  89    str << bitsstored;
  90    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
  91
  92    str.str("");
  93    str << highbit;
  94    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
  95
  96    // Set the pixel representation
  97    str.str("");
  98    str << sign;
  99    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 100
 101    // Set the samples per pixel
 102    str.str("");
 103    str << samplesPerPixel; //img.components;
 104    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 105
 106 // Step 2 : Create the output image
 107    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 108    fileH->SetWriteTypeToJPEG2000(  );
 109    //fileH->SetImageData(testedImageData, testedDataSize);
 110    fileH->SetUserData(testedImageData, testedDataSize);
 111    if( !fileH->Write(outfilename) )
 112      {
 113      std::cerr << "write fails" << std::endl;
 114      }
 115
 116    f->Delete();
 117    tested->Delete();
 118    fileToBuild->Delete();
 119    fileH->Delete();
 120
 121    return 0;
 122 }
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