Example/exExtractOverlaysDCM.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exExtractOverlaysDCM.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2009/05/28 15:44:34 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23 #include "gdcmDirList.h"
  24 #include "gdcmArgMgr.h"
  25
  26 #include <iostream>
  27
  28 // Each BIT of Overlay Data (0x60xx,0x3000) corresponds
  29 // to a BYTE of overlay image.
  30
  31 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  32 {
  33    unsigned char mask = 1;
  34    for (int i=0;i<8;i++)
  35    {
  36       if ((byte & mask)==0)
  37          result[i]=0;
  38       else
  39          result[i]=1;
  40       mask<<=1;
  41    }
  42    return;
  43 }
  44
  45 int main(int argc, char *argv[])
  46 {
  47    START_USAGE(usage)
  48    " \n exExtractOverlaysDCM :\n                                              ",
  49    " Extract DICOM style overlays from an image                               ",
  50    "         Resulting image name(s) are postpended with .ovly.dcm            ",
  51    " usage: exExtractOverlaysDCM filein=inputFileName  [debug] [warning]      ",
  52    "        warning  : user wants to run the program in 'warning mode'        ",
  53    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  54    FINISH_USAGE
  55
  56    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  57
  58    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  59
  60    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  61    {
  62       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  63       delete am;
  64       return 0;
  65    }
  66
  67    const char *fileName  = am->ArgMgrWantString("filein", usage);
  68
  69    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  70       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  71
  72    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  73       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  74
  75    // if unused Param we give up
  76    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  77    {
  78       am->ArgMgrUsage(usage);
  79       delete am;
  80       return 0;
  81    }
  82
  83    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  84
  85    // ========================== Now, we can do the job! ================
  86
  87    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  88
  89 // ============================================================
  90 //   Read the input image.
  91 // ============================================================
  92
  93    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
  94
  95    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
  96    f->AddForceLoadElement(0x6002,0x3000);
  97    f->AddForceLoadElement(0x6004,0x3000);
  98    f->AddForceLoadElement(0x6006,0x3000);
  99    f->AddForceLoadElement(0x6008,0x3000);
 100    f->AddForceLoadElement(0x600a,0x3000);
 101    f->AddForceLoadElement(0x600c,0x3000);
 102    f->AddForceLoadElement(0x600e,0x3000);
 103    f->AddForceLoadElement(0x6010,0x3000);
 104    f->AddForceLoadElement(0x6012,0x3000);
 105    f->AddForceLoadElement(0x6014,0x3000);
 106    f->AddForceLoadElement(0x6016,0x3000);
 107    f->AddForceLoadElement(0x6018,0x3000);
 108    f->AddForceLoadElement(0x601a,0x3000);
 109    f->AddForceLoadElement(0x601c,0x3000);
 110    f->AddForceLoadElement(0x601e,0x3000); // Hope it's enought : Dicom says 60xx ...
 111
 112    f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ | GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW);
 113    f->SetFileName( fileName );
 114    bool res = f->Load();
 115
 116    if (!res) {
 117        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 118            << "DICOM / ACR File"
 119            <<std::endl;
 120       f->Delete();
 121       return 0;
 122    }
 123    std::cout << fileName << " ... is readable " << std::endl;
 124
 125 // ============================================================
 126 //   Check whether image contains Overlays DICOM style.
 127 // ============================================================
 128
 129    unsigned int nx = f->GetXSize();
 130    unsigned int ny = f->GetYSize();
 131    unsigned int nxy=nx*ny;
 132    uint16_t currentOvlGroup;
 133    int i;
 134
 135    std::ostringstream str;
 136
 137    uint8_t *outputData = new uint8_t[nxy]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 138
 139    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = 0;
 140    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = 0;
 141
 142 // ============================================================
 143 //   Get each overlay group into the image header
 144 // ============================================================
 145    for(i=0, currentOvlGroup=0x6000; i<32; i+=2 ,currentOvlGroup+=2)
 146    {
 147       GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e10 = f->GetDataEntry(currentOvlGroup, 0x0010); // nb Row Ovly
 148       if (e10 == 0)
 149       {
 150          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 151             std::cout << " Image doesn't contain Overlay on " <<std::hex
 152                       << currentOvlGroup+i << std::endl;
 153          continue;
 154       }
 155
 156       GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e = f->GetDataEntry(currentOvlGroup, 0x3000);
 157       if (e == 0)
 158       {
 159          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 160             std::cout << " Image doesn't contain DICOM Overlay Data " <<std::hex
 161                       << currentOvlGroup+i << std::endl;
 162       }
 163       else
 164       {
 165          uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 166          if ( overlay == 0 )
 167          {
 168             std::cerr << "Sorry, Overlays of [" << fileName << "] are not "
 169                        << " gdcm-readable."    << std::endl;
 170              continue;
 171          }
 172          if( GDCM_NAME_SPACE::Debug::GetWarningFlag() )
 173             std::cout << " Overlay on group [" << std::hex << currentOvlGroup<< "] is read! " << std::endl;
 174
 175       // ============================================================
 176       //  DICOM Overlay Image data generation
 177       // ============================================================
 178
 179          unsigned char *result=outputData;
 180          for (unsigned int i2=0;i2<(nxy/8);i2++)
 181          {
 182             explodeByte(overlay[i2], result);
 183             result+=8;
 184          }
 185       }
 186    // ============================================================
 187    //   Write a new file
 188    // ============================================================
 189
 190       fileToBuild = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 191       str.str("");
 192       str << nx;
 193       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 194       str.str("");
 195       str << ny;
 196       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 197
 198       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 199       fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 200       fileToBuild->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 201       fileToBuild->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 202       fileToBuild->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 203       fileToBuild->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 204
 205       // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 206       // ...
 207       // Other mandatory fields will be set automatically,
 208       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 209
 210       fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(fileToBuild);
 211
 212       fh->SetImageData(outputData,nx*ny);
 213       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 214
 215 std::ostringstream tmp;
 216 tmp <<std::hex;
 217 tmp <<currentOvlGroup;
 218
 219       str.str("");
 220 // -> Why doesn't it work ?!?
 221       //str << fileName << std::hex << currentOvlGroup << ".dcm" << std::ends;
 222
 223 str << fileName << ".ovly." << tmp.str() << ".dcm" << std::ends;
 224
 225       //   Write the current 'overlay' file
 226
 227       if( !fh->Write(str.str()) )
 228       {
 229          std::cout << "Failed\n"
 230                    << "File [" << str.str() << "] is unwrittable" << std::endl;
 231       }
 232       else
 233       {
 234          std::cout << "File written successfully [" << str.str()  << "]" << std::endl;
 235       }
 236
 237    } // end on loop on 60xx
 238
 239    if (fh)
 240       fh->Delete();
 241    if (fileToBuild)
 242       fileToBuild->Delete();
 243    f->Delete();
 244
 245    return 0;
 246 }
 247