Example/exReadWriteFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exReadWriteFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/19 15:19:25 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmDocument.h"
  22 #include "gdcmValEntry.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmSeqEntry.h"
  25
  26 #include <stdlib.h> // for exit
  27
  28 int main(int argc, char *argv[])
  29 {
  30
  31
  32 std::cout << " --- WARNING --- WARNING --- WARNING --- WARNING ---" <<std::endl;
  33 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  34 std::cout << " This source program is NOT intendend to be run as is"<<std::endl;
  35 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  36 std::cout << " It just shows a set of possible uses."               <<std::endl;
  37 std::cout << "User MUST read it, "                                  <<std::endl;
  38 std::cout << "          comment out the useless parts "             <<std::endl;
  39 std::cout << "          invoke it with an ad hoc image(*) "         <<std::endl;
  40 std::cout << "           check the resulting image   "              <<std::endl;
  41 std::cout << "  "                                                   <<std::endl;
  42 std::cout << " (*) For samples, user can refer to gdcmData"         <<std::endl;
  43 std::cout << "         and read README.txt file "                   <<std::endl;
  44 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  45 std::cout << "This source program will be splitted into smaller elementary"
  46           <<  " programs"                                           <<std::endl;
  47 std::cout << " "                                                    <<std::endl;
  48 std::cout << " --- WARNING --- WARNING --- WARNING --- WARNING ---" <<std::endl;
  49
  50    if (argc < 3)
  51    {
  52       std::cerr << "Usage :" << std::endl <<
  53       argv[0] << " input_dicom output_dicom" << std::endl;
  54       return 1;
  55    }
  56
  57    std::string filename = argv[1];
  58    std::string output   = argv[2];
  59
  60    // First, let's create a gdcm::File
  61    // that will contain all the Dicom fields but the Pixels Element
  62
  63    gdcm::File *f1= new gdcm::File( );
  64    f1->SetFileName( filename );
  65    f1->Load();
  66
  67
  68    // Ask content to be printed
  69    std::cout << std::endl
  70              << "--- Standard Print -------------------------------------------"
  71              << std::endl;
  72    f1->SetPrintLevel(2);   // to have a nice output
  73    //f1->SetPrintLevel(1);
  74    f1->Print();            // user may comment out if too much verbose
  75
  76
  77   // User asks for field by field Printing
  78
  79    std::cout << std::endl
  80              << "--- Display only human readable values -----------------------"
  81              << std::endl;
  82
  83    gdcm::ValEntry *valEntry;
  84    std::string value;
  85    std::string vr;   // value representation
  86    std::string vm;   // value multiplicity
  87    std::string name; // held in the Dicom Dictionary
  88
  89
  90    gdcm::DocEntry *d = f1->GetFirstEntry();
  91    while( d )
  92    {
  93       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
  94       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
  95       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
  96            && !( d->GetGroup()%2 )
  97      // we skip BinEntries, since their content is not human-readable
  98            && !dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  99      {
 100          // If user just 'wants to see'
 101          //d->Print();
 102          //std::cout << std::endl;
 103
 104          // If user wants to get info about the entry
 105          // (he is sure, here that DocEntry is a ValEntry)
 106          valEntry = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d);
 107          // Let's be carefull -maybe he commented out some previous line-
 108          if (!valEntry)
 109             continue;
 110
 111          value  = valEntry->GetValue();
 112          vr     = valEntry->GetVR();
 113          // user wants really to know everything about entry!
 114          vm     = valEntry->GetVM();
 115          name   = valEntry->GetName();
 116
 117          std::cout //<< std::hex << group << "," << elem
 118           << valEntry->GetKey()
 119                << "     VR :[" << vr    << "] VM : [" << vm
 120              << "] name : [" << name  << "]"
 121              << " value : [" << value << "]"
 122
 123               << std::endl;
 124       }
 125       d = f1->GetNextEntry();
 126    }
 127
 128    std::cout << std::endl
 129              << "--- Use pre-defined acessors ---------------------------------"
 130              << std::endl;
 131
 132    // ------ some pre-defined acessors may supply usefull informations ----
 133
 134    // about Image
 135    int linesNumber   = f1->GetYSize();
 136    int rawsNumber    = f1->GetXSize();
 137    int framesNumber  = f1->GetYSize();// defaulted to 1 if not found
 138
 139    std::cout << "lines : "   << linesNumber  << " columns : " << rawsNumber
 140              << " frames : " << framesNumber << std::endl;
 141
 142    // about Pixels
 143    int pixelSize         = f1->GetPixelSize();
 144    std::string pixelType = f1->GetPixelType();
 145    bool isSigned         = f1->IsSignedPixelData();
 146
 147    std::cout << "pixelSize : "   << pixelSize  << " pixelType : " << pixelType
 148              << " signed : "     << isSigned   << std::endl;
 149
 150    // about pixels, too.
