Example/exOverlaysACR.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exOverlaysACR.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/05/19 15:47:20 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23
  24 #include <iostream>
  25  #include <stdio.h>
  26
  27  // WARNING :
  28  // unfinished : DO NOT to be used as is !
  29
  30  /*
  31  // Example (sorry, we've got no more than this one ...)
  32
  33 V 0028|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  34 V 0028|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  35 V 0028|0030[DS] [Pixel Spacing] [01.56\1.56]
  36 V 0028|0100[US] [Bits Allocated] [16] x(10)
  37 V 0028|0101[US] [Bits Stored] [12] x(c)
  38 V 0028|0102[US] [High Bit] [11] x(b)
  39 V 0028|0103[US] [Pixel Representation] [0] x(0)
  40
  41 V 6000|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  42 V 6000|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  43 V 6000|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  44 V 6000|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  45 V 6000|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  46 V 6000|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  47 V 6000|0102[US] [Overlay Bit Position] [12] x(c)
  48 ...
  49 ...
  50 V 6006|0000[UL] [Group Length] [96] x(60)
  51 V 6006|0010[US] [Rows] [256] x(100)
  52 V 6006|0011[US] [Columns] [256] x(100)
  53 V 6006|0040[CS] [Overlay Type] [R ]
  54 V 6006|0050[SS] [Overlay Origin] [23601\8241] x(5c31)
  55 V 6006|0100[US] [Overlay Bits Allocated] [16] x(10)
  56 V 6006|0102[US] [Overlay Bit Position] [15] x(f)
  57  */
  58
  59 int main(int argc, char *argv[])
  60 {
  61    gdcm::File *f1;
  62
  63    //gdcm::Debug::DebugOn();
  64
  65    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  66    std::cout << "Gets the 'Overlays' from a full gdcm-readable ACR-NEMA "
  67              << "uncompressed image" << std::endl;
  68    std::cout << "Writes them in DicomV3 files named 'gdcmOverlay-xxx.dcm'"
  69              << std::endl;
  70    std::cout << "(Note :  we just have ONE image : "
  71              << "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr)"
  72              << std::endl;
  73    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  74
  75    std::string fileName;
  76    if( argc > 1 )
  77       fileName = argv[1];
  78    else
  79       fileName = "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr";
  80
  81    std::cout << fileName << std::endl;
  82 // ============================================================
  83 //   Read the input image.
  84 // ============================================================
  85
  86    //std::cout << argv[1] << std::endl;
  87
  88    f1 = new gdcm::File( );
  89
  90    f1->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);
  91    f1->Load( fileName );
  92
  93    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
  94    {
  95       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  96       f1->Print();
  97       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  98    }
  99    if (!f1->IsReadable()) {
 100        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 101            << "DICOM / ACR File"
 102            <<std::endl;
 103       delete f1;
 104       return 0;
 105    }
 106    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 107
 108 // ============================================================
 109 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
 110 // ============================================================
 111
 112    int bitsAllocated = f1->GetBitsAllocated();
 113    if ( bitsAllocated <= 8 )
 114    {
 115       std::cout << " 8 bits pixel image cannot contain Overlays " << std::endl;
 116       delete f1;
 117       return 0;
 118    }
 119    std::string s1 = f1->GetEntryValue(0x6000, 0x0102);
 120    if (s1 == gdcm::GDCM_UNFOUND)
 121    {
 122       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 123       delete f1;
 124       return 0;
 125    }
 126    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 127
 128
 129 // ============================================================
 130 //   Load the pixels in memory.
 131 // ============================================================
 132
 133    // We don't use a gdcm::FileHelper, since it rubs out
 134    // the 'non image' bits of the pixels...
 135
 136    int nx = f1->GetXSize();
 137    int ny = f1->GetYSize();
 138
 139    std::cout << "Dimensions " << ny << "  " <<ny << std::endl;
 140
 141    gdcm::DocEntry *p = f1->GetDocEntry(f1->GetGrPixel(), f1->GetNumPixel());
 142    if (p == 0)
 143       std::cout << "Pixels element  not found" << std::endl;
 144    else
 145       std::cout << "Pixels element FOUND" << std::endl;
 146
 147    int offset = (int)(p->GetOffset());
 148
 149    std::cout << "Offset " << offset << std::endl;
 150
 151    FILE *fp = fopen(fileName.c_str(), "r");
 152
 153    if (fp == 0)
 154    {
 155       std::cout << "Unable to open File" << std::endl;
 156       delete f1;
 157       return 0;
 158    }
 159    else
 160       std::cout << "File open successfully" << std::endl;
 161
 162    fseek(fp, (long) offset,SEEK_SET);
 163    uint16_t *pixels = new uint16_t[nx*ny];
 164    size_t lgt = fread(pixels, 1,  nx*ny*sizeof( uint16_t) , fp );
 165
 166    if ( lgt != (size_t)nx*ny*sizeof( uint16_t) )
 167    {
 168        std::cout << "Sorry, Pixels of" << fileName << "  are not "
 169                  << "readable. expected length :" << nx*ny
 170                  << "  " << "read length : " << lgt
 171                  << std::endl;
 172        delete f1;
 173        delete pixels;
 174        return 0;
 175    }
 176    else
 177    {
 178       std::cout << "Pixels read as expected : length = " << lgt << std::endl;
 179    }
 180
 181
 182 // ============================================================
 183 //   Get each overlay Bit into an image
 184 // ============================================================
 185
 186    uint8_t *tabPixels = new uint8_t[nx*ny]; // uint8 is enought to hold 1 bit !
