Example/exExtractOverlaysDCM.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractOverlaysDCM.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/09/12 10:43:47 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19
  20 #include "gdcmFile.h"
  21 #include "gdcmFileHelper.h"
  22 #include "gdcmCommon.h"
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmDataEntry.h"
  25 #include "gdcmDirList.h"
  26
  27 #include "gdcmArgMgr.h"
  28 #include <iostream>
  29
  30 // Each BIT of Overlay Data (0x6000,0x3000) corresponds
  31 // to a BYTE of overlay image.
  32 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  33 {
  34    unsigned char mask = 1;
  35    for (int i=0;i<8;i++)
  36    {
  37       if ((byte & mask)==0)
  38          result[i]=0;
  39       else
  40          result[i]=1;
  41       mask<<=1;
  42    }
  43    return;
  44 }
  45
  46
  47 int main(int argc, char *argv[])
  48 {
  49    START_USAGE(usage)
  50    " \n ExtractOverlays :\n                                                   ",
  51    " Extract overlay images from all DICOM image within a directory           ",
  52    "          Warning : probably segfaults if no overlay                      ",
  53    " usage: ExtractOverlays dirin=inputDirectoryName  [debug]                 ",
  54    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  55    FINISH_USAGE
  56
  57    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  58
  59    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  60
  61    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  62    {
  63       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  64       delete am;
  65       return 0;
  66    }
  67
  68    const char *dirIn  = am->ArgMgrWantString("dirin", usage);
  69
  70    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  71       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  72
  73    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  74       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  75
  76    // if unused Param we give up
  77    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  78    {
  79       am->ArgMgrUsage(usage);
  80       delete am;
  81       return 0;
  82    }
  83
  84    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  85
  86
  87    // ========================== Now, we can do the job! ================
  88
  89
  90    // ======================== more checking on the params ==============
  91
  92    if ( ! GDCM_NAME_SPACE::DirList::IsDirectory(dirIn) )
  93    {
  94       std::cout << "KO : [" << dirIn << "] is not a Directory." << std::endl;
  95       return 0;
  96
  97    }
  98
  99    char outputFileName[1024]; // Hope it's enough for a file name!
 100
 101    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 102
 103    GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirIn,true); // gets (recursively) the file list
 104    GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 105    for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 106                                  it != fileList.end();
 107                                  ++it )
 108    {
 109    //   Just to see *all* the file names:
 110    //   std::cout << "file [" << it->c_str() << "]" << std::endl;
 111
 112    //   Read the input file.
 113
 114    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 115        std::cerr << "Deal with [" << it->c_str()
 116                  << "] File" <<std::endl;
 117
 118    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 119    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL );
 120    f->SetFileName( it->c_str() );
 121
 122    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
 123    f->AddForceLoadElement(0x6002,0x3000);
 124    f->AddForceLoadElement(0x6004,0x3000);
 125    f->AddForceLoadElement(0x6006,0x3000);
 126    f->AddForceLoadElement(0x6008,0x3000);
 127    f->AddForceLoadElement(0x600a,0x3000);
 128    f->AddForceLoadElement(0x600c,0x3000);
 129    f->AddForceLoadElement(0x600e,0x3000);
 130    f->AddForceLoadElement(0x6010,0x3000);
 131    f->AddForceLoadElement(0x6012,0x3000);
 132    f->AddForceLoadElement(0x6014,0x3000);
 133    f->AddForceLoadElement(0x6016,0x3000);
 134    f->AddForceLoadElement(0x6018,0x3000);
 135    f->AddForceLoadElement(0x601a,0x3000);
 136    f->AddForceLoadElement(0x601c,0x3000);
 137    f->AddForceLoadElement(0x601e,0x3000); // Hope it's enought : Dicom says 60xx ...
