Example/exExtractOverlaysACR.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractOverlaysACR.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/09/14 08:23:34 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23 #include "gdcmArgMgr.h"
  24
  25 #include <iostream>
  26 #include <stdlib.h> // for atoi
  27
  28  /* SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
  29
  30  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  31
  32 0028|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  33 0028|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  34 0028|0030[DS] [Pixel Spacing] [01.56\1.56]
  35 0028|0100[US] [Bits Allocated] [16] x(10)
  36 0028|0101[US] [Bits Stored] [12] x(c)
  37 0028|0102[US] [High Bit] [11] x(b)
  38 0028|0103[US] [Pixel Representation] [0] x(0)
  39
  40 6000|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  41 6000|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  42 6000|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  43 6000|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  44 6000|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  45 6000|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  46 6000|0102[US] [Overlay Bit Position] [12] x(c)
  47 ...
  48 ...
  49 6006|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  50 6006|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  51 6006|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  52 6006|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  53 6006|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  54 6006|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  55 6006|0102[US] [Overlay Bit Position] [15] x(f)
  56  */
  57
  58 int main(int argc, char *argv[])
  59 {
  60    START_USAGE(usage)
  61    " \n exExtractOverlaysACR :\n                                              ",
  62    " Extract ACR-NEMA style overlays from an image                            ",
  63    " usage: exExtractOverlaysACR filein=inputFileName  [debug]                ",
  64    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  65    FINISH_USAGE
  66
  67    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  68
  69    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  70
  71    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  72    {
  73       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  74       delete am;
  75       return 0;
  76    }
  77
  78    const char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein", usage);
  79
  80    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  81       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  82
  83    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  84       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  85
  86    // if unused Param we give up
  87    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  88    {
  89       am->ArgMgrUsage(usage);
  90       delete am;
  91       return 0;
  92    }
  93
  94    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  95
  96    // ========================== Now, we can do the job! ================
  97
  98    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  99
 100 // ============================================================
 101 //   Read the input image.
 102 // ============================================================
 103
 104    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 105
 106    f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW);
 107    f->SetFileName( fileName );
 108    bool res = f->Load();
 109
 110
 111    if (!res) {
 112        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 113            << "DICOM / ACR File"
 114            <<std::endl;
 115       f->Delete();
 116       return 0;
 117    }
 118    std::cout << fileName << " ... is readable " << std::endl;
 119
 120 // ============================================================
 121 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
 122 // ============================================================
 123
 124    int bitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
 125    if ( bitsAllocated <= 8 )
 126    {
 127       std::cout << " 8 bits pixel image cannot contain Overlays " << std::endl;
 128       f->Delete();
 129       return 0;
 130    }
 131    std::string s1 = f->GetEntryString(0x6000, 0x0102);
 132    if (s1 == GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND)
 133    {
 134       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 135       f->Delete();
 136       return 0;
 137    }
 138    std::cout << fileName << " is read! " << std::endl;
 139
 140
 141 // ============================================================
 142 //   Load the pixels in memory.
 143 // ============================================================
 144
 145    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh1 = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 146    fh1->SetKeepOverlays(true);
 147    uint16_t *pixels = (uint16_t *)fh1->GetImageDataRaw();
 148    int lgt = fh1->GetImageDataRawSize();
 149
 150    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 151       std::cout << "Pixels read as expected : length = " << lgt << std::endl;
 152
 153 // ============================================================
 154 //   Prepare the stuff
 155 // ============================================================
 156
 157    unsigned int nx = f->GetXSize();
 158    unsigned int ny = f->GetYSize();
 159    unsigned int nxy=nx*ny;
 160    uint16_t currentOvlGroup;
 161    int i;
 162
 163    std::ostringstream str;
 164
 165    uint8_t *outputData = new uint8_t[nxy]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 166
 167    std::string strOvlBitPosition;
 168    int ovlBitPosition;
 169    uint16_t mask;
 170    uint16_t overlayLocation;
 171    std::string strOverlayLocation;
 172
 173    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = 0;
 174    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = 0;
 175
 176 // ============================================================
 177 //   Get each overlay Bit into the image
 178 // ============================================================
 179    for(i=0, currentOvlGroup=0x6000; i<32; i+=2 ,currentOvlGroup+=2)
 180    {
 181       if ( (strOvlBitPosition = f->GetEntryString(currentOvlGroup, 0x0102))
 182                                                  == GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 183           continue;
 184
 185       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 186          std::cout << "Current Overlay Group " << std::hex << currentOvlGroup
 187                    << " OvlBitPosition " << strOvlBitPosition << std::endl;
 188
 189       strOverlayLocation = f->GetEntryString(currentOvlGroup, 0x0200);
 190       if ( strOverlayLocation != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 191       {
 192          overlayLocation = atoi(strOverlayLocation.c_str());
 193          if ( overlayLocation != f->GetGrPixel() )
 194          {
 195             std::cout << "Big Trouble : Overlays are NOT in the Pixels Group "
 196                       << std::hex << "(" << overlayLocation << " vs "
 197                       << f->GetGrPixel() << std::endl;
 198             // Actually, here, we should (try to) read the overlay location
 199             // and go on the job.
 200             continue;
 201          }
 202       }
 203
 204       // ============================================================
 205       //  DICOM Overlay Image data generation
 206       // ============================================================
 207
 208       ovlBitPosition = atoi(strOvlBitPosition.c_str());
 209       mask = 1 << ovlBitPosition;
 210
 211       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 212          std::cout << "Mask :[" <<std::hex << mask << "]" << std::endl;
 213       for (int j=0; j<nxy; j++)
 214       {
 215          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 216             if (pixels[j] >= 0x1000)// if it contains at least one overlay bit
 217                printf("%d : %04x\n",j, pixels[j]);
 218
 219          if ( (pixels[j] & mask) == 0 )
 220             outputData[j] = 0;
 221          else
 222             outputData[j] = 128;
 223       }
 224    // ============================================================
 225    //   Write a new file
 226    // ============================================================
 227
 228       fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 229       str.str("");
 230       str << nx;
 231       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 232       str.str("");
 233       str << ny;
 234       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 235
 236       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 237       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 238       fileToBuild->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 239       fileToBuild->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 240       fileToBuild->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 241       fileToBuild->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 242
 243       // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 244       // ...
 245       // Other mandatory fields will be set automatically,
 246       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 247
 248       fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 249
 250       fh->SetImageData(outputData,nx*ny);
 251       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 252
 253 std::ostringstream tmp;
 254 tmp <<std::hex;
 255 tmp <<currentOvlGroup;
 256
 257       str.str("");
 258 // -> Why doesn't it work ?!?
 259       //str << fileName << std::hex << currentOvlGroup << ".dcm" << std::ends;
 260
 261 str << fileName << ".ovly." << tmp.str() << ".dcm" << std::ends;
 262
 263       //   Write the current 'overlay' file
 264
 265       if( !fh->Write(str.str()) )
 266       {
 267          std::cout << "Failed\n"
 268                    << "File [" << str.str() << "] is unwrittable" << std::endl;
 269       }
 270       else
 271       {
 272          std::cout << "File written successfully [" << str.str()  << "]" << std::endl;
 273       }
 274
 275    } // end on loop on 60xx
 276
 277    if (f)
 278       fh->Delete();
 279    if (fileToBuild)
 280       fileToBuild->Delete();
 281    f->Delete();
 282    delete pixels;
 283    delete outputData;
 284
 285    return 0;
 286 }
 287