Example/exOverlaysDCM.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exOverlaysDCM.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/09/04 13:04:18 $
   7   Version:   $Revision: 1.11 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmCommon.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmDataEntry.h"
  24
  25 #include "gdcmArgMgr.h"
  26 #include <iostream>
  27
  28 // Each BIT of Overlay Data (0x6000,0x3000) corresponds
  29 // to a BYTE of overlay image.
  30 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  31 {
  32    unsigned char mask = 1;
  33    for (int i=0;i<8;i++)
  34    {
  35       if ((byte & mask)==0)
  36          result[i]=0;
  37       else
  38          result[i]=1;
  39       mask<<=1;
  40    }
  41    return;
  42 }
  43
  44
  45 int main(int argc, char *argv[])
  46 {
  47    START_USAGE(usage)
  48    " \n exOverlaysDCM :\n                                                     ",
  49    " Extract an overlay image from a DICOM image                              ",
  50    "          Warning : probably segfaults if no overlay                      ",
  51    " usage: exOverlaysDCM filein=inputFileName fileout=outputFileName [debug] ",
  52    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  53    FINISH_USAGE
  54
  55    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  56    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  57
  58    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  59    {
  60       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  61       delete am;
  62       return 0;
  63    }
  64
  65 /*
  66    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  67    if ( fileName == NULL )
  68    {
  69       delete am;
  70       return 0;
  71    }
  72 */
  73
  74
  75    const char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein");
  76    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  77
  78    if ( (fileName == 0 && dirName == 0) ||
  79         (fileName != 0 && dirName != 0) )
  80    {
  81       std::cerr << std::endl
  82         << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
  83         << std::endl << "Not both" << std::endl;
  84       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  85       delete am;
  86       return 1;
  87    }
  88
  89
  90    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  91    if ( outputFileName == NULL )
  92    {
  93       delete am;
  94       return 0;
  95    }
  96    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  97       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  98
  99    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
 100       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
 101
 102    // if unused Param we give up
 103    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 104    {
 105       am->ArgMgrUsage(usage);
 106       delete am;
 107       return 0;
 108    }
 109
 110    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 111
 112    // ============================================================
 113    //   Read the input file.
 114    // ============================================================
 115
 116    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
 117
 118    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 119    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL );
 120    f->SetFileName( fileName );
 121    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
 122    int res = f->Load();
 123
 124    if ( !res )
 125    {
 126        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 127                  << "DICOM / ACR File" <<std::endl;
 128        f->Delete();
 129        return 0;
 130    }
 131    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 132
 133    // ============================================================
 134    //   Load the Overlays in memory (the first one)
 135    // ============================================================
 136
 137    GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e = f->GetDataEntry(0x6000, 0x3000);
 138    if (e == 0)
 139    {
 140       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 141       f->Delete();
 142       return 0;
 143    }
 144    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 145
 146    uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 147    if ( overlay == 0 )
 148    {
 149        std::cerr << "Sorry, Overlays of" << fileName <<"  are not "
 150                  << " gdcm-readable."    << std::endl;
 151        f->Delete();
 152        return 0;
 153    }
 154
 155    // ============================================================
 156    //  Image data generation.
 157    // ============================================================
 158
 159
 160    unsigned int dimX= f->GetXSize();
 161    unsigned int dimY= f->GetYSize();
 162
 163    unsigned int dimXY=dimX*dimY;
 164    std::cout << "DimX : "<< dimX <<" DimY : " << dimY
 165              << " DimXY : " <<dimXY << std::endl;
 166    unsigned char *outputData = new unsigned char[dimXY];
 167
 168    unsigned char *result=outputData;
 169    for (unsigned int i=0;i<(dimXY/8);i++)
 170    {
 171       explodeByte(overlay[i], result);
 172       result+=8;
 173    }
 174
 175    // ============================================================
 176    //   Write a new file
 177    // ============================================================
 178    GDCM_NAME_SPACE::File *f2;
 179    f2 = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 180
 181    char temp[256];
 182
 183    sprintf(temp,"%d ",dimX);
 184    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 185    sprintf(temp,"%d ",dimY);
 186    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 187
 188    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 189    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 190    f2->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 191    f2->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 192    f2->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 193    f2->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 194
 195
 196    // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 197    // ...
 198    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f2);
 199
 200    fh->SetImageData(outputData,dimXY);
 201    fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 202    std::cout <<"End WriteOverlayImage" << std::endl;
 203
 204    delete outputData;
 205    f->Delete();
 206    f2->Delete();
 207    fh->Delete();
 208
 209    return 0;
 210 }
 211