Example/exGC.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exGC.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:05 $
   7   Version:   $Revision: 1.11 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmDocument.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23 #include "gdcmSeqEntry.h"
  24
  25 #include <stdlib.h> // for exit
  26
  27 typedef struct  // Maybe we should add it to gdcm ?
  28 {
  29    uint8_t r;
  30    uint8_t g;
  31    uint8_t b;
  32 } rgb8_t;
  33
  34
  35 // This small application, for a given Creatis user (G.C.)
  36 // may be taken as an example
  37
  38 int main(int argc, char *argv[])
  39 {
  40
  41    // we need a user friendly way for passign parameters on the command line !
  42
  43    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  44    std::cout << "Transforms a full gdcm-readable 'color' Dicom image "
  45           << " (e.g Palette Color, YBR, 3-Planes RGB) "
  46           << " into an 'RGB_Pixels' Dicom Image " << std::endl
  47           << " Blacks out any 'grey' pixel (r=g=b) "
  48           << " Blacks out any 'dark' pixel (r,g,b < threshold) "
  49           << " "            << std::endl;
  50    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  51
  52    if (argc < 3)
  53    {
  54       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  55       argv[0] << " input_dicom output_dicom threshold background" << std::endl;
  56       return 1;
  57    }
  58
  59    std::string fileName = argv[1];
  60    std::string output   = argv[2];
  61
  62    int threshold = 0;
  63    if (argc > 3)
  64       threshold        = atoi( argv[3] );
  65
  66    int background = 0;
  67    if (argc > 4)
  68       background        = atoi( argv[4] );
  69
  70 // ============================================================
  71 //   Read the input image.
  72 // ============================================================
  73    // a GDCM_NAME_SPACE::File contains all the Dicom Field but the Pixels Element
  74
  75    std::cout << argv[1] << std::endl;
  76
  77    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  78    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  79    f->SetFileName( fileName );
  80    bool res = f->Load();
  81
  82    if (!res) {
  83        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  84                  << "DICOM / ACR File"
  85                  <<std::endl;
  86        f->Delete();
  87        return 0;
  88    }
  89    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  90
  91 /*
  92    if (!f->IsMonochrome()) {
  93        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a 'color' File "
  94            << " "
  95                  <<std::endl;
  96        return 0;
  97    }
  98 */
  99
 100 // ============================================================
 101 //   Load the pixels in memory.
 102 // ============================================================
 103
 104    // We need a GDCM_NAME_SPACE::FileHelper, since we want to load the pixels
 105    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 106
 107    // (unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one)
 108
 109    uint8_t *imageData = fh->GetImageData();
 110
 111    if ( imageData == 0 )
 112    {
 113        std::cerr << "Sorry, Pixels of" << fileName <<"  are not "
 114                  << " gdcm-readable."  << std::endl;
 115        f->Delete();
 116        fh->Delete();
 117        return 0;
 118    }
 119
 120    // ------ User wants write a new image without shadow groups -------------
 121    // ------                              without Sequences     -------------
 122
 123
 124    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *copy = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( );
 125    copy->SetFileName( output );
 126    copy->Load();
 127
 128    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *d = f->GetFirstEntry();
 129    while(d)
 130    {
 131       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
 132       if ( !(dynamic_cast<GDCM_NAME_SPACE::SeqEntry*>(d))
 133       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
 134            && !( d->GetGroup()%2 ) )
 135       {
 136
 137          if ( GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *de = dynamic_cast<GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *>(d) )
 138          {
 139             copy->GetFile()->InsertEntryBinArea( de->GetBinArea(),de->GetLength(),
 140                                                  de->GetGroup(),de->GetElement(),
 141                                                  de->GetVR() );
 142          }
 143          else
 144          {
 145           // We skip GDCM_NAME_SPACE::SeqEntries
 146          }
 147       }
 148       d = f->GetNextEntry();
 149    }
 150
 151    int imageSize = fh->GetImageDataSize();
 152 // Black up all 'grey' pixels
 153    int i;
 154    int n = 0;
 155    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 156    {
 157       if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].g
 158          &&
 159            ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].b )
 160       {
 161          n++;
 162          ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 163          ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 164          ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 165       }
 166    }
 167
 168    std::cout << n << " points put to black (within "
 169              << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 170
 171    n = 0;
 172    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 173    {
 174       if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r < threshold
 175          &&
 176          ((rgb8_t *)imageData)[i].g < threshold
 177          &&
 178          ((rgb8_t *)imageData)[i].b < threshold )
 179       {
 180          n++;
 181         ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 182         ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 183         ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 184       }
 185    }
 186
 187    std::cout << n << " points put to black (within "
 188              << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 189    // User knows the image is a 'color' one -RGB, YBR, Palette Color-
 190    // and wants to write it as RGB
 191    copy->SetImageData(imageData, imageSize);
 192    copy->SetWriteModeToRGB();
 193
 194    copy->WriteDcmExplVR( output );
 195
 196    f->Delete();
 197    fh->Delete();
 198    copy->Delete();
 199
 200    exit (0);
 201 }