Example/exExtractOverlaysACR.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractOverlaysACR.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/09/12 10:43:47 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23 #include <iostream>
  24 #include <stdio.h> // for fseek... FIXME
  25 #include <stdlib.h> // for atoi
  26
  27 #include "gdcmArgMgr.h"
  28
  29  // WARNING :
  30  // unfinished : DO NOT to be used as is !
  31
  32  /*
  33  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  34
  35 V 0028|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  36 V 0028|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  37 V 0028|0030[DS] [Pixel Spacing] [01.56\1.56]
  38 V 0028|0100[US] [Bits Allocated] [16] x(10)
  39 V 0028|0101[US] [Bits Stored] [12] x(c)
  40 V 0028|0102[US] [High Bit] [11] x(b)
  41 V 0028|0103[US] [Pixel Representation] [0] x(0)
  42
  43 V 6000|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  44 V 6000|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  45 V 6000|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  46 V 6000|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  47 V 6000|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  48 V 6000|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  49 V 6000|0102[US] [Overlay Bit Position] [12] x(c)
  50 ...
  51 ...
  52 V 6006|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  53 V 6006|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  54 V 6006|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  55 V 6006|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  56 V 6006|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  57 V 6006|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  58 V 6006|0102[US] [Overlay Bit Position] [15] x(f)
  59  */
  60
  61 int main(int argc, char *argv[])
  62 {
  63    START_USAGE(usage)
  64    " \n exExtractOverlaysACR :\n                                              ",
  65    " Extract ACR-NEMA style overlays from an image                            ",
  66    " usage: exExtractOverlaysACR filein=inputDirectoryName  [debug]           ",
  67    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  68    FINISH_USAGE
  69
  70    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  71
  72    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  73
  74    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  75    {
  76       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  77       delete am;
  78       return 0;
  79    }
  80
  81    // "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr"
  82
  83    const char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein", usage);
  84
  85    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  86       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  87
  88    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  89       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  90
  91    // if unused Param we give up
  92    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  93    {
  94       am->ArgMgrUsage(usage);
  95       delete am;
  96       return 0;
  97    }
  98
  99    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 100
 101
 102    // ========================== Now, we can do the job! ================
 103
 104    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 105
 106
 107 // ============================================================
 108 //   Read the input image.
 109 // ============================================================
 110
 111    //std::cout << argv[1] << std::endl;
 112
 113    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 114
 115    f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW);
 116    f->SetFileName( fileName );
 117    bool res = f->Load();
 118
 119    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 120    {
 121       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
 122       f->Print();
 123       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
 124    }
 125    if (!res) {
 126        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 127            << "DICOM / ACR File"
 128            <<std::endl;
 129       f->Delete();
 130       return 0;
 131    }
 132    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 133
 134 // ============================================================
 135 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
 136 // ============================================================
 137
 138    int bitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
 139    if ( bitsAllocated <= 8 )
 140    {
 141       std::cout << " 8 bits pixel image cannot contain Overlays " << std::endl;
 142       f->Delete();
 143       return 0;
 144    }
 145    std::string s1 = f->GetEntryString(0x6000, 0x0102);
 146    if (s1 == GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND)
 147    {
 148       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 149       f->Delete();
 150       return 0;
 151    }
 152    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 153
 154
 155 // ============================================================
 156 //   Load the pixels in memory.
