Example/exGC.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exGC.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/06 15:49:31 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmDocument.h"
  22 #include "gdcmValEntry.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25
  26 #include <stdlib.h> // for exit
  27
  28 typedef struct  // Maybe we should add it to gdcm ?
  29 {
  30    uint8_t r;
  31    uint8_t g;
  32    uint8_t b;
  33 } rgb8_t;
  34
  35
  36 // This small application, for a given Creatis user (G.C.)
  37 // may be taken as an example
  38
  39 int main(int argc, char *argv[])
  40 {
  41
  42    // we need a user friendly way for passign parameters on the command line !
  43
  44    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  45    std::cout << "Transforms a full gdcm-readable 'color' Dicom image "
  46           << " (e.g Palette Color, YBR, 3-Planes RGB) "
  47           << " into an 'RGB_Pixels' Dicom Image " << std::endl
  48           << " Blacks out any 'grey' pixel (r=g=b) "
  49           << " Blacks out any 'dark' pixel (r,g,b < threshold) "
  50           << " "            << std::endl;
  51    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  52
  53    if (argc < 3)
  54    {
  55       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  56       argv[0] << " input_dicom output_dicom threshold background" << std::endl;
  57       return 1;
  58    }
  59
  60    std::string fileName = argv[1];
  61    std::string output   = argv[2];
  62
  63    int threshold = 0;
  64    if (argc > 3)
  65       threshold        = atoi( argv[3] );
  66
  67    int background = 0;
  68    if (argc > 4)
  69       background        = atoi( argv[4] );
  70
  71 // ============================================================
  72 //   Read the input image.
  73 // ============================================================
  74    // a gdcm::File contains all the Dicom Field but the Pixels Element
  75
  76    gdcm::File *f1= new gdcm::File( fileName );
  77
  78
  79    std::cout << argv[1] << std::endl;
  80
  81    f1 = new gdcm::File( fileName );
  82    if (!f1->IsReadable()) {
  83        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  84                  << "DICOM / ACR File"
  85                  <<std::endl;
  86        return 0;
  87    }
  88    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  89
  90 /*
  91    if (!f1->IsMonochrome()) {
  92        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a 'color' File "
  93            << " "
  94                  <<std::endl;
  95        return 0;
  96    }
  97 */
  98
  99 // ============================================================
 100 //   Load the pixels in memory.
 101 // ============================================================
 102
 103    // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 104    gdcm::FileHelper *fh1 = new gdcm::FileHelper(f1);
 105
 106    // (unit8_t DOESN'T mean it's mandatory for the image to be a 8 bits one)
 107
 108    uint8_t *imageData = fh1->GetImageData();
 109
 110    if ( imageData == 0 )
 111    {
 112        std::cerr << "Sorry, Pixels of" << fileName <<"  are not "
 113                  << " gdcm-readable."  << std::endl;
 114        return 0;
 115    }
 116
 117    // ------ User wants write a new image without shadow groups -------------
 118    // ------                              without Sequences     -------------
 119
 120
 121    gdcm::FileHelper *copy = new gdcm::FileHelper( output );
 122
 123    gdcm::DocEntry *d = f1->GetFirstEntry();
 124    while(d)
 125    {
 126       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
 127       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
 128       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
 129            && !( d->GetGroup()%2 ) )
 130       {
 131
 132          if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
 133          {
 134             copy->GetFile()->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
 135                                              b->GetGroup(),b->GetElement(),
 136                                              b->GetVR() );
 137          }
 138          else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 139          {
 140              copy->GetFile()->InsertValEntry( v->GetValue(),
 141                                               v->GetGroup(),v->GetElement(),
 142                                               v->GetVR() );
 143          }
 144          else
 145          {
 146           // We skip gdcm::SeqEntries
 147          }
 148       }
 149       d = f1->GetNextEntry();
 150    }
 151
 152    int imageSize = fh1->GetImageDataSize();
 153 // Black up all 'grey' pixels
 154    int i;
 155    int n = 0;
 156    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 157    {
 158       if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].g
 159          &&
 160            ((rgb8_t *)imageData)[i].r == ((rgb8_t *)imageData)[i].b )
 161       {
 162          n++;
 163          ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 164          ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 165          ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 166       }
 167    }
 168
 169     std::cout << n << " points put to black (within "
 170               << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 171
 172    n = 0;
 173    for (i = 0; i<imageSize/3; i++)
 174    {
 175    if ( ((rgb8_t *)imageData)[i].r < threshold
 176      &&
 177         ((rgb8_t *)imageData)[i].g < threshold
 178      &&
 179         ((rgb8_t *)imageData)[i].b < threshold )
 180       {
 181          n++;
 182         ((rgb8_t *)imageData)[i].r = (unsigned char)background;
 183         ((rgb8_t *)imageData)[i].g = (unsigned char)background;
 184         ((rgb8_t *)imageData)[i].b = (unsigned char)background;
 185       }
 186    }
 187
 188    std::cout << n << " points put to black (within "
 189              << imageSize/3 << ")" << std::endl;
 190    // User knows the image is a 'color' one -RGB, YBR, Palette Color-
 191    // and wants to write it as RGB
 192    copy->SetImageData(imageData, imageSize);
 193    copy->SetWriteModeToRGB();
 194
 195    copy->WriteDcmExplVR( output );
 196
 197    delete f1;
 198    delete fh1;
 199    delete copy;
 200
 201    exit (0);
 202 }