Example/exReadPapyrus.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exReadPapyrus.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/03 15:44:50 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmValEntry.h"
  22 #include "gdcmBinEntry.h"
  23 #include "gdcmSeqEntry.h"
  24 #include "gdcmSQItem.h"
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmUtil.h"
  27
  28 //#include <fstream>
  29
  30 #ifndef _WIN32
  31 #include <unistd.h> //for access, unlink
  32 #else
  33 #include <io.h> //for _access
  34 #endif
  35
  36 // return true if the file exists
  37 bool FileExists(const char *filename)
  38 {
  39 #ifdef _MSC_VER
  40 # define access _access
  41 #endif
  42 #ifndef R_OK
  43 # define R_OK 04
  44 #endif
  45   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  46     {
  47     return false;
  48     }
  49   else
  50     {
  51     return true;
  52     }
  53 }
  54
  55 bool RemoveFile(const char *source)
  56 {
  57 #ifdef _MSC_VER
  58 #define _unlink unlink
  59 #endif
  60   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  61 }
  62
  63 // ----------------------------------------------------------------------
  64 // Here we load a supposed to be Papyrus File (gdcm::File compliant)
  65 // and then try to get the pixels, using low-level SeqEntry accessors.
  66 // Since it's not a general purpose Papyrus related program
  67 // (just a light example) we suppose *everything* is clean
  68 // and we don't perform any integrity check
  69 // ----------------------------------------------------------------------
  70
  71 int main(int argc, char *argv[])
  72 {
  73    if (argc < 3)
  74    {
  75       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  76       argv[0] << " input_papyrus output_dicom verbose" << std::endl;
  77       return 1;
  78    }
  79
  80    std::string filename = argv[1];
  81    std::string output = argv[2];
  82
  83    if (argc > 3)
  84       gdcm::Debug::DebugOn();
  85
  86    if( FileExists( output.c_str() ) )
  87    {
  88       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  89       {
  90          std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  91          return 1;
  92       }
  93    }
  94    gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( filename );
  95    gdcm::File *h = original->GetFile();
  96
  97    // Look for private Papyrus Sequence
  98    gdcm::SeqEntry *seqPapyrus= h->GetSeqEntry(0x0041, 0x1050);
  99    if (!seqPapyrus)
 100    {
 101       std::cout << "NOT a Papyrus File" << std::endl;
 102       delete h;
 103       return 1;
 104    }
 105
 106    gdcm::SQItem *sqi = seqPapyrus->GetFirstSQItem();
 107    if (sqi == 0)
 108    {
 109       std::cout << "NO SQItem found within private Papyrus Sequence"
 110           << std::endl;
 111       delete h;
 112       return 1;
 113    }
 114
 115    std::string TransferSyntax;
 116    std::string StudyDate;
 117    std::string StudyTime;
 118    std::string Modality;
 119    std::string PatientName;
 120    std::string MediaStSOPinstUID;
 121
 122 // Get informations on the file :
 123 //  Modality, Transfer Syntax, Study Date, Study Time
 124 // Patient Name, Media Storage SOP Instance UID, etc
 125
 126    MediaStSOPinstUID   =   h->GetEntryValue(0x0002,0x0002);
 127    TransferSyntax      =   h->GetEntryValue(0x0002,0x0010);
 128    StudyDate           = sqi->GetEntryValue(0x0008,0x0020);
 129    StudyTime           = sqi->GetEntryValue(0x0008,0x0030);
 130    Modality            = sqi->GetEntryValue(0x0008,0x0060);
 131    PatientName         = sqi->GetEntryValue(0x0010,0x0010);
 132
 133    std::cout << "TransferSyntax " << TransferSyntax << std::endl;
 134
 135    std::string Rows;
 136    std::string Columns;
 137    std::string SamplesPerPixel;
 138    std::string BitsAllocated;
 139    std::string BitsStored;
 140    std::string HighBit;
 141    std::string PixelRepresentation;
 142
 143
 144    // we brutally suppose all the images within a Papyrus file
 145    // have the same caracteristics.