 138
 139    int res = f->Load();
 140
 141    if ( !res )
 142    {
 143        std::cerr << "Sorry, " << it->c_str() <<"  not a gdcm-readable "
 144                  << "DICOM / ACR File" <<std::endl;
 145        f->Delete();
 146        continue;
 147    }
 148
 149    if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 150       std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 151
 152    // ============================================================
 153    //   Load Overlay info in memory
 154    // ============================================================
 155
 156 /// \todo : deal with *each* overlay Data Element (not only the first one!)
 157
 158    uint16_t ovlyGroup = 0x6000;
 159
 160    for (int k=0; k<32; k+=2)
 161    {
 162
 163    GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e10 = f->GetDataEntry(ovlyGroup+k, 0x0010); // nb Row Ovly
 164    if (e10 == 0)
 165    {
 166       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 167          std::cout << " Image doesn't contain Overlay on " <<std::hex
 168                    << ovlyGroup+k << std::endl;
 169       continue;
 170    }
 171
 172     // ============================================================
 173    //  Image data preparation
 174    // ============================================================
 175
 176    unsigned int dimX= f->GetXSize();
 177    unsigned int dimY= f->GetYSize();
 178    unsigned int dimXY=dimX*dimY;
 179
 180    unsigned char *outputData = new unsigned char[dimXY];
 181
 182
 183    GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e = f->GetDataEntry(ovlyGroup+k, 0x3000);
 184    if (e == 0)
 185    {
 186       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 187          std::cout << " Image doesn't contain DICOM Overlay Data " <<std::hex
 188                    << ovlyGroup+k << std::endl;
 189
 190       // ============================================================
 191       //  DICOM Overlay Image data generation
 192       // ============================================================
 193
 194      GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 195      uint8_t *pixelData= fh->GetImageDataRaw();
 196
 197      if (pixelData == 0)
 198       {
 199           std::cerr << "Sorry, Pixel Data of [" << it->c_str() <<"] are not "
 200                     << " gdcm-readable."    << std::endl;
 201           continue;
 202       }
 203
 204    }
 205    else
 206    {
 207       uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 208       if ( overlay == 0 )
 209       {
 210           std::cerr << "Sorry, Overlays of [" << it->c_str() <<"] are not "
 211                     << " gdcm-readable."    << std::endl;
 212           continue;
 213       }
 214       if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 215          std::cout << " Overlay on group [" << std::hex << ovlyGroup+k << "] is read! " << std::endl;
 216
 217       // ============================================================
 218       //  DICOM Overlay Image data generation
 219       // ============================================================
 220
 221
 222       unsigned char *result=outputData;
 223       for (unsigned int i=0;i<(dimXY/8);i++)
 224       {
 225          explodeByte(overlay[i], result);
 226          result+=8;
 227       }
 228    }
 229    // ============================================================
 230    //   Write a new file
 231    // ============================================================
 232
 233    GDCM_NAME_SPACE::File *f2;
 234    f2 = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 235    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh2 = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f2);
 236
 237    char temp[256];
 238
 239    sprintf(temp,"%d ",dimX);
 240    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 241    sprintf(temp,"%d ",dimY);
 242    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 243    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US");  // Bits Allocated
 244    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US");  // Bits Stored
 245    f2->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US");  // High Bit
 246    f2->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US");  // Pixel Representation
 247    f2->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US");  // Samples per Pixel
 248    f2->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 249
 250    // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 251    // ...
 252
 253    sprintf(outputFileName, "../%s.ovly.%04x.dcm",it->c_str(), ovlyGroup+k);
 254
 255    fh2->SetImageData(outputData,dimXY);
 256    fh2->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 257
 258    std::cout <<"File written successfully [" << outputFileName << "]" <<std::endl;
 259
 260    delete outputData;
 261    f2->Delete();
 262    fh2->Delete();
 263
 264  } // end on loop on 60xx
 265
 266    f->Delete();
 267
 268
 269 }  // end of loop on files ( DirListType::iterator )
 270
 271    return 0;
 272 }
 273