Example/exGC.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exGC.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/04/20 11:25:35 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmDocument.h"
  22 #include "gdcmValEntry.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25
  26 typedef struct  // Maybe we should add it to gdcm ?
  27 {
  28    uint8_t r;
  29    uint8_t g;
  30    uint8_t b;
  31 } rgb8_t;
  32
  33
  34 // This small application, for a given Creatis user (G.C.)
  35 // may be taken as an example
  36
  37 int main(int argc, char *argv[])
  38 {
  39
  40    // we need a user friendly way for passign parameters on the command line !
  41
  42    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  43    std::cout << "Transforms a full gdcm-readable 'color' Dicom image "
  44           << " (e.g Palette Color, YBR, 3-Planes RGB) "
  45           << " into an 'RGB_Pixels' Dicom Image " << std::endl
  46           << " Blacks out any 'grey' pixel (r=g=b) "
  47           << " Blacks out any 'dark' pixel (r,g,b < threshold) "
  48           << " "            << std::endl;
  49    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  50
  51    if (argc < 3)
  52    {
  53       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  54       argv[0] << " input_dicom output_dicom threshold background" << std::endl;
  55       return 1;
  56    }
  57
  58    std::string fileName = argv[1];
  59    std::string output   = argv[2];
  60
  61    int threshold = 0;
  62    if (argc > 3)
  63       threshold        = atoi( argv[3] );
  64
  65    int background = 0;
  66    if (argc > 4)
  67       background        = atoi( argv[4] );
  68
  69 // ============================================================
  70 //   Read the input image.
  71 // ============================================================
  72    // a gdcm::File contains all the Dicom Field but the Pixels Element
  73
  74    gdcm::File *f1= new gdcm::File( fileName );
  75
  76
  77    std::cout << argv[1] << std::endl;
  78
  79    f1 = new gdcm::File( fileName );
  80    if (!f1->IsReadable()) {
  81        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  82                  << "DICOM / ACR File"
  83                  <<std::endl;
  84        return 0;
  85    }
  86    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  87
  88 /*
  89    if (!f1->IsMonochrome()) {
  90        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a 'color' File "
  91            << " "
  92                  <<std::endl;
  93        return 0;
  94    }
  95 */
  96
  97 // ============================================================
  98 //   Load the pixels in memory.
  99 // ============================================================
 100
 101    // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 102    gdcm::FileHelper *fh1 = new gdcm::FileHelper(f1);
 103
 104    // (unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one)
 105
 106    uint8_t *imageData = fh1->GetImageData();
 107
 108    if ( imageData == 0 )
 109    {
 110        std::cerr << "Sorry, Pixels of" << fileName <<"  are not "
 111                  << " gdcm-readable."  << std::endl;
 112        return 0;
 113    }
 114
 115    // ------ User wants write a new image without shadow groups -------------
 116    // ------                              without Sequences     -------------
 117
 118
 119    gdcm::FileHelper *copy = new gdcm::FileHelper( output );
 120
 121    gdcm::DocEntry *d = f1->GetFirstEntry();
 122    while(d)
 123    {
 124       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
 125       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
 126       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
 127            && !( d->GetGroup()%2 ) )
 128       {
 129
 130          if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
 131          {
 132             copy->GetFile()->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
 133                                              b->GetGroup(),b->GetElement(),
 134                                              b->GetVR() );
 135          }
 136          else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 137          {
 138              copy->GetFile()->InsertValEntry( v->GetValue(),
 139                                               v->GetGroup(),v->GetElement(),
 140                                               v->GetVR() );
 141          }
 142          else
 143          {
 144           // We skip gdcm::SeqEntries
 145          }
 146       }
 147       d = f1->GetNextEntry();
 148    }
 149
 150    int imageSize = fh1->GetImageDataSize();
 151 // Black up all 'grey' pixels
 152    int i;
 153    int n = 0;
 154    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 155    {
 156       if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].g
 157          &&
 158            ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].b )
 159       {
 160          n++;
 161          ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 162          ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 163          ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 164       }
 165    }
 166
 167     std::cout << n << " points put to black (within "
 168               << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 169
 170    n = 0;
 171    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 172    {
 173    if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r < threshold
 174      &&
 175         ((rgb8_t *)imageData)[i].g < threshold
 176      &&
 177         ((rgb8_t *)imageData)[i].b < threshold )
 178       {
 179          n++;
 180         ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 181         ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 182         ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 183       }
 184    }
 185
 186    std::cout << n << " points put to black (within "
 187              << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 188    // User knows the image is a 'color' one -RGB, YBR, Palette Color-
 189    // and wants to write it as RGB
 190    copy->SetImageData(imageData, imageSize);
 191    copy->SetWriteModeToRGB();
 192
 193    copy->WriteDcmExplVR( output );
 194
 195    delete f1;
 196    delete fh1;
 197    delete copy;
 198
 199    exit (0);
 200 }