Example/exOverlaysDCM.cxx

   1 #include "gdcmFile.h"
   2 #include "gdcmFileHelper.h"
   3 #include "gdcmCommon.h"
   4 #include "gdcmDebug.h"
   5 #include "gdcmDataEntry.h"
   6
   7 #include "gdcmArgMgr.h"
   8 #include <iostream>
   9
  10 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  11 {
  12    unsigned char mask = 1;
  13    for (int i=0;i<8;i++)
  14    {
  15       if ((byte & mask)==0)
  16          result[i]=0;
  17       else
  18          result[i]=1;
  19       mask<<=1;
  20    }
  21    return;
  22 }
  23
  24
  25 int main(int argc, char *argv[])
  26 {
  27    START_USAGE(usage)
  28    " \n exReadOverlays :\n                                                    ",
  29    " Extract an overlay image from a secondary capture image                  ",
  30    "          Warning : probably segfaults if no overlay                      ",
  31    " usage: WriteOverlayImage filein=inputFileName fileout=outputFileName[debug]",
  32    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
  33    FINISH_USAGE
  34
  35    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  36    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  37
  38    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  39    {
  40       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  41       delete am;
  42       return 0;
  43    }
  44    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  45    if ( fileName == NULL )
  46    {
  47       delete am;
  48       return 0;
  49    }
  50
  51    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  52    if ( outputFileName == NULL )
  53    {
  54       delete am;
  55       return 0;
  56    }
  57    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  58       gdcm::Debug::DebugOn();
  59
  60    // if unused Param we give up
  61    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  62    {
  63       am->ArgMgrUsage(usage);
  64       delete am;
  65       return 0;
  66    }
  67
  68    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  69
  70    // ============================================================
  71    //   Read the input file.
  72    // ============================================================
  73
  74    gdcm::File *f;
  75
  76    f = gdcm::File::New(  );
  77    f->SetLoadMode( gdcm::LD_ALL );
  78    f->SetFileName( fileName );
  79    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
  80    int res = f->Load();
  81
  82    if ( !res )
  83    {
  84        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  85                  << "DICOM / ACR File" <<std::endl;
  86        f->Delete();
  87        return 0;
  88    }
  89    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  90
  91    // ============================================================
  92    //   Load the Overlays in memory (the first one)
  93    // ============================================================
  94
  95    gdcm::DataEntry *e = f->GetDataEntry(0x6000, 0x3000);
  96    if (e == 0)
  97    {
  98       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
  99       f->Delete();
 100       return 0;
 101    }
 102    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 103
 104    uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 105    if ( overlay == 0 )
 106    {
 107        std::cerr << "Sorry, Overlays of" << fileName <<"  are not "
 108                  << " gdcm-readable."    << std::endl;
 109        f->Delete();
 110        return 0;
 111    }
 112
 113    // ============================================================
 114    //  Image data generation.
 115    // ============================================================
 116
 117    unsigned int dimX= f->GetXSize();
 118    unsigned int dimY= f->GetYSize();
 119
 120    unsigned int dimXY=dimX*dimY;
 121    std::cout <<"DimX : "<<dimX<<"DimY : "<<dimY<<"DimXY : "<<dimXY << std::endl;
 122    unsigned char *outputData = new unsigned char[dimXY];
 123
 124    unsigned char *result=outputData;
 125    for (unsigned int i=0;i<(dimXY/8);i++)
 126    {
 127       explodeByte(overlay[i], result);
 128       result+=8;
 129    }
 130
 131
 132    // ============================================================
 133    //   Write a new file
 134    // ============================================================
 135
 136    char temp[256];
 137
 138    sprintf(temp,"%d ",dimX);
 139    f->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0011); // Columns
 140    sprintf(temp,"%d ",dimY);
 141    f->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0010); // Rows
 142
 143    f->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 144    f->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101); // Bits Stored
 145    f->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102); // High Bit
 146    f->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 147    f->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 148    f->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004);
 149
 150    // We need a gdcm::FileHelper, since we want to load the pixels
 151    gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f);
 152
 153    fh->SetImageData(outputData,dimXY);
 154    fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 155    std::cout <<"End WriteOverlayImage" << std::endl;
 156
 157    delete outputData;
 158    f->Delete();
 159    fh->Delete();
 160    return 0;
 161 }
 162