Example/exGC.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exGC.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/10/18 08:35:44 $
   7   Version:   $Revision: 1.9 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmDocument.h"
  22 #include "gdcmDataEntry.h"
  23 #include "gdcmSeqEntry.h"
  24
  25 #include <stdlib.h> // for exit
  26
  27 typedef struct  // Maybe we should add it to gdcm ?
  28 {
  29    uint8_t r;
  30    uint8_t g;
  31    uint8_t b;
  32 } rgb8_t;
  33
  34
  35 // This small application, for a given Creatis user (G.C.)
  36 // may be taken as an example
  37
  38 int main(int argc, char *argv[])
  39 {
  40
  41    // we need a user friendly way for passign parameters on the command line !
  42
  43    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  44    std::cout << "Transforms a full gdcm-readable 'color' Dicom image "
  45           << " (e.g Palette Color, YBR, 3-Planes RGB) "
  46           << " into an 'RGB_Pixels' Dicom Image " << std::endl
  47           << " Blacks out any 'grey' pixel (r=g=b) "
  48           << " Blacks out any 'dark' pixel (r,g,b < threshold) "
  49           << " "            << std::endl;
  50    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  51
  52    if (argc < 3)
  53    {
  54       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  55       argv[0] << " input_dicom output_dicom threshold background" << std::endl;
  56       return 1;
  57    }
  58
  59    std::string fileName = argv[1];
  60    std::string output   = argv[2];
  61
  62    int threshold = 0;
  63    if (argc > 3)
  64       threshold        = atoi( argv[3] );
  65
  66    int background = 0;
  67    if (argc > 4)
  68       background        = atoi( argv[4] );
  69
  70 // ============================================================
  71 //   Read the input image.
  72 // ============================================================
  73    // a gdcm::File contains all the Dicom Field but the Pixels Element
  74
  75    std::cout << argv[1] << std::endl;
  76
  77    gdcm::File *f = new gdcm::File();
  78    f->SetLoadMode( gdcm::LD_ALL);
  79    f->SetFileName( fileName );
  80    bool res = f->Load();
  81
  82    if (!res) {
  83        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  84                  << "DICOM / ACR File"
  85                  <<std::endl;
  86        return 0;
  87    }
  88    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  89
  90 /*
  91    if (!f->IsMonochrome()) {
  92        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a 'color' File "
  93            << " "
  94                  <<std::endl;
  95        return 0;
  96    }
  97 */
  98
  99 // ============================================================
 100 //   Load the pixels in memory.
 101 // ============================================================
 102
 103    // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 104    gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
 105
 106    // (unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one)
 107
 108    uint8_t *imageData = fh->GetImageData();
 109
 110    if ( imageData == 0 )
 111    {
 112        std::cerr << "Sorry, Pixels of" << fileName <<"  are not "
 113                  << " gdcm-readable."  << std::endl;
 114        return 0;
 115    }
 116
 117    // ------ User wants write a new image without shadow groups -------------
 118    // ------                              without Sequences     -------------
 119
 120
 121    gdcm::FileHelper *copy = new gdcm::FileHelper( );
 122    copy->SetFileName( output );
 123    copy->Load();
 124
 125    gdcm::DocEntry *d = f->GetFirstEntry();
 126    while(d)
 127    {
 128       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
 129       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
 130       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
 131            && !( d->GetGroup()%2 ) )
 132       {
 133
 134          if ( gdcm::DataEntry *de = dynamic_cast<gdcm::DataEntry *>(d) )
 135          {
 136             copy->GetFile()->InsertEntryBinArea( de->GetBinArea(),de->GetLength(),
 137                                                  de->GetGroup(),de->GetElement(),
 138                                                  de->GetVR() );
 139          }
 140          else
 141          {
 142           // We skip gdcm::SeqEntries
 143          }
 144       }
 145       d = f->GetNextEntry();
 146    }
 147
 148    int imageSize = fh->GetImageDataSize();
 149 // Black up all 'grey' pixels
 150    int i;
 151    int n = 0;
 152    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 153    {
 154       if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].g
 155          &&
 156            ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].b )
 157       {
 158          n++;
 159          ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 160          ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 161          ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 162       }
 163    }
 164
 165     std::cout << n << " points put to black (within "
 166               << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 167
 168    n = 0;
 169    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 170    {
 171    if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r < threshold
 172      &&
 173         ((rgb8_t *)imageData)[i].g < threshold
 174      &&
 175         ((rgb8_t *)imageData)[i].b < threshold )
 176       {
 177          n++;
 178         ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 179         ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 180         ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 181       }
 182    }
 183
 184    std::cout << n << " points put to black (within "
 185              << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 186    // User knows the image is a 'color' one -RGB, YBR, Palette Color-
 187    // and wants to write it as RGB
 188    copy->SetImageData(imageData, imageSize);
 189    copy->SetWriteModeToRGB();
 190
 191    copy->WriteDcmExplVR( output );
 192
 193    delete f;
 194    delete fh;
 195    delete copy;
 196
 197    exit (0);
 198 }