Example/exOverlaysDCM.cxx

   1 #include "gdcmFile.h"
   2 #include "gdcmFileHelper.h"
   3 #include "gdcmCommon.h"
   4 #include "gdcmDebug.h"
   5 #include "gdcmDataEntry.h"
   6
   7 #include "gdcmArgMgr.h"
   8 #include <iostream>
   9
  10 // Each BIT of Overlay Data (0x6000,0x3000) corresponds
  11 // to a BYTE of overlay image.
  12 void explodeByte(unsigned char byte, unsigned char* result)
  13 {
  14    unsigned char mask = 1;
  15    for (int i=0;i<8;i++)
  16    {
  17       if ((byte & mask)==0)
  18          result[i]=0;
  19       else
  20          result[i]=1;
  21       mask<<=1;
  22    }
  23    return;
  24 }
  25
  26
  27 int main(int argc, char *argv[])
  28 {
  29    START_USAGE(usage)
  30    " \n exOverlaysDCM :\n                                                     ",
  31    " Extract an overlay image from a DICOM image                              ",
  32    "          Warning : probably segfaults if no overlay                      ",
  33    " usage: exOverlaysDCM filein=inputFileName fileout=outputFileName [debug] ",
  34    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
  35    FINISH_USAGE
  36
  37    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  38    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  39
  40    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage"))
  41    {
  42       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  43       delete am;
  44       return 0;
  45    }
  46    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  47    if ( fileName == NULL )
  48    {
  49       delete am;
  50       return 0;
  51    }
  52
  53    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
  54    if ( outputFileName == NULL )
  55    {
  56       delete am;
  57       return 0;
  58    }
  59    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  60       gdcm::Debug::DebugOn();
  61
  62    // if unused Param we give up
  63    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
  64    {
  65       am->ArgMgrUsage(usage);
  66       delete am;
  67       return 0;
  68    }
  69
  70    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
  71
  72    // ============================================================
  73    //   Read the input file.
  74    // ============================================================
  75
  76    gdcm::File *f;
  77
  78    f = gdcm::File::New(  );
  79    f->SetLoadMode( gdcm::LD_ALL );
  80    f->SetFileName( fileName );
  81    f->AddForceLoadElement(0x6000,0x3000);  // Overlay Data
  82    int res = f->Load();
  83
  84    if ( !res )
  85    {
  86        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  87                  << "DICOM / ACR File" <<std::endl;
  88        f->Delete();
  89        return 0;
  90    }
  91    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  92
  93    // ============================================================
  94    //   Load the Overlays in memory (the first one)
  95    // ============================================================
  96
  97    gdcm::DataEntry *e = f->GetDataEntry(0x6000, 0x3000);
  98    if (e == 0)
  99    {
 100       std::cout << " Image doesn't contain any Overlay " << std::endl;
 101       f->Delete();
 102       return 0;
 103    }
 104    std::cout << " File is read! " << std::endl;
 105
 106    uint8_t *overlay = (uint8_t *)(e->GetBinArea());
 107    if ( overlay == 0 )
 108    {
 109        std::cerr << "Sorry, Overlays of" << fileName <<"  are not "
 110                  << " gdcm-readable."    << std::endl;
 111        f->Delete();
 112        return 0;
 113    }
 114
 115    // ============================================================
 116    //  Image data generation.
 117    // ============================================================
 118
 119
 120    unsigned int dimX= f->GetXSize();
 121    unsigned int dimY= f->GetYSize();
 122
 123    unsigned int dimXY=dimX*dimY;
 124    std::cout << "DimX : "<< dimX <<" DimY : " << dimY
 125              << " DimXY : " <<dimXY << std::endl;
 126    unsigned char *outputData = new unsigned char[dimXY];
 127
 128    unsigned char *result=outputData;
 129    for (unsigned int i=0;i<(dimXY/8);i++)
 130    {
 131       explodeByte(overlay[i], result);
 132       result+=8;
 133    }
 134
 135    // ============================================================
 136    //   Write a new file
 137    // ============================================================
 138    gdcm::File *f2;
 139    f2 = gdcm::File::New(  );
 140
 141    char temp[256];
 142
 143    sprintf(temp,"%d ",dimX);
 144    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0011, "US"); // Columns
 145    sprintf(temp,"%d ",dimY);
 146    f2->InsertEntryString(temp,0x0028,0x0010, "US"); // Rows
 147
 148    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0100, "US"); // Bits Allocated
 149    f2->InsertEntryString("8",0x0028,0x0101, "US"); // Bits Stored
 150    f2->InsertEntryString("7",0x0028,0x0102, "US"); // High Bit
 151    f2->InsertEntryString("0",0x0028,0x0103, "US"); // Pixel Representation
 152    f2->InsertEntryString("1",0x0028,0x0002, "US"); // Samples per Pixel
 153    f2->InsertEntryString("MONOCHROME2 ",0x0028,0x0004, "LO");
 154
 155
 156    // feel free to add any field (Dicom Data Entry) you like, here.
 157    // ...
 158    gdcm::FileHelper *fh = gdcm::FileHelper::New(f2);
 159
 160    fh->SetImageData(outputData,dimXY);
 161    fh->WriteDcmExplVR(outputFileName);
 162    std::cout <<"End WriteOverlayImage" << std::endl;
 163
 164    delete outputData;
 165    f->Delete();
 166    f2->Delete();
 167    fh->Delete();
 168
 169    return 0;
 170 }
 171