 146    // if you're aware they have not, just move the GetEntryValue
 147    // inside the loop
 148
 149    // Get caracteristics of the first image
 150    SamplesPerPixel     = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0002);
 151    Rows                = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0010);
 152    Columns             = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0011);
 153    BitsAllocated       = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0100);
 154    BitsStored          = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0101);
 155    HighBit             = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0102);
 156    PixelRepresentation = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0102);
 157
 158    // just convert those needed to compute PixelArea length
 159    int iRows            = (uint32_t) atoi( Rows.c_str() );
 160    int iColumns         = (uint32_t) atoi( Columns.c_str() );
 161    int iSamplesPerPixel = (uint32_t) atoi( SamplesPerPixel.c_str() );
 162    int iBitsAllocated   = (uint32_t) atoi( BitsAllocated.c_str() );
 163
 164    int lgrImage = iRows*iColumns * iSamplesPerPixel * (iBitsAllocated/8);
 165
 166    // compute number of images
 167    int nbImages = seqPapyrus->GetNumberOfSQItems();
 168    std::cout <<"Number of frames :" << nbImages << std::endl;
 169
 170    //  allocate enough room to get the pixels of all images.
 171    uint8_t *PixelArea = new uint8_t[lgrImage*nbImages];
 172    uint8_t *currentPosition = PixelArea;
 173   gdcm::BinEntry *pixels;
 174
 175    // declare and open the file
 176    std::ifstream *Fp;
 177    Fp = new std::ifstream(filename.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
 178    if( ! *Fp )
 179    {
 180       std::cout <<  "Cannot open file: " << filename << std::endl;
 181       //gdcmDebugMacro( "Cannot open file: " << filename.c_str() );
 182       delete Fp;
 183       Fp = 0;
 184       return 0;
 185    }
 186    // to be sure to be at the beginning
 187    Fp->seekg(0, std::ios::end);
 188
 189    uint32_t offset;
 190    std::string previousRows = Rows;
 191    sqi = seqPapyrus->GetFirstSQItem();
 192    while (sqi)
 193    {
 194       std::cout << "One more image read. Keep waiting" << std::endl;
 195       Rows = sqi->GetEntryValue(0x0028,0x0010);
 196       // minimum integrity check
 197       if (Rows != previousRows)
 198       {
 199          std::cout << "Consistency check failed " << std::endl;
 200          return 1;
 201       }
 202       // get the images pixels
 203       pixels = sqi->GetBinEntry(0x7fe0,0x0010);
 204       offset = pixels->GetOffset();
 205       // perform a fseek, on offset length on the 'right' length
 206       Fp->seekg(offset, std::ios::beg);
 207       // perform a fread into the right place
 208       Fp->read((char *)currentPosition, (size_t)lgrImage);
 209       currentPosition +=lgrImage;
 210
 211       std::string previousRowNb = Rows;
 212
 213       sqi =  seqPapyrus->GetNextSQItem();
 214    }
 215
 216    // build up a new File, with file info + images info + global pixel area.
 217
 218    std::string NumberOfFrames = gdcm::Util::Format("%d", nbImages);
 219
 220    gdcm::File *n = new gdcm::File();
 221
 222    n->InsertValEntry(MediaStSOPinstUID,  0x0002,0x0002);
 223   // Whe keep default gdcm Transfer Syntax (Explicit VR Little Endian)
 224   // since using Papyrus one (Implicit VR Little Endian) is a mess
 225    //n->InsertValEntry(TransferSyntax,     0x0002,0x0010);
 226    n->InsertValEntry(StudyDate,          0x0008,0x0020);
 227    n->InsertValEntry(StudyTime,          0x0008,0x0030);
 228    n->InsertValEntry(Modality,           0x0008,0x0060);
 229    n->InsertValEntry(PatientName,        0x0010,0x0010);
 230
 231    n->InsertValEntry(SamplesPerPixel,    0x0028,0x0002);
 232    n->InsertValEntry(NumberOfFrames,     0x0028,0x0008);
 233    n->InsertValEntry(Rows,               0x0028,0x0010);
 234    n->InsertValEntry(Columns,            0x0028,0x0011);
 235    n->InsertValEntry(BitsAllocated,      0x0028,0x0100);
 236    n->InsertValEntry(BitsStored,         0x0028,0x0101);
 237    n->InsertValEntry(HighBit,            0x0028,0x0102);
 238    n->InsertValEntry(PixelRepresentation,0x0028,0x0102);
 239
 240    // create the file
 241    gdcm::FileHelper *file = new gdcm::FileHelper(n);
 242
 243    file->SetImageData(PixelArea,lgrImage*nbImages);
 244    file->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 245
 246    //file->SetPrintLevel(2);
 247    file->Print();
 248
 249    // Write the file
 250    file->Write(argv[2]);
 251    if (!file)
 252    {
 253       std::cout <<"Fail to open (write) file:[" << argv[2]<< "]" << std::endl;;
 254       return 1;
 255    }
 256    return 0;
 257 }