Example/exOverlaysDCM.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exOverlaysDCM.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/12/09 10:17:52 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmCommon.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmDocEntry.h"
  23 #include "gdcmDataEntry.h"
  24
  25 #include <iostream>
  26 #include <stdio.h> // for fseek... FIXME
  27 #include <stdlib.h> // for atoi
  28
  29  // WARNING :
  30  // unfinished : DO NOT to be used as is !
  31
  32
  33 int main(int argc, char *argv[])
  34 {
  35    gdcm::File *f;
  36
  37    //gdcm::Debug::DebugOn();
  38
  39    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  40    std::cout << "Gets the 'Overlays' from a full gdcm-readable DCM image "
  41              << "uncompressed image" << std::endl;
  42    std::cout << "Writes them in a DicomV3 file named 'gdcmOverlay.dcm'"
  43              << std::endl;
  44    std::cout << "------------------------------------------------" << std::endl;
  45
  46    std::string fileName;
  47    if( argc > 1 )
  48       fileName = argv[1];
  49    else
  50       fileName = "SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr";
  51
  52    std::cout << fileName << std::endl;
  53 // ============================================================
  54 //   Read the input image.
  55 // ============================================================
  56
  57    //std::cout << argv[1] << std::endl;
  58
  59    f = gdcm::File::New( );
  60
  61    f->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL);
  62    f->SetFileName( fileName );
  63    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
  64    bool res = f->Load();
  65
  66    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
  67    {
  68       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  69       f->Print();
  70       std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
  71    }
  72    if (!res) {
  73        std::cout << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  74            << "DICOM / ACR File"
  75            <<std::endl;
  76       f->Delete();
  77       return 0;
  78    }
  79    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  80
  81 // ============================================================
  82 //   Check whether image contains Overlays ACR-NEMA style.
  83 // ============================================================
  84
  85    int bitsAllocated = f->GetBitsAllocated();
  86
  87    gdcm::DataEntry *e = f->GetDataEntry(0x6000, 0x3000);
  88
  89    if (e == 0)
  90    {
  91       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
  92       f->Delete();
  93       return 0;
  94    }
  95
  96    std::cout << " File is read! " << std::endl;
  97
  98 // ============================================================
  99 //   Get usefull info from FileHelper.
 100 // ============================================================
 101
 102
 103    uint32_t overlayPixelLength = e->GetLength();
 104
 105 /*
 106    if ( overlayPixelLength != (size_t)nx*ny*sizeof( uint16_t) )
 107    {
 108        std::cout << "Sorry, Pixels of" << fileName << "  are not "
 109                  << "readable. expected length :" << nx*ny*sizeof( uint16_t)
 110                  << "  " << "read length : " << overlayPixelLength
 111                  << std::endl;
 112        f->Delete();
 113        delete pixels;
 114        return 0;
 115    }
 116    else
 117    {
 118       std::cout << "Pixels read as expected : length = " << lgt << std::endl;
 119    }
 120 */
 121    uint32_t nx = f->GetXSize();
 122    uint32_t ny = f->GetYSize();
 123
 124    uint8_t *overlayPixelArea = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 125
 126    // should check overlayPixelLength == nx*ny/8 !)
 127
 128    uint8_t *overlayPixelImage = new uint8_t[nx*ny];// uint8 is enough to hold 1 bit !
 129
 130    uint16_t m;
 131    for (unsigned int j=0; j<overlayPixelLength; j++)
 132    {
 133       if (overlayPixelArea[j] != 0)
 134       {
 135          std::cout << "j : " << std::dec << j << " Ox(" << std::hex <<(int)overlayPixelArea[j]
 136            << ")" << std::endl;
 137          for (unsigned int k=0; k<8; k++)
 138          {
 139             m = overlayPixelArea[j]<<k;
 140             //printf("m : %04x ", m);
 141             m = m & 0x00ff;
 142             //printf(" : %04x \n", m);
 143             overlayPixelImage[j*8 +k] =  ( m > 127)?255:0;
 144
 145             printf("%04x ", overlayPixelImage[j*8 +k]);
 146          }
 147          std::cout << std::endl;
 148       }
 149    }
 150
 151
 152    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 153          std::cout << "About to built empty file"  << std::endl;
 154
 155    gdcm::File *fileToBuild = gdcm::File::New();
 156
 157    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 158          std::cout << "Finish to built empty file"  << std::endl;
 159
 160    std::ostringstream str;
 161    str.str("");
 162    str << nx;
 163    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 164    str.str("");
 165    str << ny;
 166    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 167
 168    fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 169    fileToBuild->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101); // Bits Stored
 170    fileToBuild->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102); // High Bit
 171    fileToBuild->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 172    fileToBuild->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 173
 174    fileToBuild->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004);
 175       // Other mandatory fields will be set automatically,
 176       // just before Write(), by FileHelper::CheckMandatoryElements()
 177
 178    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 179          std::cout << "-------------About to built FileHelper"  << std::endl;
 180
 181    gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(fileToBuild);
 182
 183    if( gdcm::Debug::GetDebugFlag() )
 184          std::cout << "-------------Finish to built FileHelper"  << std::endl;
 185
 186       fh->SetImageData(overlayPixelImage,nx*ny);
 187       fh->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 188
 189       str.str("");
 190       str<<"gdcmOverlay" << ".dcm";
 191       //   Write the current 'overlay' file
 192
 193       if( !fh->Write(str.str()) )
 194       {
 195          std::cout << "Failed\n"
 196                    << "File in unwrittable\n";
 197          fh->Delete();
 198          if (fileToBuild)
 199             fileToBuild->Delete();
 200          delete overlayPixelImage;
 201
 202          return 0;
 203       }
 204       else
 205       {
 206          std::cout << "File written successfully" << std::endl;
 207       }
 208
 209    if (f)
 210       fh->Delete();
 211    if (fileToBuild)
 212       fileToBuild->Delete();
 213    f->Delete();
 214    delete overlayPixelImage;
 215
 216
 217    return 0;
 218 }
 219