Example/exOverlaysACR.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exOverlaysACR.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/11 14:35:46 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25 #include <stdio.h> // for fseek... FIXME
  26 #include <stdlib.h> // for atoi
  27
  28  // WARNING :
  29  // unfinished : DO NOT to be used as is !
  30
  31  /*
  32  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  33
  34 V 0028|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  35 V 0028|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  36 V 0028|0030[DS] [Pixel Spacing] [01.56\1.56]
  37 V 0028|0100[US] [Bits Allocated] [16] x(10)
  38 V 0028|0101[US] [Bits Stored] [12] x(c)
  39 V 0028|0102[US] [High Bit] [11] x(b)
  40 V 0028|0103[US] [Pixel Representation] [0] x(0)
  41
  42 V 6000|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  43 V 6000|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  44 V 6000|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  45 V 6000|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  46 V 6000|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  47 V 6000|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  48 V 6000|0102[US] [Overlay Bit Position] [12] x(c)
  49 ...
  50 ...
  51 V 6006|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  52 V 6006|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  53 V 6006|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  54 V 6006|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  55 V 6006|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  56 V 6006|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  57 V 6006|0102[US] [Overlay Bit Position] [15] x(f)
  58  */
  59
  60 int main(int argc, char *argv[])
  61 {
  62    gdcm::File *f;
  63
  64    //gdcm::Debug::DebugOn();
  65
  66    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  67    std::cout << "Gets the 'Overlays' from a full gdcm-readable ACR-NEMA "
  68              << "uncompressed image" << std::endl;
  69    std::cout << "Writes them in DicomV3 files named 'gdcmOverlay-xxx.dcm'"
  70              << std::endl;
  71    std::cout << "(Note :  we just have ONE image : "
  72              << "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr)"
  73              << std::endl;
  74    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  75
  76    std::string fileName;
  77    if( argc > 1 )
  78       fileName = argv[1];
  79    else
  80       fileName = "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr";
  81
  82    std::cout << fileName << std::endl;
  83 // ============================================================
  84 //   Read the input image.
  85 // ============================================================
  86
  87    //std::cout << argv[1] << std::endl;
  88
  89    f = new gdcm::File( );
  90
  91    f->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);
  92    f->SetFileName( fileName );
  93    bool res = f->Load();
  94
  95    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
  96    {
  97       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  98       f->Print();
  99       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
 100    }
 101    if (!res) {
 102        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 103            << "DICOM / ACR File"
 104            <<std::endl;
 105       delete f;
 106       return 0;
 107    }
 108    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 109
 110 // ============================================================
 111 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
 112 // ============================================================
 113
 114    int bitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
 115    if ( bitsAllocated <= 8 )
 116    {
 117       std::cout << " 8 bits pixel image cannot contain Overlays " << std::endl;
 118       delete f;
 119       return 0;
 120    }
 121    std::string s1 = f->GetEntryValue(0x6000, 0x0102);
 122    if (s1 == gdcm::GDCM_UNFOUND)
 123    {
 124       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 125       delete f;
 126       return 0;
 127    }
 128    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 129
 130
 131 // ============================================================
 132 //   Load the pixels in memory.
 133 // ============================================================
 134
 135    // We don't use a gdcm::FileHelper, since it rubs out
 136    // the 'non image' bits of the pixels...
