Example/exReadPapyrus.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exReadPapyrus.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:05 $
   7   Version:   $Revision: 1.8 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmDataEntry.h"
  22 #include "gdcmSeqEntry.h"
  23 #include "gdcmSQItem.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25 #include "gdcmUtil.h"
  26
  27 #include "gdcmArgMgr.h"
  28 #include <iostream>
  29
  30 //#include <fstream>
  31
  32 #ifndef _WIN32
  33 #include <unistd.h> //for access, unlink
  34 #else
  35 #include <io.h> //for _access
  36 #endif
  37
  38 // return true if the file exists
  39 bool FileExists(const char *filename)
  40 {
  41 #ifdef _MSC_VER
  42 # define access _access
  43 #endif
  44 #ifndef R_OK
  45 # define R_OK 04
  46 #endif
  47   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  48     {
  49     return false;
  50     }
  51   else
  52     {
  53     return true;
  54     }
  55 }
  56
  57 bool RemoveFile(const char *source)
  58 {
  59 #ifdef _MSC_VER
  60 #define _unlink unlink
  61 #endif
  62   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  63 }
  64
  65 // ----------------------------------------------------------------------
  66 // Here we load a supposed to be Papyrus File (GDCM_NAME_SPACE::File compliant)
  67 // and then try to get the pixels, using low-level SeqEntry accessors.
  68 // Since it's not a general purpose Papyrus related program
  69 // (just a light example) we suppose *everything* is clean
  70 // and we don't perform any integrity check
  71 // ----------------------------------------------------------------------
  72
  73 int main(int argc, char *argv[])
  74 {
  75
  76    START_USAGE(usage)
  77    " \n exReadPapyrus :\n                                       ",
  78    " Reads a Papyrus V3 File, Writes a Multiframe Dicom V3 File ",
  79    "     (just to show gdcm can do it ...)                      ",
  80    "     ==> Well ... It does, but not too much! ",
  81    "     ==> This code assumes that Pixel Data is uncompressed; no check is performed :-(",
  82    "",
  83    " usage: exReadPapyrus filein=inputPapyrusFileName fileout=outputDicomFileName",
  84    "                      [debug]  ",
  85    "        debug    : developper wants to run the program in 'debug mode'        ",
  86    FINISH_USAGE
  87
  88
  89    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  90
  91    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  92
  93    if (am->ArgMgrDefined("usage"))
  94    {
  95       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  96       delete am;
  97       return 0;
  98    }
  99    char *fileName = am->ArgMgrWantString("filein",usage);
 100    if ( fileName == NULL )
 101    {
 102       delete am;
 103       return 0;
 104    }
 105
 106    char *outputFileName = am->ArgMgrWantString("fileout",usage);
 107    if ( outputFileName == NULL )
 108    {
 109       delete am;
 110       return 0;
 111    }
 112
 113    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 114       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 115
 116    // if unused Params we give up
 117    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 118    {
 119       am->ArgMgrUsage(usage);
 120       delete am;
 121       return 0;
 122    }
 123
 124    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 125
 126    // ----------- End Arguments Manager ---------
 127
 128    if( FileExists( outputFileName ) )
 129    {
 130       if( !RemoveFile( outputFileName ) )
 131       {
 132          std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
 133          return 1;
 134       }
 135    }
 136
 137    int loadMode = 0x0; // load everything
 138    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 139    f->SetLoadMode( loadMode );
 140    f->SetFileName( fileName );
 141    bool res = f->Load();
 142
 143    if ( !res )
 144    {
 145       f->Delete();
 146       return 0;
 147    }
 148
 149    // Look for private Papyrus Sequence
 150    GDCM_NAME_SPACE::SeqEntry *seqPapyrus= f->GetSeqEntry(0x0041, 0x1050);
 151    if (!seqPapyrus)
 152    {
 153       std::cout << "NOT a Papyrus File : " << fileName <<std::endl;
 154       f->Delete();
 155       return 1;
 156    }
 157
 158 //   GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *original = new GDCM_NAME_SPACE::FileHelper( fileName );
 159 //   GDCM_NAME_SPACE::File *h = original->GetFile();
 160
 161    //GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *f1 = new GDCM_NAME_SPACE::FileHelper(f);
 162    GDCM_NAME_SPACE::SQItem *sqi = seqPapyrus->GetFirstSQItem();
 163    if (sqi == 0)
 164    {
 165       std::cout << "NO SQItem found within private Papyrus Sequence"
 166           << std::endl;
 167       f->Delete();
 168       return 1;
 169    }
 170
 171    std::string TransferSyntax;
 172    std::string StudyDate;
 173    std::string StudyTime;
 174    std::string Modality;
 175    std::string PatientName;
 176    std::string MediaStSOPinstUID;
 177
 178 // Get informations on the file :
 179 //  Modality, Transfer Syntax, Study Date, Study Time
 180 // Patient Name, Media Storage SOP Instance UID, etc
 181
 182    MediaStSOPinstUID   =  f->GetEntryString(0x0002,0x0002);
 183    TransferSyntax      =  f->GetEntryString(0x0002,0x0010);
 184    StudyDate           = sqi->GetEntryString(0x0008,0x0020);
 185    StudyTime           = sqi->GetEntryString(0x0008,0x0030);
 186    Modality            = sqi->GetEntryString(0x0008,0x0060);
 187    PatientName         = sqi->GetEntryString(0x0010,0x0010);
 188
 189    std::cout << "TransferSyntax " << TransferSyntax << std::endl;
 190
 191    std::string Rows;
 192    std::string Columns;
 193    std::string SamplesPerPixel;
 194    std::string BitsAllocated;
 195    std::string BitsStored;
 196    std::string HighBit;
 197    std::string PixelRepresentation;
 198
 199
 200    // we brutally suppose all the images within a Papyrus file
 201    // have the same caracteristics.
