Example/exUnMosaic2.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exUnMosaic2.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/03/31 21:45:08 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
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  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include <stdlib.h> // for exit
  20 #include <math.h> // for sqrt, ceil
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 #include "gdcmFileHelper.h"
  23 #include "vtkGdcmReader.h"
  24
  25 bool reorganize_mosaic(const unsigned short *input, const unsigned int *inputdims, unsigned int square,
  26   const unsigned int *outputdims, unsigned short *output );
  27
  28
  29
  30 bool reorganize_mosaic(const unsigned short *input, const unsigned int *inputdims, unsigned int nbImagesPerRow,
  31   const unsigned int *outputdims, unsigned short *output )
  32 {
  33   for(unsigned x = 0; x < outputdims[0]; ++x)
  34     {
  35     for(unsigned y = 0; y < outputdims[1]; ++y)
  36       {
  37       for(unsigned z = 0; z < outputdims[2]; ++z)
  38         {
  39         output[ x + y*outputdims[0] + z*outputdims[0]*outputdims[1] ] =
  40           input[ (x + z * outputdims[0]) + (y + (z/nbImagesPerRow)*outputdims[0])*inputdims[0] ];
  41         }
  42       }
  43     }
  44   return true;
  45 }
  46
  47
  48 int main(int argc, char *argv[])
  49 {
  50
  51    std::string fileName       = argv[1];
  52    std::string outputFileName = argv[2];
  53    unsigned int nbImagesPerRow = 8;
  54    unsigned int numberOfImagesInMosaic = 52;
  55
  56    unsigned int inputdims[3];
  57   // inputdims[0] = 1024;
  58   // inputdims[1] = 1024;
  59
  60    unsigned int outputdims[3];
  61
  62 // ============================================================
  63 //   Read the input image.
  64 // ============================================================
  65
  66    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
  67    reader->SetFileName( fileName );
  68    reader->Update();
  69
  70    vtkImageData *vtkimage = reader->GetOutput();
  71    vtkimage->
  72
  73 /*
  74    std::cout << argv[1] << std::endl;
  75
  76    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  77    f->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  78    f->SetFileName( fileName );
  79    bool res = f->Load();
  80
  81    if (!res) {
  82        std::cerr << "Sorry, " << fileName <<"  not a gdcm-readable "
  83                  << "DICOM / ACR File"
  84                  <<std::endl;
  85        f->Delete();
  86        return 0;
  87    }
  88    std::cout << " ... is readable " << std::endl;
  89
  90 */
  91
  92 // ============================================================
  93 //   Read the Pixels
  94 //
  95 // ============================================================
  96
  97 /*
  98    // Pixel Reading must be done here, to be sure
  99    // to load the Palettes Color (if any)
 100
 101    // First, create a GDCM_NAME_SPACE::FileHelper
 102    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fh = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New(f);
 103
 104    // Load the pixels, DO NOT transform LUT (if any) into RGB Pixels
 105    uint8_t *imageDataRaw = fh->GetImageDataRaw();
 106    // Get the image data size
 107    size_t dataRawSize    = fh->GetImageDataRawSize();
 108
 109 */
 110
 111  // ============================================================
 112 //   Create a new GDCM_NAME_SPACE::Filehelper, to hold new image.
 113 // ============================================================
 114
 115 /*
 116    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *copy = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( );
 117    copy->SetFileName( outputFileName );
 118   // copy->Load();
 119 */
 120
 121   unsigned int div = (unsigned int)ceil(sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic ) );
 122   outputdims[0] = inputdims[0]/ div;
 123   outputdims[1] = inputdims[1] / div;
 124   outputdims[2] = numberOfImagesInMosaic;
 125
 126 /*
 127   if (outputdims[0] *  outputdims[1] * outputdims[2] * 2 != dataRawSize)
 128   {
 129      std::cout << "outputdims[0] : " << outputdims[0] << " outputdims[1] : " <<  outputdims[1] << " numberOfImagesInMosaic : " << numberOfImagesInMosaic
 130                << " ( = " << outputdims[0] *  outputdims[1] * outputdims[2] * 2 << " ) doesn't match with dataRawSize : " << dataRawSize << std::endl;
 131      //exit(0);
 132   }
 133 */
 134
 135
 136   unsigned short *input = (unsigned short *)imageDataRaw;
 137
 138   unsigned short *output = (unsigned short *) malloc(outputdims[0] * outputdims[1] * numberOfImagesInMosaic * 2);
 139
 140   reorganize_mosaic(input, inputdims,
 141                     nbImagesPerRow,
 142                     outputdims, output);
 143
 144   FILE *fPixels;
 145   fPixels = fopen(outputFileName.c_str(), "w");
 146   fwrite(output,2, outputdims[0] * outputdims[1] * numberOfImagesInMosaic, fPixels);
 147 }
 148