Example/exExtractDicomTags.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractDicomTags.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/09/29 08:49:27 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmValEntry.h"
  22 #include "gdcmBinEntry.h"
  23 #include "gdcmSeqEntry.h"
  24 #include "gdcmSQItem.h"
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmUtil.h"
  27
  28 #include "gdcmArgMgr.h"
  29 #include <iostream>
  30
  31 //#include <fstream>
  32
  33 #ifndef _WIN32
  34 #include <unistd.h> //for access, unlink
  35 #else
  36 #include <io.h> //for _access
  37 #endif
  38
  39
  40 int main(int argc, char *argv[])
  41 {
  42
  43    START_USAGE(usage)
  44    " \n exExtractDicomTags :\n",
  45    "  ",
  46    "         ",
  47    "",
  48    " usage: exExtractDicomTags filein=inputDicomFileName ",
  49    "                      [debug]  ",
  50    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'        ",
  51    FINISH_USAGE
  52
  53
  54    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  55
  56    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  57
  58    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  59    {
  60       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  61       delete am;
  62       return 0;
  63    }
  64    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  65    if ( fileName == NULL )
  66    {
  67       delete am;
  68       return 0;
  69    }
  70
  71    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  72       gdcm::Debug::DebugOn();
  73
  74    // if unused Params we give up
  75    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  76    {
  77       am->ArgMgrUsage(usage);
  78       delete am;
  79       return 0;
  80    }
  81
  82    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  83
  84    // ----------- End Arguments Manager ---------
  85
  86
  87    int loadMode = 0x0; // load everything
  88    gdcm::File *f = new gdcm::File();
  89    f->SetLoadMode( loadMode );
  90    f->SetFileName( fileName );
  91    bool res = f->Load();
  92
  93    if ( !res )
  94    {
  95       delete f;
  96       return 0;
  97    }
  98
  99    //
 100    if (!f->IsReadable())
 101    {
 102       std::cout << "NOT a Dicom File : " << fileName <<std::endl;
 103       delete f;
 104       return 1;
 105    }
 106
 107    std::string MediaStSOPinstUID;
 108    std::string TransferSyntax;
 109    std::string StudyDate;
 110    std::string StudyTime;
 111    std::string Modality;
 112    std::string PatientName;
 113    std::string PatientID;
 114    std::string PatientSex;
 115
 116    //std::string MediaStSOPinstUID;
 117    std::string SOPInstanceUID; // == image ID
 118    std::string StudyInstanceUID;
 119    std::string SeriesInstanceUID;
 120    std::string AcquistionDate;
 121    std::string AcquisitionTime;
 122    std::string AcquisitionDateTime;
 123    std::string InstitutionName;
 124    std::string InstitutionalDepartmentName; // always empty
 125    std::string ProtocolName;
 126
 127
 128 // ------------> Region (Organe) : aucun champ DICOM n'est prévu
 129 //                        pour contenir cette information
 130
 131 // Get informations on the file :
 132 //  Modality, Transfer Syntax, Study Date, Study Time
 133 // Patient Name, Media Storage SOP Instance UID, etc
 134
 135    MediaStSOPinstUID   = f->GetEntryValue(0x0002,0x0002);
 136    TransferSyntax      = f->GetEntryValue(0x0002,0x0010);
 137    StudyDate           = f->GetEntryValue(0x0008,0x0020);
 138    StudyTime           = f->GetEntryValue(0x0008,0x0030);
 139    PatientName         = f->GetEntryValue(0x0010,0x0010);
 140    PatientID           = f->GetEntryValue(0x0010,0x0020);  //patientid
 141    PatientSex          = f->GetEntryValue(0x0010,0x0040);  //sexe
 142    SOPInstanceUID      = f->GetEntryValue(0x0008,0x0018);  //imageid = SOPinsUID
 143    StudyInstanceUID    = f->GetEntryValue(0x0020,0x000d);  //STUInsUID                                              [Study Instance UID] [1.2.840.113680.1.103.56887.1017329008.714317]
 144    SeriesInstanceUID   = f->GetEntryValue(0x0020,0x000e);  //SerInsUID
 145    AcquistionDate      = f->GetEntryValue(0x0008,0x0022);
 146    AcquisitionTime     = f->GetEntryValue(0x0008,0x0032);
 147    AcquisitionDateTime = f->GetEntryValue(0x0008,0x002a);
 148
 149
 150    Modality            = f->GetEntryValue(0x0008,0x0060);  //modality
 151    InstitutionName     = f->GetEntryValue(0x0008,0x0080);  //hospital
 152    // always empty :-(
 153    InstitutionalDepartmentName
 154                      = f->GetEntryValue(0x0008,0x1040);  //departement
 155
 156    // Radiologist :
 157    // 0008|0090  [Referring Physician's Name]
 158    // 0008|1050  [Performing Physician's Name]
 159    // 0008|1060  [Name of Physician(s) Reading Study]
 160    // 0008|1048  [Physician(s) of Record]
 161    // 0032|1032  [Requesting Physician]
 162
 163    // --> I'll have to ask people working on PACS which one they use. JPRx
 164
 165    ProtocolName = f->GetEntryValue(0x0018,0x1030);
 166
 167    // --> Big trouble with nz (mb of planes) and nt (number of 'times')
 168    // --> that belong to LibIDO, not to DICOM.
