Example/exCTPET.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exCTPET.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/01/02 21:54:23 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmSerieHelper.h"
  20 #include "gdcmDirList.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23
  24 int main(int argc, char *argv[])
  25 {
  26   if(argc < 2 )
  27     {
  28     std::cerr << "RTFM" << std::endl;
  29     return 1;
  30     }
  31
  32   // Get the directory name
  33   const char *directory = argv[1];
  34 #if 0
  35   gdcm::SerieHelper *s;
  36    std::cout << "Dir Name :[" << directory << "]" << std::endl;
  37
  38    s = gdcm::SerieHelper::New();
  39    s->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW | gdcm::LD_NOSEQ);
  40    // 0008|0060 [CS] [Modality] [CT]
  41    gdcm::TagKey modality(0x0008,0x0060);
  42    s->AddRestriction(modality, "CT", gdcm::GDCM_EQUAL); // Keep only files where
  43                                               // restriction is true
  44    s->SetDirectory(directory, true); // true : recursive exploration
  45
  46 //   std::cout << " ---------------------------------------- Finish parsing :["
  47 //             << directory << "]" << std::endl;
  48 //
  49 //   s->Print();
  50 //   std::cout << " ---------------------------------------- Finish printing (1)"
  51 //             << std::endl;
  52
  53    int nbFiles;
  54    // For all the Single SerieUID Files Sets of the gdcm::Serie
  55    gdcm::FileList *l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  56    while (l)
  57    {
  58       nbFiles = l->size() ;
  59       //if ( l->size() > 3 ) // Why not ? Just an example, for testing
  60       {
  61          //std::cout << "Sort list : " << nbFiles << " long" << std::endl;
  62          s->OrderFileList(l);  // sort the list
  63       }
  64       l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
  65    }
  66   s->Delete();
  67 #endif
  68
  69   // Open a file A
  70   // Open another file B
  71   // Same Serie/Study ?
  72   // No -> return
  73   // Yes -> continue
  74   // Same Frame of Reference
  75   // No -> Return
  76   // Yes -> continue
  77   // A is CT and B is PT (PET)
  78   // No -> return
  79   // Yes -> continue
  80   // Same Image Position (no string comparison !!)
  81   // Even if floating point comparison are dangerous, string comp will not work in general case
  82   // No -> Return
  83   // Yes: We found a match
  84
  85   const char filename1[] = "/tmp/PETCT/case1/WHOLEB001_CT001.dcm";
  86   const char filename2[] = "/tmp/PETCT/case1/CT_PET001_CT100.dcm";
  87   gdcm::File *fileRef = gdcm::File::New();
  88   fileRef->SetFileName( filename2 );
  89   fileRef->Load();
  90   // 0008 0060 CS 1 Modality
  91   std::string modalityRef = fileRef->GetEntryString(0x0008,0x0060);
  92   if( modalityRef == gdcm::GDCM_UNFOUND ) return 1;
  93   if ( !gdcm::Util::DicomStringEqual(modalityRef, "CT") ) return 1;
  94     // 0020 000d UI 1 Study Instance UID
  95     // 0020 000e UI REL Series Instance UID
  96   std::string series_uid_ref = fileRef->GetEntryString(0x0020, 0x000e);
  97   // 0020 0052 UI 1 Frame of Reference UID
  98   std::string frame_uid_ref = fileRef->GetEntryString(0x0020, 0x0052);
  99   // 0020 0032 DS 3 Image Position (Patient)
 100   gdcm::DataEntry *imagePosRef = fileRef->GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 101   assert( imagePosRef->GetValueCount() == 3 );
 102
 103   gdcm::DirList dirList( directory, true );
 104   const gdcm::DirListType filenames = dirList.GetFilenames();
 105   gdcm::DirListType::const_iterator it = filenames.begin();
 106   gdcm::File *file = gdcm::File::New();
 107   for( ; it != filenames.end(); ++it)
 108     {
 109     file->SetFileName( *it );
 110     file->Load();
 111     std::string modality   = file->GetEntryString(0x0008,0x0060);
 112     // This is a dual modality: modality should be *different*
 113     if( modality == modalityRef ) continue;
 114     if ( !gdcm::Util::DicomStringEqual(modality, "PT") ) continue;
 115     std::string series_uid = file->GetEntryString(0x0020, 0x000e);
 116     // Not same series !
 117     if( series_uid == series_uid_ref ) continue;
 118     std::string frame_uid = file->GetEntryString(0x0020, 0x0052);
 119     if( frame_uid_ref != frame_uid ) continue;
 120     gdcm::DataEntry *imagePos = file->GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 121     assert( imagePos->GetValueCount() == 3 );
 122     if( imagePos->GetValue(0) == imagePosRef->GetValue(0)
 123       && imagePos->GetValue(1) == imagePosRef->GetValue(1)
 124       && imagePos->GetValue(2) == imagePosRef->GetValue(2) )
 125       {
 126       std::cerr << "We found a match: " << *it << std::endl;
 127       }
 128     }
 129   return 0;
 130 }
 131