Example/exReadWriteFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exReadWriteFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/10 20:41:19 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmDocument.h"
  22 #include "gdcmValEntry.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25
  26
  27 int main(int argc, char *argv[])
  28 {
  29
  30
  31 std::cout << " --- WARNING --- WARNING --- WARNING --- WARNING ---" <<std::endl;
  32 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  33 std::cout << " This source program is NOT intendend to be run as is"<<std::endl;
  34 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  35 std::cout << " It just shows a set of possible uses."               <<std::endl;
  36 std::cout << "User MUST read it, "                                  <<std::endl;
  37 std::cout << "          comment out the useless parts "             <<std::endl;
  38 std::cout << "          invoke it with an ad hoc image(*) "         <<std::endl;
  39 std::cout << "           check the resulting image   "              <<std::endl;
  40 std::cout << "  "                                                   <<std::endl;
  41 std::cout << " (*) For samples, user can refer to gdcmData"         <<std::endl;
  42 std::cout << "         and read README.txt file "                   <<std::endl;
  43 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  44 std::cout << "This source program will be splitted into smaller elementary"
  45           <<  " programs"                                           <<std::endl;
  46 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  47 std::cout << " --- WARNING --- WARNING --- WARNING --- WARNING ---" <<std::endl;
  48
  49    if (argc < 3)
  50    {
  51       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  52       argv[0] << " input_dicom output_dicom" << std::endl;
  53       return 1;
  54    }
  55
  56    std::string filename = argv[1];
  57    std::string output   = argv[2];
  58
  59    // First, let's create a gdcm::File
  60    // that will contain all the Dicom Field but the Pixels Element
  61
  62    gdcm::File *f1= new gdcm::File( filename );
  63
  64
  65    // Ask content to be printed
  66    std::cout << std::endl
  67              << "--- Standard Print -------------------------------------------"
  68              << std::endl;
  69    f1->SetPrintLevel(2);   // to have a nice output
  70    //f1->SetPrintLevel(1);
  71    f1->Print();            // user may comment out if too much verbose
  72
  73
  74   // User asks for field by field Printing
  75
  76    std::cout << std::endl
  77              << "--- Display only human readable values -----------------------"
  78              << std::endl;
  79
  80    gdcm::ValEntry *valEntry;
  81    std::string value;
  82    std::string vr;   // value representation
  83    std::string vm;   // value multiplicity
  84    std::string name; // held in the Dicom Dictionary
  85
  86
  87    gdcm::DocEntry *d = f1->GetFirstEntry();
  88    while( d )
  89    {
  90       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
  91       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
  92       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
  93            && !( d->GetGroup()%2 )
  94      // we skip BinEntries, since their content is not human-readable
  95            && !dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  96      {
  97          // If user just 'wants to see'
  98          //d->Print();
  99          //std::cout << std::endl;
 100
 101          // If user wants to get info about the entry
 102          // (he is sure, here that DocEntry is a ValEntry)
 103          valEntry = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d);
 104          // Let's be carefull -maybe he commented out some previous line-
 105          if (!valEntry)
 106             continue;
 107
 108          value  = valEntry->GetValue();
 109          vr     = valEntry->GetVR();
 110          // user wants really to know everything about entry!
 111          vm     = valEntry->GetVM();
 112          name   = valEntry->GetName();
 113
 114          std::cout //<< std::hex << group << "," << elem
 115           << valEntry->GetKey()
 116                << "     VR :[" << vr    << "] VM : [" << vm
 117              << "] name : [" << name  << "]"
 118              << " value : [" << value << "]"
 119
 120               << std::endl;
 121       }
 122       d = f1->GetNextEntry();
 123    }
 124
 125    std::cout << std::endl
 126              << "--- Use pre-defined acessors ---------------------------------"
 127              << std::endl;
 128
 129    // ------ some pre-defined acessors may supply usefull informations ----
 130
 131    // about Image
 132    int linesNumber   = f1->GetYSize();
 133    int rawsNumber    = f1->GetXSize();
 134    int framesNumber  = f1->GetYSize();// defaulted to 1 if not found
 135
 136    std::cout << "lines : "   << linesNumber  << " columns : " << rawsNumber
 137              << " frames : " << framesNumber << std::endl;
 138
 139    // about Pixels
 140    int pixelSize         = f1->GetPixelSize();
 141    std::string pixelType = f1->GetPixelType();
 142    bool isSigned         = f1->IsSignedPixelData();
 143
 144    std::cout << "pixelSize : "   << pixelSize  << " pixelType : " << pixelType
 145              << " signed : "     << isSigned   << std::endl;
 146
 147    // about pixels, too.
