Example/exGC.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exGC.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/08/30 14:40:28 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmDocument.h"
  22 #include "gdcmValEntry.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25
  26 #include <stdlib.h> // for exit
  27
  28 typedef struct  // Maybe we should add it to gdcm ?
  29 {
  30    uint8_t r;
  31    uint8_t g;
  32    uint8_t b;
  33 } rgb8_t;
  34
  35
  36 // This small application, for a given Creatis user (G.C.)
  37 // may be taken as an example
  38
  39 int main(int argc, char *argv[])
  40 {
  41
  42    // we need a user friendly way for passign parameters on the command line !
  43
  44    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  45    std::cout << "Transforms a full gdcm-readable 'color' Dicom image "
  46           << " (e.g Palette Color, YBR, 3-Planes RGB) "
  47           << " into an 'RGB_Pixels' Dicom Image " << std::endl
  48           << " Blacks out any 'grey' pixel (r=g=b) "
  49           << " Blacks out any 'dark' pixel (r,g,b < threshold) "
  50           << " "            << std::endl;
  51    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  52
  53    if (argc < 3)
  54    {
  55       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  56       argv[0] << " input_dicom output_dicom threshold background" << std::endl;
  57       return 1;
  58    }
  59
  60    std::string fileName = argv[1];
  61    std::string output   = argv[2];
  62
  63    int threshold = 0;
  64    if (argc > 3)
  65       threshold        = atoi( argv[3] );
  66
  67    int background = 0;
  68    if (argc > 4)
  69       background        = atoi( argv[4] );
  70
  71 // ============================================================
  72 //   Read the input image.
  73 // ============================================================
  74    // a gdcm::File contains all the Dicom Field but the Pixels Element
  75
  76    std::cout << argv[1] << std::endl;
  77
  78    gdcm::File *f = new gdcm::File();
  79    f->SetLoadMode( GDCM_LD_ALL);
  80    f->SetFileName( fileName );
  81    bool res = f->Load();
  82
  83    if (!res) {
  84        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  85                  << "DICOM / ACR File"
  86                  <<std::endl;
  87        return 0;
  88    }
  89    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  90
  91 /*
  92    if (!f->IsMonochrome()) {
  93        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a 'color' File "
  94            << " "
  95                  <<std::endl;
  96        return 0;
  97    }
  98 */
  99
 100 // ============================================================
 101 //   Load the pixels in memory.
 102 // ============================================================
 103
 104    // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 105    gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
 106
 107    // (unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one)
 108
 109    uint8_t *imageData = fh->GetImageData();
 110
 111    if ( imageData == 0 )
 112    {
 113        std::cerr << "Sorry, Pixels of" << fileName <<"  are not "
 114                  << " gdcm-readable."  << std::endl;
 115        return 0;
 116    }
 117
 118    // ------ User wants write a new image without shadow groups -------------
 119    // ------                              without Sequences     -------------
 120
 121
 122    gdcm::FileHelper *copy = new gdcm::FileHelper( );
 123    copy->SetFileName( output );
 124    copy->Load();
 125
 126    gdcm::DocEntry *d = f->GetFirstEntry();
 127    while(d)
 128    {
 129       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
 130       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
 131       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
 132            && !( d->GetGroup()%2 ) )
 133       {
 134
 135          if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
 136          {
 137             copy->GetFile()->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
 138                                              b->GetGroup(),b->GetElement(),
 139                                              b->GetVR() );
 140          }
 141          else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 142          {
 143              copy->GetFile()->InsertValEntry( v->GetValue(),
 144                                               v->GetGroup(),v->GetElement(),
 145                                               v->GetVR() );
 146          }
 147          else
 148          {
 149           // We skip gdcm::SeqEntries
 150          }
 151       }
 152       d = f->GetNextEntry();
 153    }
 154
 155    int imageSize = fh->GetImageDataSize();
 156 // Black up all 'grey' pixels
 157    int i;
 158    int n = 0;
 159    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 160    {
 161       if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].g
 162          &&
 163            ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].b )
 164       {
 165          n++;
 166          ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 167          ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 168          ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 169       }
 170    }
 171
 172     std::cout << n << " points put to black (within "
 173               << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 174
 175    n = 0;
 176    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 177    {
 178    if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r < threshold
 179      &&
 180         ((rgb8_t *)imageData)[i].g < threshold
 181      &&
 182         ((rgb8_t *)imageData)[i].b < threshold )
 183       {
 184          n++;
 185         ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 186         ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 187         ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 188       }
 189    }
 190
 191    std::cout << n << " points put to black (within "
 192              << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 193    // User knows the image is a 'color' one -RGB, YBR, Palette Color-
 194    // and wants to write it as RGB
 195    copy->SetImageData(imageData, imageSize);
 196    copy->SetWriteModeToRGB();
 197
 198    copy->WriteDcmExplVR( output );
 199
 200    delete f;
 201    delete fh;
 202    delete copy;
 203
 204    exit (0);
 205 }