 137
 138    int nx = f->GetXSize();
 139    int ny = f->GetYSize();
 140
 141    std::cout << "Dimensions " << ny << "  " <<ny << std::endl;
 142
 143    gdcm::DocEntry *p = f->GetDocEntry(f->GetGrPixel(), f->GetNumPixel());
 144    if (p == 0)
 145       std::cout << "Pixels element  not found" << std::endl;
 146    else
 147       std::cout << "Pixels element FOUND" << std::endl;
 148
 149    int offset = (int)(p->GetOffset());
 150
 151    std::cout << "Offset " << offset << std::endl;
 152
 153    FILE *fp = fopen(fileName.c_str(), "r");
 154
 155    if (fp == 0)
 156    {
 157       std::cout << "Unable to open File" << std::endl;
 158       delete f;
 159       return 0;
 160    }
 161    else
 162       std::cout << "File open successfully" << std::endl;
 163
 164    fseek(fp, (long) offset,SEEK_SET);
 165    uint16_t *pixels = new uint16_t[nx*ny];
 166    size_t lgt = fread(pixels, 1,  nx*ny*sizeof( uint16_t) , fp );
 167
 168    if ( lgt != (size_t)nx*ny*sizeof( uint16_t) )
 169    {
 170        std::cout << "Sorry, Pixels of" << fileName << "  are not "
 171                  << "readable. expected length :" << nx*ny
 172                  << "  " << "read length : " << lgt
 173                  << std::endl;
 174        delete f;
 175        delete pixels;
 176        return 0;
 177    }
 178    else
 179    {
 180       std::cout << "Pixels read as expected : length = " << lgt << std::endl;
 181    }
 182
 183
 184 // ============================================================
 185 //   Get each overlay Bit into an image
 186 // ============================================================
 187
 188    uint8_t *tabPixels = new uint8_t[nx*ny]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 189
 190    uint16_t currentOvlGroup = 0x6000;
 191    std::string strOvlBitPosition;
 192    int ovlBitPosition;
 193    uint16_t mask;
 194    int i = 0;
 195    uint16_t overlayLocation;
 196    std::ostringstream str;
 197    std::string strOverlayLocation;
 198    gdcm::File *fileToBuild = 0;
 199    gdcm::FileHelper *fh = 0;
 200
 201
 202 while ( (strOvlBitPosition = f->GetEntryValue(currentOvlGroup, 0x0102))
 203           != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 204 {
 205
 206       strOverlayLocation = f->GetEntryValue(currentOvlGroup, 0x0200);
 207       if ( strOverlayLocation != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 208       {
 209          overlayLocation = atoi(strOverlayLocation.c_str());
 210          if ( overlayLocation != f->GetGrPixel() )
 211          {
 212             std::cout << "Big Trouble : Overlays are NOT in the Pixels Group "
 213                       << std::hex << "(" << overlayLocation << " vs "
 214                       << f->GetGrPixel() << std::endl;
 215             // Actually, here, we should (try to) read the overlay location
 216             // and go on the job.
 217             continue;
 218          }
 219       }
 220       ovlBitPosition = atoi(strOvlBitPosition.c_str());
 221       mask = 1 << ovlBitPosition;
 222       std::cout << "Mask :[" <<std::hex << mask << "]" << std::endl;
 223       for (int j=0; j<nx*ny ; j++)
 224       {
 225          if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 226             if (pixels[j] >= 0x1000)// if it contains at least one overlay bit
 227                printf("%d : %04x\n",j, pixels[j]);
 228
 229          if ( (pixels[j] & mask) == 0 )
 230             tabPixels[j] = 0;
 231          else
 232             tabPixels[j] = 128;
 233       }
 234       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 235          std::cout << "About to built empty file"  << std::endl;
 236
 237       fileToBuild = new gdcm::File();
 238
 239       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 240          std::cout << "Finish to built empty file"  << std::endl;
 241
 242       str.str("");
 243       str << nx;
 244       fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 245       str.str("");
 246       str << ny;
 247       fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 248
 249       fileToBuild->InsertValEntry("8",0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 250       fileToBuild->InsertValEntry("8",0x0028,0x0101); // Bits Stored
 251       fileToBuild->InsertValEntry("7",0x0028,0x0102); // High Bit
 252       fileToBuild->InsertValEntry("0",0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 253       fileToBuild->InsertValEntry("1",0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 254
 255       fileToBuild->InsertValEntry("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004);
 256       // Other mandatory fields will be set automatically,
 257       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 258
 259       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 260          std::cout << "-------------About to built FileHelper"  << std::endl;
 261
 262       fh = new gdcm::FileHelper(fileToBuild);
 263
 264       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 265          std::cout << "-------------Finish to built FileHelper"  << std::endl;
 266
 267       fh->SetImageData(tabPixels,nx*ny);
 268       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 269
 270       str.str("");
 271       str<<"gdcmOverlay-"<<i << ".dcm";
 272       //   Write the current 'overlay' file
 273
 274       if( !fh->Write(str.str()) )
 275       {
 276          std::cout << "Failed\n"
 277                    << "File in unwrittable\n";
 278          delete fh;
 279          if (fileToBuild)
 280             delete fileToBuild;
 281          delete pixels;
 282          delete tabPixels;
 283          return 0;
 284       }
 285       else
 286       {
 287          std::cout << "File written successfully" << std::endl;
 288       }
 289       currentOvlGroup += 2;
 290       i++;
 291    }
 292
 293    delete f;
 294    if (f)
 295       delete fh;
 296    if (fileToBuild)
 297       delete fileToBuild;
 298    delete pixels;
 299    delete tabPixels;
 300    return 0;
 301 }
 302