Example/exExtractOverlaysACR.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractOverlaysACR.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/10/30 09:15:57 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23 #include "gdcmArgMgr.h"
  24
  25 #include <iostream>
  26 #include <stdlib.h> // for atoi
  27
  28  /* SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
  29
  30  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  31
  32 0028|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  33 0028|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  34 0028|0030[DS] [Pixel Spacing] [01.56\1.56]
  35 0028|0100[US] [Bits Allocated] [16] x(10)
  36 0028|0101[US] [Bits Stored] [12] x(c)
  37 0028|0102[US] [High Bit] [11] x(b)
  38 0028|0103[US] [Pixel Representation] [0] x(0)
  39
  40 6000|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  41 6000|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  42 6000|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  43 6000|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  44 6000|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  45 6000|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  46 6000|0102[US] [Overlay Bit Position] [12] x(c)
  47 ...
  48 ...
  49 6006|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  50 6006|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  51 6006|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  52 6006|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  53 6006|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  54 6006|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  55 6006|0102[US] [Overlay Bit Position] [15] x(f)
  56  */
  57
  58 int main(int argc, char *argv[])
  59 {
  60    START_USAGE(usage)
  61    " \n exExtractOverlaysACR :\n                                              ",
  62    " Extract ACR-NEMA style overlays from an image                            ",
  63    "         Resulting image name(s) are postpended with .ovly.dcm            ",
  64    " usage: exExtractOverlaysACR filein=inputFileName  [debug] [warning]      ",
  65    "        warning  : user wants to run the program in 'warning mode'        ",
  66    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  67    FINISH_USAGE
  68
  69    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  70
  71    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  72
  73    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  74    {
  75       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  76       delete am;
  77       return 0;
  78    }
  79
  80    const char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein", usage);
  81
  82    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  83       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  84
  85    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  86       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  87
  88    // if unused Param we give up
  89    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  90    {
  91       am->ArgMgrUsage(usage);
  92       delete am;
  93       return 0;
  94    }
  95
  96    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  97
  98    // ========================== Now, we can do the job! ================
  99
 100    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 101
 102 // ============================================================
 103 //   Read the input image.
 104 // ============================================================
 105
 106    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 107
 108    f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW);
 109    f->SetFileName( fileName );
 110    bool res = f->Load();
 111
 112    if (!res) {
 113        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 114            << "DICOM / ACR File"
 115            <<std::endl;
 116       f->Delete();
 117       return 0;
 118    }
 119    std::cout << fileName << " ... is readable " << std::endl;
 120
 121 // ============================================================
 122 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
 123 // ============================================================
 124
 125    int bitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
 126    if ( bitsAllocated <= 8 )
 127    {
 128       std::cout << " 8 bits pixel image cannot contain Overlays " << std::endl;
 129       f->Delete();
 130       return 0;
 131    }
 132    std::string s1 = f->GetEntryString(0x6000, 0x0102);
 133    if (s1 == GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND)
 134    {
 135       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 136       f->Delete();
 137       return 0;
 138    }
 139    std::cout << fileName << " is read! " << std::endl;
 140
 141
 142 // ============================================================
 143 //   Load the pixels in memory.
 144 // ============================================================
 145
 146    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh1 = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 147    fh1->SetKeepOverlays(true);
 148    uint16_t *pixels = (uint16_t *)fh1->GetImageDataRaw();
 149    int lgt = fh1->GetImageDataRawSize();
 150
 151    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 152       std::cout << "Pixels read as expected : length = " << lgt << std::endl;
 153
 154 // ============================================================
 155 //   Prepare the stuff
 156 // ============================================================
 157
 158    unsigned int nx = f->GetXSize();
 159    unsigned int ny = f->GetYSize();
 160    unsigned int nxy=nx*ny;
 161    uint16_t currentOvlGroup;
 162    int i;
 163
 164    std::ostringstream str;
 165
 166    uint8_t *outputData = new uint8_t[nxy]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 167
 168    std::string strOvlBitPosition;
 169    int ovlBitPosition;
 170    uint16_t mask;
 171    uint16_t overlayLocation;
 172    std::string strOverlayLocation;
 173
 174    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = 0;
 175    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = 0;
 176
 177 // ============================================================
 178 //   Get each overlay Bit into the image
 179 // ============================================================
 180    for(i=0, currentOvlGroup=0x6000; i<32; i+=2 ,currentOvlGroup+=2)
 181    {
 182       if ( (strOvlBitPosition = f->GetEntryString(currentOvlGroup, 0x0102))
 183                                                  == GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 184           continue;
 185
 186       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 187          std::cout << "Current Overlay Group " << std::hex << currentOvlGroup
 188                    << " OvlBitPosition " << strOvlBitPosition << std::endl;
 189
 190       strOverlayLocation = f->GetEntryString(currentOvlGroup, 0x0200);
 191       if ( strOverlayLocation != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 192       {
 193          overlayLocation = atoi(strOverlayLocation.c_str());
 194          if ( overlayLocation != f->GetGrPixel() )
 195          {
 196             std::cout << "Big Trouble : Overlays are NOT in the Pixels Group "
 197                       << std::hex << "(" << overlayLocation << " vs "
 198                       << f->GetGrPixel() << std::endl;
 199             // Actually, here, we should (try to) read the overlay location
 200             // and go on the job.
 201             continue;
 202          }
 203       }
 204
 205       // ============================================================
 206       //  DICOM Overlay Image data generation
 207       // ============================================================
 208
 209       ovlBitPosition = atoi(strOvlBitPosition.c_str());
 210       mask = 1 << ovlBitPosition;
 211
 212       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 213          std::cout << "Mask :[" <<std::hex << mask << "]" << std::endl;
 214       for (unsigned int j=0; j<nxy; j++)
 215       {
 216          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 217             if (pixels[j] >= 0x1000)// if it contains at least one overlay bit
 218                printf("%d : %04x\n",j, pixels[j]);
 219
 220          if ( (pixels[j] & mask) == 0 )
 221             outputData[j] = 0;
 222          else
 223             outputData[j] = 128;
 224       }
 225    // ============================================================
 226    //   Write a new file
 227    // ============================================================
 228
 229       fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 230       str.str("");
 231       str << nx;
 232       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 233       str.str("");
 234       str << ny;
 235       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 236
 237       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 238       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 239       fileToBuild->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 240       fileToBuild->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 241       fileToBuild->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 242       fileToBuild->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 243
 244       // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 245       // ...
 246       // Other mandatory fields will be set automatically,
 247       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 248
 249       fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 250
 251       fh->SetImageData(outputData,nx*ny);
 252       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 253
 254 std::ostringstream tmp;
 255 tmp <<std::hex;
 256 tmp <<currentOvlGroup;
 257
 258       str.str("");
 259 // -> Why doesn't it work ?!?
 260       //str << fileName << std::hex << currentOvlGroup << ".dcm" << std::ends;
 261
 262 str << fileName << ".ovly." << tmp.str() << ".dcm" << std::ends;
 263
 264       //   Write the current 'overlay' file
 265
 266       if( !fh->Write(str.str()) )
 267       {
 268          std::cout << "Failed\n"
 269                    << "File [" << str.str() << "] is unwrittable" << std::endl;
 270       }
 271       else
 272       {
 273          std::cout << "File written successfully [" << str.str()  << "]" << std::endl;
 274       }
 275
 276    } // end on loop on 60xx
 277
 278    if (f)
 279       fh->Delete();
 280    if (fileToBuild)
 281       fileToBuild->Delete();
 282    f->Delete();
 283    delete pixels;
 284    delete outputData;
 285
 286    return 0;
 287 }
 288