 202    // if you're aware they have not, just move the GetEntryString
 203    // inside the loop
 204
 205    // Get caracteristics of the first image
 206    SamplesPerPixel     = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0002);
 207    Rows                = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0010);
 208    Columns             = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0011);
 209    BitsAllocated       = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0100);
 210    BitsStored          = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0101);
 211    HighBit             = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0102);
 212    PixelRepresentation = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0103);
 213
 214    // just convert those needed to compute PixelArea length
 215    int iRows            = (uint32_t) atoi( Rows.c_str() );
 216    int iColumns         = (uint32_t) atoi( Columns.c_str() );
 217    int iSamplesPerPixel = (uint32_t) atoi( SamplesPerPixel.c_str() );
 218    int iBitsAllocated   = (uint32_t) atoi( BitsAllocated.c_str() );
 219
 220    int lgrImage = iRows*iColumns * iSamplesPerPixel * (iBitsAllocated/8);
 221
 222    // compute number of images
 223    int nbImages = seqPapyrus->GetNumberOfSQItems();
 224    std::cout <<"Number of frames :" << nbImages << std::endl;
 225
 226    //  allocate enough room to get the pixels of all images.
 227    uint8_t *PixelArea = new uint8_t[lgrImage*nbImages];
 228    uint8_t *currentPosition = PixelArea;
 229    GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *pixels;
 230
 231    // declare and open the file
 232    std::ifstream *Fp;
 233    Fp = new std::ifstream(fileName, std::ios::in | std::ios::binary);
 234    if( ! *Fp )
 235    {
 236       std::cout <<  "Cannot open file: " << fileName << std::endl;
 237       delete Fp;
 238       Fp = 0;
 239       return 0;
 240    }
 241    // to be sure to be at the beginning
 242    Fp->seekg(0, std::ios::end);
 243
 244    uint32_t offset;
 245    std::string previousRows = Rows;
 246    sqi = seqPapyrus->GetFirstSQItem();
 247    while (sqi)
 248    {
 249       std::cout << "One more image read. Keep waiting" << std::endl;
 250       Rows = sqi->GetEntryString(0x0028,0x0010);
 251       // minimum integrity check
 252       if (Rows != previousRows)
 253       {
 254          std::cout << "Consistency check failed " << std::endl;
 255          return 1;
 256       }
 257
 258       // get the images pixels
 259
 260       // Oops! The following code assumes Pixel Data is uncompressed :-(
 261
 262       pixels = sqi->GetDataEntry(0x7fe0,0x0010);
 263       offset = pixels->GetOffset();
 264       // perform a fseek, on offset length on the 'right' length
 265       Fp->seekg(offset, std::ios::beg);
 266       // perform a fread into the right place
 267       Fp->read((char *)currentPosition, (size_t)lgrImage);
 268       currentPosition +=lgrImage;
 269
 270       std::string previousRowNb = Rows;
 271
 272       sqi =  seqPapyrus->GetNextSQItem();
 273    }
 274
 275    // build up a new File, with file info + images info + global pixel area.
 276
 277    std::string NumberOfFrames = GDCM_NAME_SPACE::Util::Format("%d", nbImages);
 278
 279    GDCM_NAME_SPACE::File *n = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 280
 281    n->InsertEntryString(MediaStSOPinstUID,  0x0002,0x0002);
 282   // Whe keep default gdcm Transfer Syntax (Explicit VR Little Endian)
 283   // since using Papyrus one (Implicit VR Little Endian) is a mess
 284    //n->InsertEntryString(TransferSyntax,     0x0002,0x0010);
 285    n->InsertEntryString(StudyDate,          0x0008,0x0020);
 286    n->InsertEntryString(StudyTime,          0x0008,0x0030);
 287    n->InsertEntryString(Modality,           0x0008,0x0060);
 288    n->InsertEntryString(PatientName,        0x0010,0x0010);
 289
 290    n->InsertEntryString(SamplesPerPixel,    0x0028,0x0002);
 291    n->InsertEntryString(NumberOfFrames,     0x0028,0x0008);
 292    n->InsertEntryString(Rows,               0x0028,0x0010);
 293    n->InsertEntryString(Columns,            0x0028,0x0011);
 294    n->InsertEntryString(BitsAllocated,      0x0028,0x0100);
 295    n->InsertEntryString(BitsStored,         0x0028,0x0101);
 296    n->InsertEntryString(HighBit,            0x0028,0x0102);
 297    n->InsertEntryString(PixelRepresentation,0x0028,0x0103);
 298
 299    // create the file
 300    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *file = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(n);
 301
 302    file->SetImageData(PixelArea,lgrImage*nbImages);
 303    file->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 304
 305    //file->SetPrintLevel(2);
 306    n->Print();
 307
 308    // Write the file
 309    file->Write(outputFileName);
 310    if (!file)
 311    {
 312       std::cout <<"Fail to open (write) file:[" << outputFileName << "]" << std::endl;;
 313       n->Delete();
 314       file->Delete();
 315       return 1;
 316    }
 317    n->Delete();
 318    file->Delete();
 319    return 0;
 320 }