Example/exExtractOverlaysDCM.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractOverlaysDCM.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/09/14 08:23:34 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23 #include "gdcmDirList.h"
  24 #include "gdcmArgMgr.h"
  25
  26 #include <iostream>
  27
  28 // Each BIT of Overlay Data (0x6000,0x3000) corresponds
  29 // to a BYTE of overlay image.
  30 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  31 {
  32    unsigned char mask = 1;
  33    for (int i=0;i<8;i++)
  34    {
  35       if ((byte & mask)==0)
  36          result[i]=0;
  37       else
  38          result[i]=1;
  39       mask<<=1;
  40    }
  41    return;
  42 }
  43
  44 int main(int argc, char *argv[])
  45 {
  46    START_USAGE(usage)
  47    " \n ExtractOverlays :\n                                                   ",
  48    " Extract DICOM style overlays from an image                               ",
  49    " usage: exExtractOverlaysDCM filein=inputFileName  [debug]                ",
  50    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  51    FINISH_USAGE
  52
  53    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  54
  55    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  56
  57    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  58    {
  59       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  60       delete am;
  61       return 0;
  62    }
  63
  64    const char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein", usage);
  65
  66    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  67       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  68
  69    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  70       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  71
  72    // if unused Param we give up
  73    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  74    {
  75       am->ArgMgrUsage(usage);
  76       delete am;
  77       return 0;
  78    }
  79
  80    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  81
  82    // ========================== Now, we can do the job! ================
  83
  84    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  85
  86 // ============================================================
  87 //   Read the input image.
  88 // ============================================================
  89
  90    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
  91
  92    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
  93    f->AddForceLoadElement(0x6002,0x3000);
  94    f->AddForceLoadElement(0x6004,0x3000);
  95    f->AddForceLoadElement(0x6006,0x3000);
  96    f->AddForceLoadElement(0x6008,0x3000);
  97    f->AddForceLoadElement(0x600a,0x3000);
  98    f->AddForceLoadElement(0x600c,0x3000);
  99    f->AddForceLoadElement(0x600e,0x3000);
 100    f->AddForceLoadElement(0x6010,0x3000);
 101    f->AddForceLoadElement(0x6012,0x3000);
 102    f->AddForceLoadElement(0x6014,0x3000);
 103    f->AddForceLoadElement(0x6016,0x3000);
 104    f->AddForceLoadElement(0x6018,0x3000);
 105    f->AddForceLoadElement(0x601a,0x3000);
 106    f->AddForceLoadElement(0x601c,0x3000);
 107    f->AddForceLoadElement(0x601e,0x3000); // Hope it's enought : Dicom says 60xx ...
 108
 109    f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW);
 110    f->SetFileName( fileName );
 111    bool res = f->Load();
 112
 113    if (!res) {
 114        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 115            << "DICOM / ACR File"
 116            <<std::endl;
 117       f->Delete();
 118       return 0;
 119    }
 120    std::cout << fileName << " ... is readable " << std::endl;
 121
 122 // ============================================================
 123 //   Check whether image contains Overlays DICOM style.
 124 // ============================================================
 125
 126    unsigned int nx = f->GetXSize();
 127    unsigned int ny = f->GetYSize();
 128    unsigned int nxy=nx*ny;
 129    uint16_t currentOvlGroup;
 130    int i;
 131
 132    std::ostringstream str;
 133
 134    uint8_t *outputData = new uint8_t[nxy]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 135
 136    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = 0;
 137    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = 0;
 138
 139 // ============================================================
 140 //   Get each overlay
 141 // ============================================================
 142    for(i=0, currentOvlGroup=0x6000; i<32; i+=2 ,currentOvlGroup+=2)
 143    {
 144       GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e10 = f->GetDataEntry(currentOvlGroup, 0x0010); // nb Row Ovly
 145       if (e10 == 0)
 146       {
 147          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 148             std::cout << " Image doesn't contain Overlay on " <<std::hex
 149                       << currentOvlGroup+i << std::endl;
 150          continue;
 151       }
 152
 153       uint8_t *outputData = new uint8_t[nxy];
 154
 155       GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e = f->GetDataEntry(currentOvlGroup, 0x3000);
 156       if (e == 0)
 157       {
 158          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 159             std::cout << " Image doesn't contain DICOM Overlay Data " <<std::hex
 160                       << currentOvlGroup+i << std::endl;
 161       }
 162       else
 163       {
 164          uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 165          if ( overlay == 0 )
 166          {
 167             std::cerr << "Sorry, Overlays of [" << fileName << "] are not "
 168                        << " gdcm-readable."    << std::endl;
 169              continue;
 170          }
 171          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 172             std::cout << " Overlay on group [" << std::hex << currentOvlGroup<< "] is read! " << std::endl;
 173
 174       // ============================================================
 175       //  DICOM Overlay Image data generation
 176       // ============================================================
 177
 178          unsigned char *result=outputData;
 179          for (unsigned int i=0;i<(nxy/8);i++)
 180          {
 181             explodeByte(overlay[i], result);
 182             result+=8;
 183          }
 184       }
 185    // ============================================================
 186    //   Write a new file
 187    // ============================================================
 188
 189       fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 190       str.str("");
 191       str << nx;
 192       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 193       str.str("");
 194       str << ny;
 195       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 196
 197       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 198       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 199       fileToBuild->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 200       fileToBuild->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 201       fileToBuild->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 202       fileToBuild->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 203
 204       // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 205       // ...
 206       // Other mandatory fields will be set automatically,
 207       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 208
 209       fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 210
 211       fh->SetImageData(outputData,nx*ny);
 212       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 213
 214 std::ostringstream tmp;
 215 tmp <<std::hex;
 216 tmp <<currentOvlGroup;
 217
 218       str.str("");
 219 // -> Why doesn't it work ?!?
 220       //str << fileName << std::hex << currentOvlGroup << ".dcm" << std::ends;
 221
 222 str << fileName << ".ovly." << tmp.str() << ".dcm" << std::ends;
 223
 224       //   Write the current 'overlay' file
 225
 226       if( !fh->Write(str.str()) )
 227       {
 228          std::cout << "Failed\n"
 229                    << "File [" << str.str() << "] is unwrittable" << std::endl;
 230       }
 231       else
 232       {
 233          std::cout << "File written successfully [" << str.str()  << "]" << std::endl;
 234       }
 235
 236    } // end on loop on 60xx
 237
 238    if (f)
 239       fh->Delete();
 240    if (fileToBuild)
 241       fileToBuild->Delete();
 242    f->Delete();
 243
 244    return 0;
 245 }
 246