 169    // --> DICOM has 'Number of Frames' (0028|0008),
 170    //     that's more or less number of 'times'
 171    // Volumes are generaly stored in a 'Serie'
 172    //  (hope so ... a single Serie be xti-slice xti-times)
 173
 174
 175    std::string Rows;
 176    std::string Columns;
 177    std::string Planes;
 178
 179    std::string SamplesPerPixel;
 180    std::string BitsAllocated;
 181    std::string BitsStored;
 182    std::string HighBit;
 183    std::string PixelRepresentation;
 184    std::string PixelType;
 185
 186    SamplesPerPixel     = f->GetEntryValue(0x0028,0x0002);  // 3 -> RGB
 187    Rows                = f->GetEntryValue(0x0028,0x0010);  //ny
 188    Columns             = f->GetEntryValue(0x0028,0x0011);  //nx
 189    Planes              = f->GetEntryValue(0x0028,0x0012);  //nz
 190
 191    BitsAllocated       = f->GetEntryValue(0x0028,0x0100);
 192    BitsStored          = f->GetEntryValue(0x0028,0x0101);
 193    HighBit             = f->GetEntryValue(0x0028,0x0102);
 194    PixelRepresentation = f->GetEntryValue(0x0028,0x0103);
 195
 196    PixelType           = f->GetPixelType();                //type
 197 /*
 198    int iRows            = (uint32_t) atoi( Rows.c_str() );    //ny
 199    int iColumns         = (uint32_t) atoi( Columns.c_str() ); //nz
 200    int iPlanes          = (uint32_t) atoi( Planes.c_str() );  //nz
 201    int iSamplesPerPixel = (uint32_t) atoi( SamplesPerPixel.c_str() );
 202    int iBitsAllocated   = (uint32_t) atoi( BitsAllocated.c_str() );
 203 */
 204
 205
 206
 207    float sx =  f->GetXSpacing();
 208    float sy =  f->GetYSpacing();
 209    float sz =  f->GetZSpacing(); // meaningless for DICOM
 210                                  // (cannot be extracted from a single image)
 211
 212    std::cout << "Rows = ["            << Rows << "]" << std::endl;
 213    std::cout << "Columns = ["         << Columns << "]" << std::endl;
 214    std::cout << "Planes = ["          << Planes << "]" << std::endl;
 215    std::cout << "SamplesPerPixel = [" << SamplesPerPixel << "]" << std::endl;
 216    std::cout << "BitsAllocated = ["   << BitsAllocated << "]" << std::endl;
 217    std::cout << "BitsStored = ["      << BitsStored << "]" << std::endl;
 218    std::cout << "HighBit = ["         << HighBit << "]" << std::endl;
 219    std::cout << "PixelRepresentation = [" << PixelRepresentation << "]" << std::endl;
 220    std::cout << "PixelType = ["       << PixelType << "]" << std::endl;
 221
 222    std::cout << "TransferSyntax = [" << TransferSyntax << "]" << std::endl;
 223    std::cout << "StudyDate = ["      << StudyDate << "]" << std::endl;
 224    std::cout << "StudyTime = ["      << StudyTime << "]" << std::endl;
 225    std::cout << "Modality = ["       << Modality << "]" << std::endl;
 226    std::cout << "PatientName = ["    << PatientName << "]" << std::endl;
 227    std::cout << "PatientID = ["      << PatientID << "]" << std::endl;
 228    std::cout << "PatientSex = ["     << PatientSex << "]" << std::endl;
 229    std::cout << "SOPInstanceUID = ["              << SOPInstanceUID << "]"
 230           << std::endl;
 231    std::cout << "StudyInstanceUID = ["            << StudyInstanceUID
 232           << "]" << std::endl;
 233    std::cout << "SeriesInstanceUID = ["           << SeriesInstanceUID
 234           << "]" << std::endl;
 235    std::cout << "AcquistionDate = ["              << AcquistionDate
 236           << "]" << std::endl;
 237    std::cout << "AcquisitionTime = ["             << AcquisitionTime
 238           << "]" << std::endl;
 239    std::cout << "AcquisitionDateTime = ["         << AcquisitionDateTime << "]"
 240              << std::endl;
 241    std::cout << "InstitutionName = ["             << InstitutionName
 242           << "]" << std::endl;
 243    std::cout << "InstitutionalDepartmentName = ["
 244                                         << InstitutionalDepartmentName << "]"
 245                                << std::endl;
 246    std::cout << "ProtocolName = ["                << ProtocolName << "]" << std::endl;
 247
 248    std::cout << "GetXSpacing = ["            << sx << "]" << std::endl;
 249    std::cout << "GetYSpacing = ["            << sy << "]" << std::endl;
 250    std::cout << "GetZSpacing = ["            << sz << "]" << std::endl;
 251
 252    return 0;
 253 }