 148    // Better you forget these ones
 149
 150    std::cout << "GetBitsStored()"      << f1->GetBitsStored()      << std::endl;
 151    std::cout << "GetBitsAllocated()"   << f1->GetBitsAllocated()   << std::endl;
 152    std::cout << "GetHighBitPosition()" << f1->GetHighBitPosition() << std::endl;
 153
 154    std::cout << "GetSamplesPerPixel()"
 155           << f1->GetSamplesPerPixel()     << std::endl;
 156    std::cout << "GetPlanarConfiguration()"
 157           << f1->GetPlanarConfiguration() << std::endl;
 158
 159    // about 'image geography'
 160
 161    float xs = f1->GetXSpacing();
 162    float ys = f1->GetYSpacing();
 163    float zs = f1->GetZSpacing();  // defaulted to 1.0 if not found
 164
 165    float xo = f1->GetXOrigin();
 166    float yo = f1->GetYOrigin();
 167    float zo = f1->GetZOrigin();
 168
 169    std::cout << "GetXSpacing()"     << xs      << std::endl;
 170    std::cout << "GetYSpacing()"     << ys      << std::endl;
 171    std::cout << "GetXSpacing()"     << zs      << std::endl;
 172
 173    std::cout << "GetXOrigin()"      << xo      << std::endl;
 174    std::cout << "GetYOrigin()"      << yo      << std::endl;
 175    std::cout << "GetZOrigin()"      << zo      << std::endl;
 176
 177    // about its way to store colors (if user is aware)
 178
 179    // checks Photometric Interpretation
 180    std::cout << "IsMonochrome()"   << f1->IsMonochrome()     << std::endl;
 181    std::cout << "IsYBRFull()"      << f1->IsYBRFull()        << std::endl;
 182    std::cout << "IsPaletteColor()" << f1->IsPaletteColor()   << std::endl;
 183    // checks if LUT are found
 184    std::cout << "HasLUT()"         << f1->HasLUT()           << std::endl;
 185
 186    std::cout << "GetNumberOfScalarComponents()"
 187           << f1->GetNumberOfScalarComponents()<< std::endl;
 188    std::cout << "GetNumberOfScalarComponentsRaw()"
 189           << f1->GetNumberOfScalarComponentsRaw()<< std::endl;
 190
 191
 192    std::cout << std::endl
 193              << "--- Get values on request ------------------------------------"
 194              << std::endl;
 195    // ------ User is aware, and wants to get fields with no accesor --------
 196
 197    std::cout << "Manufacturer :["     << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0070)
 198              << "]" << std::endl;
 199    std::cout << "Institution :["      << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0080)
 200              << "]" << std::endl;
 201    std::cout << "Patient's name :["   << f1->GetEntryValue(0x0010,0x0010)
 202              << "]" << std::endl;
 203    std::cout << "Physician's name :[" << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0090)
 204              << "]" << std::endl;
 205    std::cout << "Study Date :["       << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0020)
 206              << "]" << std::endl;
 207    std::cout << "Study inst UID :["   << f1->GetEntryValue(0x0020,0x000d)
 208              << "]" << std::endl;
 209    std::cout << "Serie inst UID :["   << f1->GetEntryValue(0x0020,0x000e)
 210              << "]" << std::endl;
 211    std::cout << "Frame ref UID :["   << f1->GetEntryValue(0x0020,0x0052)
 212              << "]" << std::endl;
 213
 214    // ------ User wants to load the pixels---------------------------------
 215
 216    // Hope now he knows enought about the image ;-)
 217
 218    // First, create a gdcm::FileHelper
 219    gdcm::FileHelper *fh1 = new gdcm::FileHelper(f1);
 220
 221    // Load the pixels, transforms LUT (if any) into RGB Pixels
 222    uint8_t *imageData = fh1->GetImageData();
 223    // Get the image data size
 224    size_t dataSize    = fh1->GetImageDataSize();
 225
 226    // Probabely, a straigh user won't load both ...
