Example/exReadPapyrus.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exReadPapyrus.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/10/18 08:35:44 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmDataEntry.h"
  22 #include "gdcmSeqEntry.h"
  23 #include "gdcmSQItem.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25 #include "gdcmUtil.h"
  26
  27 #include "gdcmArgMgr.h"
  28 #include <iostream>
  29
  30 //#include <fstream>
  31
  32 #ifndef _WIN32
  33 #include <unistd.h> //for access, unlink
  34 #else
  35 #include <io.h> //for _access
  36 #endif
  37
  38 // return true if the file exists
  39 bool FileExists(const char *filename)
  40 {
  41 #ifdef _MSC_VER
  42 # define access _access
  43 #endif
  44 #ifndef R_OK
  45 # define R_OK 04
  46 #endif
  47   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  48     {
  49     return false;
  50     }
  51   else
  52     {
  53     return true;
  54     }
  55 }
  56
  57 bool RemoveFile(const char *source)
  58 {
  59 #ifdef _MSC_VER
  60 #define _unlink unlink
  61 #endif
  62   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  63 }
  64
  65 // ----------------------------------------------------------------------
  66 // Here we load a supposed to be Papyrus File (gdcm::File compliant)
  67 // and then try to get the pixels, using low-level SeqEntry accessors.
  68 // Since it's not a general purpose Papyrus related program
  69 // (just a light example) we suppose *everything* is clean
  70 // and we don't perform any integrity check
  71 // ----------------------------------------------------------------------
  72
  73 int main(int argc, char *argv[])
  74 {
  75
  76    START_USAGE(usage)
  77    " \n exReadPapyrus :\n",
  78    " Reads a Papyrus V3 File, Writes a Multiframe Dicoim V3 File ",
  79    "     (just to show gdcm can do it ...)               ",
  80    "",
  81    " usage: exReadPapyrus filein=inputPapyrusFileName fileout=outputDicomFileName",
  82    "                      [debug]  ",
  83    "        debug    : user wants to run the program in 'debug mode'        ",
  84    FINISH_USAGE
  85
  86
  87    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  88
  89    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  90
  91    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  92    {
  93       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  94       delete am;
  95       return 0;
  96    }
  97    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
  98    if ( fileName == NULL )
  99    {
 100       delete am;
 101       return 0;
 102    }
 103
 104    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
 105    if ( outputFileName == NULL )
 106    {
 107       delete am;
 108       return 0;
 109    }
 110
 111    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 112       gdcm::Debug::DebugOn();
 113
 114    // if unused Params we give up
 115    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 116    {
 117       am->ArgMgrUsage(usage);
 118       delete am;
 119       return 0;
 120    }
 121
 122    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 123
 124    // ----------- End Arguments Manager ---------
 125
 126    if( FileExists( outputFileName ) )
 127    {
 128       if( !RemoveFile( outputFileName ) )
 129       {
 130          std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
 131          return 1;
 132       }
 133    }
 134
 135    int loadMode = 0x0; // load everything
 136    gdcm::File *f = new gdcm::File();
 137    f->SetLoadMode( loadMode );
 138    f->SetFileName( fileName );
 139    bool res = f->Load();
 140
 141    if ( !res )
 142    {
 143       delete f;
 144       return 0;
 145    }
 146
 147    // Look for private Papyrus Sequence
 148    gdcm::SeqEntry *seqPapyrus= f->GetSeqEntry(0x0041, 0x1050);
 149    if (!seqPapyrus)
 150    {
 151       std::cout << "NOT a Papyrus File : " << fileName <<std::endl;
 152       delete f;
 153       return 1;
 154    }
 155
 156 //   gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( fileName );
 157 //   gdcm::File *h = original->GetFile();
 158
 159    //gdcm::FileHelper *f1 = new gdcm::FileHelper(f);
 160    gdcm::SQItem *sqi = seqPapyrus->GetFirstSQItem();
 161    if (sqi == 0)
 162    {
 163       std::cout << "NO SQItem found within private Papyrus Sequence"
 164           << std::endl;
 165       delete f;
 166       return 1;
 167    }
 168
 169    std::string TransferSyntax;
 170    std::string StudyDate;
 171    std::string StudyTime;
 172    std::string Modality;
 173    std::string PatientName;
 174    std::string MediaStSOPinstUID;
 175
 176 // Get informations on the file :
 177 //  Modality, Transfer Syntax, Study Date, Study Time
 178 // Patient Name, Media Storage SOP Instance UID, etc
 179
 180    MediaStSOPinstUID   =  f->GetEntryString(0x0002,0x0002);
 181    TransferSyntax      =  f->GetEntryString(0x0002,0x0010);
 182    StudyDate           = sqi->GetEntryString(0x0008,0x0020);
 183    StudyTime           = sqi->GetEntryString(0x0008,0x0030);
 184    Modality            = sqi->GetEntryString(0x0008,0x0060);
 185    PatientName         = sqi->GetEntryString(0x0010,0x0010);
 186
 187    std::cout << "TransferSyntax " << TransferSyntax << std::endl;
 188
 189    std::string Rows;
 190    std::string Columns;
 191    std::string SamplesPerPixel;
 192    std::string BitsAllocated;
 193    std::string BitsStored;
 194    std::string HighBit;
 195    std::string PixelRepresentation;
 196
 197
 198    // we brutally suppose all the images within a Papyrus file
 199    // have the same caracteristics.
