Example/exExtractDicomTags.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractDicomTags.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:05 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmSeqEntry.h"
  22 #include "gdcmSQItem.h"
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25
  26 #include "gdcmArgMgr.h"
  27 #include <iostream>
  28
  29 //#include <fstream>
  30
  31 #ifndef _WIN32
  32 #include <unistd.h> //for access, unlink
  33 #else
  34 #include <io.h> //for _access
  35 #endif
  36
  37
  38 int main(int argc, char *argv[])
  39 {
  40
  41    START_USAGE(usage)
  42    " \n exExtractDicomTags :\n",
  43    "  ",
  44    "         ",
  45    "",
  46    " usage: exExtractDicomTags filein=inputDicomFileName ",
  47    "                      [debug]  ",
  48    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'        ",
  49    FINISH_USAGE
  50
  51
  52    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  53
  54    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  55
  56    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  57    {
  58       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  59       delete am;
  60       return 0;
  61    }
  62    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  63    if ( fileName == NULL )
  64    {
  65       delete am;
  66       return 0;
  67    }
  68
  69    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  70       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  71
  72    // if unused Params we give up
  73    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  74    {
  75       am->ArgMgrUsage(usage);
  76       delete am;
  77       return 0;
  78    }
  79
  80    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  81
  82    // ----------- End Arguments Manager ---------
  83
  84
  85    int loadMode = 0x0; // load everything
  86    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  87    f->SetLoadMode( loadMode );
  88    f->SetFileName( fileName );
  89    bool res = f->Load();
  90
  91    if ( !res )
  92    {
  93       f->Delete();
  94       return 0;
  95    }
  96
  97    //
  98    if (!f->IsReadable())
  99    {
 100       std::cout << "NOT a Dicom File : " << fileName <<std::endl;
 101       f->Delete();
 102       return 1;
 103    }
 104
 105    std::string MediaStSOPinstUID;
 106    std::string TransferSyntax;
 107    std::string StudyDate;
 108    std::string StudyTime;
 109    std::string Modality;
 110    std::string PatientName;
 111    std::string PatientID;
 112    std::string PatientSex;
 113
 114    //std::string MediaStSOPinstUID;
 115    std::string SOPInstanceUID; // == image ID
 116    std::string StudyInstanceUID;
 117    std::string SeriesInstanceUID;
 118    std::string AcquistionDate;
 119    std::string AcquisitionTime;
 120    std::string AcquisitionDateTime;
 121    std::string InstitutionName;
 122    std::string InstitutionalDepartmentName; // always empty
 123    std::string ProtocolName;
 124
 125
 126 // ------------> Region (Organ) : *no* DICOM field is expected
 127 //                        to hold information
 128
 129 // Get informations on the file :
 130 //  Modality, Transfer Syntax, Study Date, Study Time
 131 // Patient Name, Media Storage SOP Instance UID, etc
 132
 133    MediaStSOPinstUID   = f->GetEntryString(0x0002,0x0002);
 134    TransferSyntax      = f->GetEntryString(0x0002,0x0010);
 135    StudyDate           = f->GetEntryString(0x0008,0x0020);
 136    StudyTime           = f->GetEntryString(0x0008,0x0030);
 137    PatientName         = f->GetEntryString(0x0010,0x0010);
 138    PatientID           = f->GetEntryString(0x0010,0x0020);  //patientid
 139    PatientSex          = f->GetEntryString(0x0010,0x0040);  //sex
 140    SOPInstanceUID      = f->GetEntryString(0x0008,0x0018);  //imageid = SOPinsUID
 141    StudyInstanceUID    = f->GetEntryString(0x0020,0x000d);  //STUInsUID                                              [Study Instance UID] [1.2.840.113680.1.103.56887.1017329008.714317]
 142    SeriesInstanceUID   = f->GetEntryString(0x0020,0x000e);  //SerInsUID
 143    AcquistionDate      = f->GetEntryString(0x0008,0x0022);
 144    AcquisitionTime     = f->GetEntryString(0x0008,0x0032);
 145    AcquisitionDateTime = f->GetEntryString(0x0008,0x002a);
 146
 147
 148    Modality            = f->GetEntryString(0x0008,0x0060);  //modality
 149    InstitutionName     = f->GetEntryString(0x0008,0x0080);  //hospital
 150    // always empty :-(
 151    InstitutionalDepartmentName
 152                      = f->GetEntryString(0x0008,0x1040);  //departement
 153
 154    // Radiologist :
 155    // 0008|0090  [Referring Physician's Name]
 156    // 0008|1050  [Performing Physician's Name]
 157    // 0008|1060  [Name of Physician(s) Reading Study]
 158    // 0008|1048  [Physician(s) of Record]
 159    // 0032|1032  [Requesting Physician]
 160
 161    // --> I'll have to ask people working on PACS which one they use. JPRx
 162
 163    ProtocolName = f->GetEntryString(0x0018,0x1030);
 164
 165    // --> Big trouble with nz (number of planes) and nt (number of 'times')
 166    // --> that belong to LibIDO, not to DICOM.
