Example/exUnMosaic.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exUnMosaic.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/03/31 21:45:08 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include <stdlib.h> // for exit
  20 #include <math.h> // for sqrt, ceil
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 #include "gdcmFileHelper.h"
  23
  24 bool reorganize_mosaic(const unsigned short *input, const unsigned int *inputdims, unsigned int square,
  25   const unsigned int *outputdims, unsigned short *output );
  26
  27
  28
  29 bool reorganize_mosaic(const unsigned short *input, const unsigned int *inputdims, unsigned int nbImagesPerRow,
  30   const unsigned int *outputdims, unsigned short *output )
  31 {
  32   for(unsigned x = 0; x < outputdims[0]; ++x)
  33     {
  34     for(unsigned y = 0; y < outputdims[1]; ++y)
  35       {
  36       for(unsigned z = 0; z < outputdims[2]; ++z)
  37         {
  38         output[ x + y*outputdims[0] + z*outputdims[0]*outputdims[1] ] =
  39           input[ (x + z * outputdims[0]) + (y + (z/nbImagesPerRow)*outputdims[0])*inputdims[0] ];
  40         }
  41       }
  42     }
  43   return true;
  44 }
  45
  46
  47 int main(int argc, char *argv[])
  48 {
  49
  50    std::string fileName       = argv[1];
  51    std::string outputFileName = argv[2];
  52    unsigned int nbImagesPerRow = 8;
  53    unsigned int numberOfImagesInMosaic = 52;
  54
  55    unsigned int inputdims[2];
  56    inputdims[0] = 1024;
  57    inputdims[1] = 1024;
  58
  59    unsigned int outputdims[3];
  60
  61 // ============================================================
  62 //   Read the input image.
  63 // ============================================================
  64
  65    std::cout << argv[1] << std::endl;
  66
  67    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  68    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  69    f->SetFileName( fileName );
  70    bool res = f->Load();
  71
  72    if (!res) {
  73        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  74                  << "DICOM / ACR File"
  75                  <<std::endl;
  76        f->Delete();
  77        return 0;
  78    }
  79    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  80
  81
  82 // ============================================================
  83 //   Read the Pixels
  84 //
  85 // ============================================================
  86
  87    // Pixel Reading must be done here, to be sure
  88    // to load the Palettes Color (if any)
  89
  90    // First, create a GDCM_NAME_SPACE::FileHelper
  91    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
  92
  93    // Load the pixels, DO NOT transform LUT (if any) into RGB Pixels
  94    uint8_t *imageDataRaw = fh->GetImageDataRaw();
  95    // Get the image data size
  96    size_t dataRawSize    = fh->GetImageDataRawSize();
  97
  98 // ============================================================
  99 //   Create a new GDCM_NAME_SPACE::Filehelper, to hold new image.
 100 // ============================================================
 101
 102    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *copy = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( );
 103    copy->SetFileName( outputFileName );
 104   // copy->Load();
 105
 106   unsigned int div = (unsigned int)ceil(sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic ) );
 107   outputdims[0] = inputdims[0]/ div;
 108   outputdims[1] = inputdims[1] / div;
 109   outputdims[2] = numberOfImagesInMosaic;
 110
 111 /*
 112   if (outputdims[0] *  outputdims[1] * outputdims[2] * 2 != dataRawSize)
 113   {
 114      std::cout << "outputdims[0] : " << outputdims[0] << " outputdims[1] : " <<  outputdims[1] << " numberOfImagesInMosaic : " << numberOfImagesInMosaic
 115                << " ( = " << outputdims[0] *  outputdims[1] * outputdims[2] * 2 << " ) doesn't match with dataRawSize : " << dataRawSize << std::endl;
 116      //exit(0);
 117   }
 118 */
 119
 120
 121   unsigned short *input = (unsigned short *)imageDataRaw;
 122
 123   unsigned short *output = (unsigned short *) malloc(outputdims[0] * outputdims[1] * numberOfImagesInMosaic * 2);
 124
 125   reorganize_mosaic(input, inputdims,
 126                     nbImagesPerRow,
 127                     outputdims, output);
 128
 129   FILE *fPixels;
 130   fPixels = fopen(outputFileName.c_str(), "w");
 131   fwrite(output,2, outputdims[0] * outputdims[1] * numberOfImagesInMosaic, fPixels);
 132 }
 133