 151    // Better you forget these ones
 152
 153    std::cout << "GetBitsStored()"      << f1->GetBitsStored()      << std::endl;
 154    std::cout << "GetBitsAllocated()"   << f1->GetBitsAllocated()   << std::endl;
 155    std::cout << "GetHighBitPosition()" << f1->GetHighBitPosition() << std::endl;
 156
 157    std::cout << "GetSamplesPerPixel()"
 158           << f1->GetSamplesPerPixel()     << std::endl;
 159    std::cout << "GetPlanarConfiguration()"
 160           << f1->GetPlanarConfiguration() << std::endl;
 161
 162    // about 'image geography'
 163
 164    float xs = f1->GetXSpacing();
 165    float ys = f1->GetYSpacing();
 166    float zs = f1->GetZSpacing();  // defaulted to 1.0 if not found
 167
 168    float xo = f1->GetXOrigin();
 169    float yo = f1->GetYOrigin();
 170    float zo = f1->GetZOrigin();
 171
 172    std::cout << "GetXSpacing()"     << xs      << std::endl;
 173    std::cout << "GetYSpacing()"     << ys      << std::endl;
 174    std::cout << "GetXSpacing()"     << zs      << std::endl;
 175
 176    std::cout << "GetXOrigin()"      << xo      << std::endl;
 177    std::cout << "GetYOrigin()"      << yo      << std::endl;
 178    std::cout << "GetZOrigin()"      << zo      << std::endl;
 179
 180    // about its way to store colors (if user is aware)
 181
 182    // checks Photometric Interpretation
 183    std::cout << "IsMonochrome()"   << f1->IsMonochrome()     << std::endl;
 184    std::cout << "IsYBRFull()"      << f1->IsYBRFull()        << std::endl;
 185    std::cout << "IsPaletteColor()" << f1->IsPaletteColor()   << std::endl;
 186    // checks if LUT are found
 187    std::cout << "HasLUT()"         << f1->HasLUT()           << std::endl;
 188
 189    std::cout << "GetNumberOfScalarComponents()"
 190           << f1->GetNumberOfScalarComponents()<< std::endl;
 191    std::cout << "GetNumberOfScalarComponentsRaw()"
 192           << f1->GetNumberOfScalarComponentsRaw()<< std::endl;
 193
 194
 195    std::cout << std::endl
 196              << "--- Get values on request ------------------------------------"
 197              << std::endl;
 198    // ------ User is aware, and wants to get fields with no accesor --------
 199
 200    std::cout << "Manufacturer :["     << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0070)
 201              << "]" << std::endl;
 202    std::cout << "Institution :["      << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0080)
 203              << "]" << std::endl;
 204    std::cout << "Patient's name :["   << f1->GetEntryValue(0x0010,0x0010)
 205              << "]" << std::endl;
 206    std::cout << "Physician's name :[" << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0090)
 207              << "]" << std::endl;
 208    std::cout << "Study Date :["       << f1->GetEntryValue(0x0008,0x0020)
 209              << "]" << std::endl;
 210    std::cout << "Study inst UID :["   << f1->GetEntryValue(0x0020,0x000d)
 211              << "]" << std::endl;
 212    std::cout << "Serie inst UID :["   << f1->GetEntryValue(0x0020,0x000e)
 213              << "]" << std::endl;
 214    std::cout << "Frame ref UID :["   << f1->GetEntryValue(0x0020,0x0052)
 215              << "]" << std::endl;
 216
 217    // User wants to get info about the 'real world' vs image
 218
 219
 220    // ------ User wants to load the pixels---------------------------------
 221
 222    // Hope now he knows enought about the image ;-)
 223
 224    // First, create a gdcm::FileHelper
 225    gdcm::FileHelper *fh1 = new gdcm::FileHelper(f1);
 226
 227    // Load the pixels, transforms LUT (if any) into RGB Pixels
 228    uint8_t *imageData = fh1->GetImageData();
 229    // Get the image data size
 230    size_t dataSize    = fh1->GetImageDataSize();
 231
 232    // Probabely, a straigh user won't load both ...