 167    // --> DICOM has 'Number of Frames' (0028|0008),
 168    //     that's more or less number of 'times'
 169    // Volumes are generaly stored in a 'Serie'
 170    //  (hope so ... a single Serie may be xti-slice xti-times)
 171
 172
 173    std::string Rows;
 174    std::string Columns;
 175    std::string Planes;
 176
 177    std::string SamplesPerPixel;
 178    std::string BitsAllocated;
 179    std::string BitsStored;
 180    std::string HighBit;
 181    std::string PixelRepresentation;
 182    std::string PixelType;
 183
 184    SamplesPerPixel     = f->GetEntryString(0x0028,0x0002);  // 3 -> RGB
 185    Rows                = f->GetEntryString(0x0028,0x0010);  //ny
 186    Columns             = f->GetEntryString(0x0028,0x0011);  //nx
 187    Planes              = f->GetEntryString(0x0028,0x0012);  //nz
 188
 189    BitsAllocated       = f->GetEntryString(0x0028,0x0100);
 190    BitsStored          = f->GetEntryString(0x0028,0x0101);
 191    HighBit             = f->GetEntryString(0x0028,0x0102);
 192    PixelRepresentation = f->GetEntryString(0x0028,0x0103);
 193
 194    PixelType           = f->GetPixelType();                //type
 195 /*
 196    int iRows            = (uint32_t) atoi( Rows.c_str() );    //ny
 197    int iColumns         = (uint32_t) atoi( Columns.c_str() ); //nz
 198    int iPlanes          = (uint32_t) atoi( Planes.c_str() );  //nz
 199    int iSamplesPerPixel = (uint32_t) atoi( SamplesPerPixel.c_str() );
 200    int iBitsAllocated   = (uint32_t) atoi( BitsAllocated.c_str() );
 201 */
 202
 203
 204
 205    float sx =  f->GetXSpacing();
 206    float sy =  f->GetYSpacing();
 207    float sz =  f->GetZSpacing(); // meaningless for DICOM
 208                                  // (cannot be extracted from a single image)
 209
 210    std::cout << "Rows = ["            << Rows << "]" << std::endl;
 211    std::cout << "Columns = ["         << Columns << "]" << std::endl;
 212    std::cout << "Planes = ["          << Planes << "]" << std::endl;
 213    std::cout << "SamplesPerPixel = [" << SamplesPerPixel << "]" << std::endl;
 214    std::cout << "BitsAllocated = ["   << BitsAllocated << "]" << std::endl;
 215    std::cout << "BitsStored = ["      << BitsStored << "]" << std::endl;
 216    std::cout << "HighBit = ["         << HighBit << "]" << std::endl;
 217    std::cout << "PixelRepresentation = [" << PixelRepresentation << "]" << std::endl;
 218    std::cout << "PixelType = ["       << PixelType << "]" << std::endl;
 219
 220    std::cout << "TransferSyntax = [" << TransferSyntax << "]" << std::endl;
 221    std::cout << "StudyDate = ["      << StudyDate << "]" << std::endl;
 222    std::cout << "StudyTime = ["      << StudyTime << "]" << std::endl;
 223    std::cout << "Modality = ["       << Modality << "]" << std::endl;
 224    std::cout << "PatientName = ["    << PatientName << "]" << std::endl;
 225    std::cout << "PatientID = ["      << PatientID << "]" << std::endl;
 226    std::cout << "PatientSex = ["     << PatientSex << "]" << std::endl;
 227    std::cout << "SOPInstanceUID = ["              << SOPInstanceUID << "]"
 228           << std::endl;
 229    std::cout << "StudyInstanceUID = ["            << StudyInstanceUID
 230           << "]" << std::endl;
 231    std::cout << "SeriesInstanceUID = ["           << SeriesInstanceUID
 232           << "]" << std::endl;
 233    std::cout << "AcquistionDate = ["              << AcquistionDate
 234           << "]" << std::endl;
 235    std::cout << "AcquisitionTime = ["             << AcquisitionTime
 236           << "]" << std::endl;
 237    std::cout << "AcquisitionDateTime = ["         << AcquisitionDateTime << "]"
 238              << std::endl;
 239    std::cout << "InstitutionName = ["             << InstitutionName
 240           << "]" << std::endl;
 241    std::cout << "InstitutionalDepartmentName = ["
 242                                         << InstitutionalDepartmentName << "]"
 243                                << std::endl;
 244    std::cout << "ProtocolName = ["                << ProtocolName << "]" << std::endl;
 245
 246    std::cout << "GetXSpacing = ["            << sx << "]" << std::endl;
 247    std::cout << "GetYSpacing = ["            << sy << "]" << std::endl;
 248    std::cout << "GetZSpacing = ["            << sz << "]" << std::endl;
 249
 250    f->Delete();
 251    return 0;
 252 }