 200    // if you're aware they have not, just move the GetEntryString
 201    // inside the loop
 202
 203    // Get caracteristics of the first image
 204    SamplesPerPixel     = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0002);
 205    Rows                = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0010);
 206    Columns             = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0011);
 207    BitsAllocated       = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0100);
 208    BitsStored          = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0101);
 209    HighBit             = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0102);
 210    PixelRepresentation = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0103);
 211
 212    // just convert those needed to compute PixelArea length
 213    int iRows            = (uint32_t) atoi( Rows.c_str() );
 214    int iColumns         = (uint32_t) atoi( Columns.c_str() );
 215    int iSamplesPerPixel = (uint32_t) atoi( SamplesPerPixel.c_str() );
 216    int iBitsAllocated   = (uint32_t) atoi( BitsAllocated.c_str() );
 217
 218    int lgrImage = iRows*iColumns * iSamplesPerPixel * (iBitsAllocated/8);
 219
 220    // compute number of images
 221    int nbImages = seqPapyrus->GetNumberOfSQItems();
 222    std::cout <<"Number of frames :" << nbImages << std::endl;
 223
 224    //  allocate enough room to get the pixels of all images.
 225    uint8_t *PixelArea = new uint8_t[lgrImage*nbImages];
 226    uint8_t *currentPosition = PixelArea;
 227    gdcm::DataEntry *pixels;
 228
 229    // declare and open the file
 230    std::ifstream *Fp;
 231    Fp = new std::ifstream(fileName, std::ios::in | std::ios::binary);
 232    if( ! *Fp )
 233    {
 234       std::cout <<  "Cannot open file: " << fileName << std::endl;
 235       //gdcmDebugMacro( "Cannot open file: " << fileName.c_str() );
 236       delete Fp;
 237       Fp = 0;
 238       return 0;
 239    }
 240    // to be sure to be at the beginning
 241    Fp->seekg(0, std::ios::end);
 242
 243    uint32_t offset;
 244    std::string previousRows = Rows;
 245    sqi = seqPapyrus->GetFirstSQItem();
 246    while (sqi)
 247    {
 248       std::cout << "One more image read. Keep waiting" << std::endl;
 249       Rows = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0010);
 250       // minimum integrity check
 251       if (Rows != previousRows)
 252       {
 253          std::cout << "Consistency check failed " << std::endl;
 254          return 1;
 255       }
 256       // get the images pixels
 257       pixels = sqi->GetDataEntry(0x7fe0,0x0010);
 258       offset = pixels->GetOffset();
 259       // perform a fseek, on offset length on the 'right' length
 260       Fp->seekg(offset, std::ios::beg);
 261       // perform a fread into the right place
 262       Fp->read((char *)currentPosition, (size_t)lgrImage);
 263       currentPosition +=lgrImage;
 264
 265       std::string previousRowNb = Rows;
 266
 267       sqi =  seqPapyrus->GetNextSQItem();
 268    }
 269
 270    // build up a new File, with file info + images info + global pixel area.
 271
 272    std::string NumberOfFrames = gdcm::Util::Format("%d", nbImages);
 273
 274    gdcm::File *n = new gdcm::File();
 275
 276    n->InsertEntryString(MediaStSOPinstUID,  0x0002,0x0002);
 277   // Whe keep default gdcm Transfer Syntax (Explicit VR Little Endian)
 278   // since using Papyrus one (Implicit VR Little Endian) is a mess
 279    //n->InsertEntryString(TransferSyntax,     0x0002,0x0010);
 280    n->InsertEntryString(StudyDate,          0x0008,0x0020);
 281    n->InsertEntryString(StudyTime,          0x0008,0x0030);
 282    n->InsertEntryString(Modality,           0x0008,0x0060);
 283    n->InsertEntryString(PatientName,        0x0010,0x0010);
 284
 285    n->InsertEntryString(SamplesPerPixel,    0x0028,0x0002);
 286    n->InsertEntryString(NumberOfFrames,     0x0028,0x0008);
 287    n->InsertEntryString(Rows,               0x0028,0x0010);
 288    n->InsertEntryString(Columns,            0x0028,0x0011);
 289    n->InsertEntryString(BitsAllocated,      0x0028,0x0100);
 290    n->InsertEntryString(BitsStored,         0x0028,0x0101);
 291    n->InsertEntryString(HighBit,            0x0028,0x0102);
 292    n->InsertEntryString(PixelRepresentation,0x0028,0x0103);
 293
 294    // create the file
 295    gdcm::FileHelper *file = new gdcm::FileHelper(n);
 296
 297    file->SetImageData(PixelArea,lgrImage*nbImages);
 298    file->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 299
 300    //file->SetPrintLevel(2);
 301    n->Print();
 302
 303    // Write the file
 304    file->Write(outputFileName);
 305    if (!file)
 306    {
 307       std::cout <<"Fail to open (write) file:[" << outputFileName << "]" << std::endl;;
 308       return 1;
 309    }
 310    return 0;
 311 }