Example/exCurveData.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exCurveData.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/10/10 20:02:09 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24
  25 // Helper function
  26 template<class DataValueRepresentation>
  27 inline size_t PrintCurveData(DataValueRepresentation* data, unsigned short numPts)
  28 {
  29    for(unsigned int i=0; i<numPts;++i)
  30      {
  31      std::cout << "Pt(" << i <<  ") = " << data[i] << std::endl;
  32      }
  33
  34    // ok this is ugly but I need the size outside of the function
  35    return sizeof(DataValueRepresentation);
  36 }
  37
  38 /*
  39  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  40  * V 5004|0000 [UL]                  [Group Length] [1998] x(7ce)
  41  * V 5004|0005 [US]              [Curve Dimensions] [1] x(1)
  42  * V 5004|0010 [US]              [Number of Points] [969] x(3c9)
  43  * V 5004|0020 [CS]                  [Type of Data] [PHYSIO]
  44  * V 5004|0022 [LO]             [Curve Description] []
  45  * V 5004|0103 [US]     [Data Value Representation] [0] x(0)
  46  * B 5004|3000 [OW]                    [Curve Data] [gdcm::Binary data loaded;length = 1938]
  47  */
  48
  49 int main(int argc, char *argv[])
  50 {
  51    gdcm::File *f;
  52
  53    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  54    std::cout << "Gets the 'Curve Data' from a full gdcm-readable DICOM " << std::endl;
  55    std::cout << "(Note :  we just have ONE image : "
  56              << "GE_DLX-8-MONO2-Multiframe.dcm"
  57              << std::endl;
  58    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  59
  60    std::string fileName;
  61    if( argc > 1 )
  62       fileName = argv[1];
  63    else
  64       fileName = "GE_DLX-8-MONO2-Multiframe.dcm";
  65
  66    std::cout << fileName << std::endl;
  67 // ============================================================
  68 //   Read the input image.
  69 // ============================================================
  70
  71    f = new gdcm::File( );
  72
  73    f->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSEQ | gdcm::LD_NOSHADOW);
  74    f->SetFileName( fileName );
  75    bool res = f->Load();
  76
  77    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
  78    {
  79       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  80       f->Print();
  81       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  82    }
  83    if (!res) {
  84        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  85            << "DICOM / ACR File"
  86            <<std::endl;
  87       delete f;
  88       return 1;
  89    }
  90    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  91
  92 // ============================================================
  93 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
  94 // ============================================================
  95
  96    //* B 5004|3000 [OW]                    [Curve Data] [gdcm::Binary data loaded;length = 1938]
  97    std::string curve_data_str = f->GetEntryValue(0x5004, 0x3000);
  98    if (curve_data_str == gdcm::GDCM_UNFOUND)
  99    {
 100       std::cout << " Image doesn't contain any Curve Data" << std::endl;
 101       delete f;
 102       return 1;
 103    }
 104    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 105
 106
 107 // ============================================================
 108 //   Load the Curve Data in memory.
 109 // ============================================================
 110   std::istringstream convert;
 111  //* V 5004|0005 [US]              [Curve Dimensions] [1] x(1)
 112    std::string curve_dim_str = f->GetEntryValue(0x5004,0x0005);
 113    unsigned short curve_dim;
 114    convert.str(curve_dim_str);
 115    convert >> curve_dim;
 116    std::cout << "Curve Dimensions: " << curve_dim << std::endl;
 117  //* V 5004|0010 [US]              [Number of Points] [969] x(3c9)
 118    std::string num_points_str = f->GetEntryValue(0x5004,0x0010);
 119    unsigned short num_points;
 120    convert.clear(); //important
 121    convert.str(num_points_str);
 122    convert >> num_points;
 123    std::cout << "Number of Points: " << num_points << std::endl;
 124  //* V 5004|0020 [CS]                  [Type of Data] [PHYSIO]
 125    std::string data_type = f->GetEntryValue(0x5004,0x0020);
 126    std::cout << "Type of Data: " << data_type << std::endl;
 127  //* V 5004|0022 [LO]             [Curve Description] []
 128    std::string curve_desc = f->GetEntryValue(0x5004,0x0022);
 129    std::cout << "Curve Description: " << curve_desc << std::endl;
 130  //* V 5004|0103 [US]     [Data Value Representation] [0] x(0)
 131    std::string data_rep_str = f->GetEntryValue(0x5004,0x0103);
 132    unsigned short data_rep;
 133    convert.clear(); //important
 134    convert.str(data_rep_str);
 135    convert >> data_rep;
 136
 137
 138    gdcm::DocEntry *pCurveDataDoc = f->GetDocEntry(0x5004, 0x3000);
 139    gdcm::BinEntry *pCurveData = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(pCurveDataDoc);
 140    uint8_t *curve_data = pCurveData->GetBinArea();
 141
 142    // From Part3, C.10.2.1.2 Data value representation (p668)
 143    size_t sz;
 144    switch( data_rep)
 145      {
 146    case 0:
 147      sz = PrintCurveData((unsigned short*)(curve_data), num_points);
 148      break;
 149    case 1:
 150      sz = PrintCurveData((signed short*)(curve_data), num_points);
 151      break;
 152    case 2:
 153      sz = PrintCurveData((float*)(curve_data), num_points);
 154      break;
 155    case 3:
 156      sz = PrintCurveData((double*)(curve_data), num_points);
 157      break;
 158    case 4:
 159      sz = PrintCurveData((signed long*)(curve_data), num_points);
 160      break;
 161    default:
 162      std::cerr << "Error don't know the type: " << data_rep_str << std::endl;
 163      delete f;
 164      return 1;
 165      }
 166    // Just to make sure that values read are consistant and we won't read out of bound data:
 167    assert( sz*num_points == pCurveData->GetLength());
 168
 169    // Write out the data as a file:
 170    //std::ofstream o("/tmp/curve_data.raw");
 171    //o.write((char*)curve_data, num_points*sz);
 172    //o.close();
 173
 174    delete f;
 175    return 0;
 176 }
 177
 178