Example/exOverlaysDCM.cxx

   1 #include "gdcmFile.h"
   2 #include "gdcmFileHelper.h"
   3 #include "gdcmCommon.h"
   4 #include "gdcmDebug.h"
   5 #include "gdcmDataEntry.h"
   6
   7 #include "gdcmArgMgr.h"
   8 #include <iostream>
   9
  10 // Each BIT of Overlay Data (0x6000,0x3000) corresponds
  11 // to a BYTE of overlay image.
  12 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  13 {
  14    unsigned char mask = 1;
  15    for (int i=0;i<8;i++)
  16    {
  17       if ((byte & mask)==0)
  18          result[i]=0;
  19       else
  20          result[i]=1;
  21       mask<<=1;
  22    }
  23    return;
  24 }
  25
  26
  27 int main(int argc, char *argv[])
  28 {
  29    START_USAGE(usage)
  30    " \n exOverlaysDCM :\n                                                     ",
  31    " Extract an overlay image from a DICOM image                              ",
  32    "          Warning : probably segfaults if no overlay                      ",
  33    " usage: exOverlaysDCM filein=inputFileName fileout=outputFileName [debug] ",
  34    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  35    FINISH_USAGE
  36
  37    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  38    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  39
  40    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  41    {
  42       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  43       delete am;
  44       return 0;
  45    }
  46
  47 /*
  48    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  49    if ( fileName == NULL )
  50    {
  51       delete am;
  52       return 0;
  53    }
  54 */
  55
  56
  57    const char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein");
  58    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  59
  60    if ( (fileName == 0 && dirName == 0) ||
  61         (fileName != 0 && dirName != 0) )
  62    {
  63       std::cerr << std::endl
  64         << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;"
  65         << std::endl << "Not both" << std::endl;
  66       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  67       delete am;
  68       return 1;
  69    }
  70
  71
  72    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  73    if ( outputFileName == NULL )
  74    {
  75       delete am;
  76       return 0;
  77    }
  78    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  79       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  80
  81    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  82       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  83
  84    // if unused Param we give up
  85    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  86    {
  87       am->ArgMgrUsage(usage);
  88       delete am;
  89       return 0;
  90    }
  91
  92    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  93
  94    // ============================================================
  95    //   Read the input file.
  96    // ============================================================
  97
  98    GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  99
 100    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 101    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL );
 102    f->SetFileName( fileName );
 103    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
 104    int res = f->Load();
 105
 106    if ( !res )
 107    {
 108        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
 109                  << "DICOM / ACR File" <<std::endl;
 110        f->Delete();
 111        return 0;
 112    }
 113    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
 114
 115    // ============================================================
 116    //   Load the Overlays in memory (the first one)
 117    // ============================================================
 118
 119    GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *e = f->GetDataEntry(0x6000, 0x3000);
 120    if (e == 0)
 121    {
 122       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 123       f->Delete();
 124       return 0;
 125    }
 126    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 127
 128    uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 129    if ( overlay == 0 )
 130    {
 131        std::cerr << "Sorry, Overlays of" << fileName <<"  are not "
 132                  << " gdcm-readable."    << std::endl;
 133        f->Delete();
 134        return 0;
 135    }
 136
 137    // ============================================================
 138    //  Image data generation.
 139    // ============================================================
 140
 141
 142    unsigned int dimX= f->GetXSize();
 143    unsigned int dimY= f->GetYSize();
 144
 145    unsigned int dimXY=dimX*dimY;
 146    std::cout << "DimX : "<< dimX <<" DimY : " << dimY
 147              << " DimXY : " <<dimXY << std::endl;
 148    unsigned char *outputData = new unsigned char[dimXY];
 149
 150    unsigned char *result=outputData;
 151    for (unsigned int i=0;i<(dimXY/8);i++)
 152    {
 153       explodeByte(overlay[i], result);
 154       result+=8;
 155    }
 156
 157    // ============================================================
 158    //   Write a new file
 159    // ============================================================
 160    GDCM_NAME_SPACE::File *f2;
 161    f2 = GDCM_NAME_SPACE::File::New(  );
 162
 163    char temp[256];
 164
 165    sprintf(temp,"%d ",dimX);
 166    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 167    sprintf(temp,"%d ",dimY);
 168    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 169
 170    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 171    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 172    f2->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 173    f2->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 174    f2->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 175    f2->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 176
 177
 178    // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 179    // ...
 180    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f2);
 181
 182    fh->SetImageData(outputData,dimXY);
 183    fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 184    std::cout <<"End WriteOverlayImage" << std::endl;
 185
 186    delete outputData;
 187    f->Delete();
 188    f2->Delete();
 189    fh->Delete();
 190
 191    return 0;
 192 }
 193