 227
 228    // Load the pixels, DO NOT transform LUT (if any) into RGB Pixels
 229    uint8_t *imageDataRaw = fh1->GetImageDataRaw();
 230    // Get the image data size
 231    size_t dataRawSize    = fh1->GetImageDataRawSize();
 232
 233    // TODO : Newbee user would appreciate any comment !
 234
 235    std::cout << "GetImageDataSize()"
 236           << fh1->GetImageDataSize()    << std::endl;
 237    std::cout << "GetImageDataRawSize()"
 238           << fh1->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 239    // User Data
 240    std::cout << "GetRGBDataSize()"
 241           << fh1->GetRGBDataSize()      << std::endl;
 242    std::cout << "GetRawDataSize()"
 243           << fh1->GetRawDataSize()      << std::endl;
 244    std::cout << "GetUserDataSize()"
 245           << fh1->GetUserDataSize()     << std::endl;
 246
 247
 248    std::cout << std::endl
 249              << "--- write a new image(1) -------------------------------------"
 250              << std::endl;
 251
 252    // ------ User wants write a new image without shadow groups -------------
 253
 254    gdcm::FileHelper *copy = new gdcm::FileHelper( output );
 255
 256    d = f1->GetFirstEntry();
 257    while(d)
 258    {
 259       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
 260       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
 261       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
 262            && !( d->GetGroup()%2 ) )
 263       {
 264
 265          if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
 266          {
 267             copy->GetFile()->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
 268                                              b->GetGroup(),b->GetElement(),
 269                                              b->GetVR() );
 270          }
 271          else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 272          {
 273              copy->GetFile()->InsertValEntry( v->GetValue(),
 274                                               v->GetGroup(),v->GetElement(),
 275                                               v->GetVR() );
 276          }
 277          else
 278          {
 279           // We skip gdcm::SeqEntries
 280          }
 281       }
 282       d = f1->GetNextEntry();
 283    }
 284
 285    std::cout << std::endl
 286              << "--- write a new image(2) -------------------------------------"
 287              << std::endl;
 288
 289    // User knows the image is a 'color' one -RGB, YBR, Palette Color-
 290    // and wants to write it as RGB
 291    copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 292    copy->SetWriteModeToRGB();
 293    copy->WriteDcmExplVR( output );
 294
 295    // User wants to see if there is any difference before and after writting
 296
 297    std::cout << "GetImageDataSize()"
 298           << fh1->GetImageDataSize()    << std::endl;
 299    std::cout << "GetImageDataRawSize()"
 300           << fh1->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 301    // User Data
 302    std::cout << "GetRGBDataSize()"
 303           << fh1->GetRGBDataSize()      << std::endl;
 304    std::cout << "GetRawDataSize()"
 305           << fh1->GetRawDataSize()      << std::endl;
 306    std::cout << "GetUserDataSize()"
 307           << fh1->GetUserDataSize()     << std::endl;
 308    // User wants to keep the Palette Color -if any-
 309    // and write the image as it was
 310    copy->SetImageData(imageDataRaw, dataRawSize);
 311    copy->SetWriteModeToRaw();
 312    copy->WriteDcmExplVR( output );
 313
 314
 315    std::cout << std::endl
 316              << "------------------------------------------------------------"
 317              << std::endl;
 318    // User is in a fancy mood and wants to forge a bomb image
 319    // just to see how other Dicom viewers act
 320
 321
 322    // TODO : finish it
 323
 324
 325    std::cout << std::endl
 326              << "------------------------------------------------------------"
 327              << std::endl;
 328    delete f1;
 329    delete fh1;
 330    delete copy;
 331
 332    exit (0);
 333 }
 334