 233
 234    // Load the pixels, DO NOT transform LUT (if any) into RGB Pixels
 235    uint8_t *imageDataRaw = fh1->GetImageDataRaw();
 236    // Get the image data size
 237    size_t dataRawSize    = fh1->GetImageDataRawSize();
 238
 239    // TODO : Newbee user would appreciate any comment !
 240
 241    std::cout << "GetImageDataSize()"
 242           << fh1->GetImageDataSize()    << std::endl;
 243    std::cout << "GetImageDataRawSize()"
 244           << fh1->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 245    // User Data
 246    std::cout << "GetRGBDataSize()"
 247           << fh1->GetRGBDataSize()      << std::endl;
 248    std::cout << "GetRawDataSize()"
 249           << fh1->GetRawDataSize()      << std::endl;
 250    std::cout << "GetUserDataSize()"
 251           << fh1->GetUserDataSize()     << std::endl;
 252
 253
 254    std::cout << std::endl
 255              << "--- write a new image(1) -------------------------------------"
 256              << std::endl;
 257
 258    // ------ User wants write a new image without shadow groups -------------
 259
 260    gdcm::FileHelper *copy = new gdcm::FileHelper( );
 261    copy->SetFileName( output );
 262    copy->Load();
 263
 264    d = f1->GetFirstEntry();
 265    while(d)
 266    {
 267       // We skip SeqEntries, since user cannot do much with them
 268       if ( !(dynamic_cast<gdcm::SeqEntry*>(d))
 269       // We skip Shadow Groups, since nobody knows what they mean
 270            && !( d->GetGroup()%2 ) )
 271       {
 272
 273          if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
 274          {
 275             copy->GetFile()->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
 276                                              b->GetGroup(),b->GetElement(),
 277                                              b->GetVR() );
 278          }
 279          else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 280          {
 281              copy->GetFile()->InsertValEntry( v->GetValue(),
 282                                               v->GetGroup(),v->GetElement(),
 283                                               v->GetVR() );
 284          }
 285          else
 286          {
 287           // We skip gdcm::SeqEntries
 288          }
 289       }
 290       d = f1->GetNextEntry();
 291    }
 292
 293    std::cout << std::endl
 294              << "--- write a new image(2) -------------------------------------"
 295              << std::endl;
 296
 297    // User knows the image is a 'color' one -RGB, YBR, Palette Color-
 298    // and wants to write it as RGB
 299    copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 300    copy->SetWriteModeToRGB();
 301    copy->WriteDcmExplVR( output );
 302
 303    // User wants to see if there is any difference before and after writting
 304
 305    std::cout << "GetImageDataSize()"
 306           << fh1->GetImageDataSize()    << std::endl;
 307    std::cout << "GetImageDataRawSize()"
 308           << fh1->GetImageDataRawSize() << std::endl;
 309    // User Data
 310    std::cout << "GetRGBDataSize()"
 311           << fh1->GetRGBDataSize()      << std::endl;
 312    std::cout << "GetRawDataSize()"
 313           << fh1->GetRawDataSize()      << std::endl;
 314    std::cout << "GetUserDataSize()"
 315           << fh1->GetUserDataSize()     << std::endl;
 316    // User wants to keep the Palette Color -if any-
 317    // and write the image as it was
 318    copy->SetImageData(imageDataRaw, dataRawSize);
 319    copy->SetWriteModeToRaw();
 320    copy->WriteDcmExplVR( output );
 321
 322
 323    std::cout << std::endl
 324              << "------------------------------------------------------------"
 325              << std::endl;
 326    // User is in a fancy mood and wants to forge a bomb image
 327    // just to see how other Dicom viewers act
 328
 329
 330    // TODO : finish it
 331
 332
 333    std::cout << std::endl
 334              << "------------------------------------------------------------"
 335              << std::endl;
 336    delete f1;
 337    delete fh1;
 338    delete copy;
 339
 340    exit (0);
 341 }
 342