 187
 188    uint16_t currentOvlGroup = 0x6000;
 189    std::string strOvlBitPosition;
 190    int ovlBitPosition;
 191    uint16_t mask;
 192    int i = 0;
 193    uint16_t overlayLocation;
 194    std::ostringstream str;
 195    std::string strOverlayLocation;
 196    gdcm::File *fileToBuild = 0;
 197    gdcm::FileHelper *fh = 0;
 198
 199
 200 while ( (strOvlBitPosition = f1->GetEntryValue(currentOvlGroup, 0x0102))
 201           != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 202 {
 203
 204       strOverlayLocation = f1->GetEntryValue(currentOvlGroup, 0x0200);
 205       if ( strOverlayLocation != gdcm::GDCM_UNFOUND )
 206       {
 207          overlayLocation = atoi(strOverlayLocation.c_str());
 208          if ( overlayLocation != f1->GetGrPixel() )
 209          {
 210             std::cout << "Big Trouble : Overlays are NOT in the Pixels Group "
 211                       << std::hex << "(" << overlayLocation << " vs "
 212                       << f1->GetGrPixel() << std::endl;
 213             // Actually, here, we should (try to) read the overlay location
 214             // and go on the job.
 215             continue;
 216          }
 217       }
 218       ovlBitPosition = atoi(strOvlBitPosition.c_str());
 219       mask = 1 << ovlBitPosition;
 220       std::cout << "Mask :[" <<std::hex << mask << "]" << std::endl;
 221       for (int j=0; j<nx*ny ; j++)
 222       {
 223          if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 224             if (pixels[j] >= 0x1000)// if it contains at least one overlay bit
 225                printf("%d : %04x\n",j, pixels[j]);
 226
 227          if ( (pixels[j] & mask) == 0 )
 228             tabPixels[j] = 0;
 229          else
 230             tabPixels[j] = 128;
 231       }
 232       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 233          std::cout << "About to built empty file"  << std::endl;
 234
 235       fileToBuild = new gdcm::File();
 236
 237       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 238          std::cout << "Finish to built empty file"  << std::endl;
 239
 240       str.str("");
 241       str << nx;
 242       fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 243       str.str("");
 244       str << ny;
 245       fileToBuild->InsertValEntry(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 246
 247       fileToBuild->InsertValEntry("8",0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 248       fileToBuild->InsertValEntry("8",0x0028,0x0101); // Bits Stored
 249       fileToBuild->InsertValEntry("7",0x0028,0x0102); // High Bit
 250       fileToBuild->InsertValEntry("0",0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 251       fileToBuild->InsertValEntry("1",0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 252
 253       fileToBuild->InsertValEntry("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004);
 254       // Other mandatory fields will be set automatically,
 255       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 256
 257       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 258          std::cout << "-------------About to built FileHelper"  << std::endl;
 259
 260       fh = new gdcm::FileHelper(fileToBuild);
 261
 262       if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 263          std::cout << "-------------Finish to built FileHelper"  << std::endl;
 264
 265       fh->SetImageData(tabPixels,nx*ny);
 266       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 267
 268       str.str("");
 269       str<<"gdcmOverlay-"<<i << ".dcm";
 270       //   Write the current 'overlay' file
 271
 272       if( !fh->Write(str.str()) )
 273       {
 274          std::cout << "Failed\n"
 275                    << "File in unwrittable\n";
 276          delete fh;
 277          if (fileToBuild)
 278             delete fileToBuild;
 279          delete pixels;
 280          delete tabPixels;
 281          return 0;
 282       }
 283       else
 284       {
 285          std::cout << "File written successfully" << std::endl;
 286       }
 287       currentOvlGroup += 2;
 288       i++;
 289    }
 290
 291    delete f1;
 292    if (f1)
 293       delete fh;
 294    if (fileToBuild)
 295       delete fileToBuild;
 296    delete pixels;
 297    delete tabPixels;
 298    return 0;
 299 }
 300