]> Creatis software - gdcm.git/blob - Example/exUnMosaic2.cxx
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[gdcm.git] / Example / exUnMosaic2.cxx
1 /*=========================================================================
2                                                                                 
3   Program:   gdcm
4   Module:    $RCSfile: exUnMosaic2.cxx,v $
5   Language:  C++
6   Date:      $Date: 2011/03/31 21:45:08 $
7   Version:   $Revision: 1.2 $
8                                                                                 
9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
12                                                                                 
13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
16                                                                                 
17 =========================================================================*/
18
19 #include <stdlib.h> // for exit
20 #include <math.h> // for sqrt, ceil
21 #include "gdcmFile.h"
22 #include "gdcmFileHelper.h"
23 #include "vtkGdcmReader.h"
24
25 bool reorganize_mosaic(const unsigned short *input, const unsigned int *inputdims, unsigned int square,
26   const unsigned int *outputdims, unsigned short *output );
27   
28   
29   
30 bool reorganize_mosaic(const unsigned short *input, const unsigned int *inputdims, unsigned int nbImagesPerRow,
31   const unsigned int *outputdims, unsigned short *output )
32 {
33   for(unsigned x = 0; x < outputdims[0]; ++x)
34     {
35     for(unsigned y = 0; y < outputdims[1]; ++y)
36       {
37       for(unsigned z = 0; z < outputdims[2]; ++z)
38         {
39         output[ x + y*outputdims[0] + z*outputdims[0]*outputdims[1] ] =
40           input[ (x + z * outputdims[0]) + (y + (z/nbImagesPerRow)*outputdims[0])*inputdims[0] ];
41         }
42       }
43     }
44   return true;
45 }
46
47
48 int main(int argc, char *argv[])
49 {   
50
51    std::string fileName       = argv[1];
52    std::string outputFileName = argv[2];
53    unsigned int nbImagesPerRow = 8;
54    unsigned int numberOfImagesInMosaic = 52;
55    
56    unsigned int inputdims[3];
57   // inputdims[0] = 1024;
58   // inputdims[1] = 1024;
59    
60    unsigned int outputdims[3];
61      
62 // ============================================================
63 //   Read the input image.
64 // ============================================================
65
66    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
67    reader->SetFileName( fileName );
68    reader->Update(); 
69    
70    vtkImageData *vtkimage = reader->GetOutput(); 
71    vtkimage->
72    
73 /*
74    std::cout << argv[1] << std::endl;
75
76    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
77    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
78    f->SetFileName( fileName );
79    bool res = f->Load();        
80
81    if (!res) {
82        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
83                  << "DICOM / ACR File"
84                  <<std::endl;
85        f->Delete();
86        return 0;
87    }
88    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
89    
90 */
91    
92 // ============================================================
93 //   Read the Pixels
94 //
95 // ============================================================
96
97 /* 
98    // Pixel Reading must be done here, to be sure 
99    // to load the Palettes Color (if any)
100
101    // First, create a GDCM_NAME_SPACE::FileHelper
102    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
103
104    // Load the pixels, DO NOT transform LUT (if any) into RGB Pixels 
105    uint8_t *imageDataRaw = fh->GetImageDataRaw();
106    // Get the image data size
107    size_t dataRawSize    = fh->GetImageDataRawSize();
108    
109 */
110    
111  // ============================================================
112 //   Create a new GDCM_NAME_SPACE::Filehelper, to hold new image.
113 // ============================================================
114
115 /*
116    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *copy = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( );
117    copy->SetFileName( outputFileName );
118   // copy->Load(); 
119 */
120
121   unsigned int div = (unsigned int)ceil(sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic ) );
122   outputdims[0] = inputdims[0]/ div;
123   outputdims[1] = inputdims[1] / div;
124   outputdims[2] = numberOfImagesInMosaic;
125   
126 /*   
127   if (outputdims[0] *  outputdims[1] * outputdims[2] * 2 != dataRawSize)
128   {
129      std::cout << "outputdims[0] : " << outputdims[0] << " outputdims[1] : " <<  outputdims[1] << " numberOfImagesInMosaic : " << numberOfImagesInMosaic
130                << " ( = " << outputdims[0] *  outputdims[1] * outputdims[2] * 2 << " ) doesn't match with dataRawSize : " << dataRawSize << std::endl;
131      //exit(0);
132   }
133 */ 
134
135    
136   unsigned short *input = (unsigned short *)imageDataRaw;
137   
138   unsigned short *output = (unsigned short *) malloc(outputdims[0] * outputdims[1] * numberOfImagesInMosaic * 2);
139   
140   reorganize_mosaic(input, inputdims,
141                     nbImagesPerRow,
142                     outputdims, output);
143
144   FILE *fPixels;
145   fPixels = fopen(outputFileName.c_str(), "w");
146   fwrite(output,2, outputdims[0] * outputdims[1] * numberOfImagesInMosaic, fPixels);
147
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