Example/exSerieHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exSerieHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/09/01 14:41:48 $
   7   Version:   $Revision: 1.19 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmSerieHelper.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDirList.h" // for FileList
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include <iostream>
  23 #include "gdcmArgMgr.h"
  24
  25 int main(int argc, char *argv[])
  26 {
  27    START_USAGE(usage)
  28    "\n exSerieHelper :\n                                                      ",
  29    "Example on how to use the methods of gdcm::SerieHelper                    ",
  30    "usage: exSerieHelper {dirin=inputDirectoryName}                           ",
  31    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  32    "                                                                          ",
  33    "       dirin : user wants to analyze *all* the files                      ",
  34    "                            within the directory                          ",
  35    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  36    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  37    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  38    "       verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'       ",
  39    "       warning    : user wants to run the program in 'warning mode'       ",
  40    "       debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'   ",
  41    FINISH_USAGE
  42
  43    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  44
  45    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  46
  47    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  48    {
  49       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  50       delete am;
  51       return 0;
  52    }
  53
  54    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  55       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  56
  57    if (am->ArgMgrDefined("warning"))
  58       GDCM_NAME_SPACE::Debug::WarningOn();
  59
  60    bool verbose = ( 0 != am->ArgMgrDefined("verbose") );
  61
  62    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  63    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  64       loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ;
  65    else
  66    {
  67       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  68          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW;
  69       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  70          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ;
  71    }
  72
  73    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  74    if (dirName == 0)
  75    {
  76        std::cout <<std::endl
  77                  << "'dirin=' must be present;"
  78                  <<  std::endl;
  79        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  80        delete am;
  81        return 0;
  82    }
  83
  84    std::cout << "Dir Name :[" << dirName << "]" << std::endl;
  85    //
  86    // Sometimes using only SerieHelper is not enought !
  87    // See also exXcoherentFileSet
  88    //
  89
  90
  91    GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *s;
  92    s = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  93    s->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);     // Load everything for each File
  94    //GDCM_NAME_SPACE::TagKey t(0x0020,0x0013);
  95    //s->AddRestriction(t, "340", GDCM_NAME_SPACE::GDCM_LESS); // Keep only files where
  96                                               // restriction is true
  97    s->SetDirectory(dirName, true); // true : recursive exploration
  98
  99    if (verbose) {
 100       std::cout << " ---------------------------------------- Finish parsing :["
 101                 << dirName << "]" << std::endl;
 102
 103       s->Print();
 104      std::cout << " ---------------------------------------- Finish printing (1)"
 105                 << std::endl;
 106    }
 107
 108    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 109    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 110    std::cout << std::endl << " ---------------------------------------- Recap"
 111              << std::endl;
 112    l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 113    while (l)
 114    {
 115       it = l->begin();
 116       std::cout << "SerieUID [" <<  (*it)->GetEntryString(0x0020,0x000e) <<"]   Serie Description ["
 117                 << (*it)->GetEntryString(0x0008,0x103e) << "] "
 118                 << " : " << l->size() << " files" << std::endl;
 119       l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
 120    }
 121     std::cout << " ----------------------------------------End Recap"
 122              << std::endl << std::endl;
 123
 124    int nbFiles;
 125    double zspacing = 0.;
 126    // For all the Single SerieUID Files Sets of the GDCM_NAME_SPACE::Serie
 127    l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 128    while (l)
 129    {
 130       nbFiles = l->size() ;
 131       if ( nbFiles > 2 ) // Why not ? Just an example, for testing
 132       {
 133          std::cout << "List to sort : " << nbFiles << " long" << std::endl;
 134          //---------------------------------------------------------
 135          s->OrderFileList(l);  // sort the list (and compute ZSpacing !)
 136          //---------------------------------------------------------
 137          std::cout << "List after sorting : " << l->size() << " long" << std::endl;
 138
 139           zspacing = s->GetZSpacing();
 140          // Just to show : GetZSpacing from a GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper is right
 141          std::cout << "GetZSpacing() of sorted SingleSerieUIDFileSet "
 142                    << "from GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper: " << zspacing << std::endl;
 143          std::cout << " ('-1' means all the files have the same position)" << std::endl;
 144
 145          // Check the vector content
 146          int fileCount = 0;
 147       // for (std::vector<GDCM_NAME_SPACE::File* >::iterator it2 =  l->begin();
 148          for (GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it2 = l->begin();
 149                                             it2 != l->end();
 150                                           ++it2)
 151          {
 152           // Just to show : GetZSpacing from a GDCM_NAME_SPACE::File may be different
 153              std::cout << (*it2)->GetFileName() << " -->  Get{X/Y/Z}Spacing() from GDCM_NAME_SPACE::File : "
 154                        << (*it2)->GetXSpacing() << " "
 155                        << (*it2)->GetYSpacing() << " "
 156                        << (*it2)->GetZSpacing() << std::endl;
 157            fileCount++;
 158          }
 159          std::cout << "Iterate trough vector, nb of files : " << fileCount << std::endl;
 160
 161          //break; // we only deal with the first one ... Why not ?
 162       }
 163       l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
 164    }
 165    std::cout << std::endl
 166              << " ------------------Prints all the Single SerieUID File Sets (sorted or not) -----"
 167              << std::endl;
 168    s->Print(); // Prints all the Single SerieUID File Sets (sorted or not)
 169    std::cout << " -------------------------------------------- Finish printing"
 170              << std::endl;
 171
 172    s->Delete();
 173
 174    return 0;
 175 }