 157 // ============================================================
 158
 159    int nx = f->GetXSize();
 160    int ny = f->GetYSize();
 161
 162    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh1 = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 163    fh1->SetKeepOverlays(true);
 164    uint16_t *pixels = (uint16_t *)fh1->GetImageDataRaw();
 165    int lgt = fh1->GetImageDataRawSize();
 166
 167    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 168       std::cout << "Pixels read as expected : length = " << lgt << std::endl;
 169
 170 // ============================================================
 171 //   Prepare the stuff
 172 // ============================================================
 173
 174    uint8_t *tabPixels = new uint8_t[nx*ny]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 175
 176    uint16_t currentOvlGroup = 0x6000;
 177    std::string strOvlBitPosition;
 178    int ovlBitPosition;
 179    uint16_t mask;
 180    int i = 0;
 181    uint16_t overlayLocation;
 182    std::ostringstream str;
 183
 184    std::string strOverlayLocation;
 185
 186    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = 0;
 187    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = 0;
 188
 189 // ============================================================
 190 //   Get each overlay Bit into an image
 191 // ============================================================
 192    for(i=0, currentOvlGroup=0x6000; i<32; i+=2 ,currentOvlGroup+=2)
 193    {
 194       if ( (strOvlBitPosition = f->GetEntryString(currentOvlGroup, 0x0102))
 195                                                  == GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 196           continue;
 197
 198       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 199          std::cout << "Current Overlay Group " << std::hex << currentOvlGroup
 200                    << " OvlBitPosition " << strOvlBitPosition << std::endl;
 201
 202       strOverlayLocation = f->GetEntryString(currentOvlGroup, 0x0200);
 203       if ( strOverlayLocation != GDCM_NAME_SPACE::GDCM_UNFOUND )
 204       {
 205          overlayLocation = atoi(strOverlayLocation.c_str());
 206          if ( overlayLocation != f->GetGrPixel() )
 207          {
 208             std::cout << "Big Trouble : Overlays are NOT in the Pixels Group "
 209                       << std::hex << "(" << overlayLocation << " vs "
 210                       << f->GetGrPixel() << std::endl;
 211             // Actually, here, we should (try to) read the overlay location
 212             // and go on the job.
 213             continue;
 214          }
 215       }
 216       ovlBitPosition = atoi(strOvlBitPosition.c_str());
 217       mask = 1 << ovlBitPosition;
 218
 219       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 220          std::cout << "Mask :[" <<std::hex << mask << "]" << std::endl;
 221       for (int j=0; j<nx*ny ; j++)
 222       {
 223          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 224             if (pixels[j] >= 0x1000)// if it contains at least one overlay bit
 225                printf("%d : %04x\n",j, pixels[j]);
 226
 227          if ( (pixels[j] & mask) == 0 )
 228             tabPixels[j] = 0;
 229          else
 230             tabPixels[j] = 128;
 231       }
 232       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 233          std::cout << "About to built empty file"  << std::endl;
 234
 235       fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 236
 237       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 238          std::cout << "Finish to built empty file"  << std::endl;
 239
 240       str.str("");
 241       str << nx;
 242       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 243       str.str("");
 244       str << ny;
 245       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 246
 247       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 248       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101); // Bits Stored
 249       fileToBuild->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102); // High Bit
 250       fileToBuild->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 251       fileToBuild->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 252
 253       fileToBuild->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004);
 254       // Other mandatory fields will be set automatically,
 255       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 256
 257       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 258          std::cout << "-------------About to built FileHelper"  << std::endl;
 259
 260       fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 261
 262       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetDebugFlag() )
 263          std::cout << "-------------Finish to built FileHelper"  << std::endl;
 264
 265       fh->SetImageData(tabPixels,nx*ny);
 266       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 267
 268 std::ostringstream tmp;
 269 tmp <<std::hex;
 270 tmp <<currentOvlGroup;
 271
 272       str.str("");
 273 // -> Why doesn't it work ?!?
 274       //str << fileName << std::hex << currentOvlGroup << ".dcm" << std::ends;
 275
 276 str << fileName << ".ovly." << tmp.str() << ".dcm" << std::ends;
 277
 278       //   Write the current 'overlay' file
 279
 280       if( !fh->Write(str.str()) )
 281       {
 282          std::cout << "Failed\n"
 283                    << "File [" << str.str() << "] is unwrittable" << std::endl;
 284          /*
 285          fh->Delete();
 286          if (fileToBuild)
 287             fileToBuild->Delete();
 288          delete pixels;
 289          delete tabPixels;
 290          return 0;
 291         */
 292       }
 293       else
 294       {
 295          std::cout << "File written successfully [" << str.str()  << "]" << std::endl;
 296       }
 297    }
 298
 299    if (f)
 300       fh->Delete();
 301    if (fileToBuild)
 302       fileToBuild->Delete();
 303    f->Delete();
 304    delete pixels;
 305    delete tabPixels;
 306
 307    return 0;
 308 }
 309