Example/exXCoherentFileSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exXCoherentFileSet.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/01/26 15:52:43 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmSerieHelper.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include <iostream>
  22
  23 #include "gdcmArgMgr.h"
  24
  25 int main(int argc, char *argv[])
  26 {
  27
  28    START_USAGE(usage)
  29    "\n exXCoherentFileSet :\n                                                 ",
  30    "Shows the various 'XCoherent' Filesets within a directory                 ",
  31    "usage: exXCoherentFileSet {dirin=inputDirectoryName}                      ",
  32    "                       { tag= group-elem | pos | ori }                    ",
  33    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  34    "                                                                          ",
  35    "       inputDirectoryName : user wants to analyze *all* the files         ",
  36    "                            within the directory                          ",
  37    "       pos  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  38    "                         'Image Position '                                ",
  39    "       ori  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  40    "                         'Image Orientation '                             ",
  41    "       tag : group-elem    (in hexa, no space)                            ",
  42    "                       the user wants to split on                         ",
  43    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  44    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  45    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  46    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  47    FINISH_USAGE
  48
  49    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  50
  51    gdcm::ArgMgr *am = new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
  52
  53    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  54    {
  55       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  56       delete am;
  57       return 0;
  58    }
  59
  60    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  61       gdcm::Debug::DebugOn();
  62
  63    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
  64    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  65       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
  66    else
  67    {
  68       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  69          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
  70       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  71          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
  72    }
  73
  74    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  75    if (dirName == 0)
  76    {
  77        std::cout <<std::endl
  78                  << "'dirin=' must be present;"
  79                  <<  std::endl;
  80        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  81        delete am;
  82        return 0;
  83  }
  84
  85    // FIXME : check only one of them is set !
  86
  87    int pos = am->ArgMgrDefined("pos");
  88    int ori = am->ArgMgrDefined("ori");
  89
  90    int nb;
  91    uint16_t *groupelem;
  92    groupelem = am->ArgMgrGetXInt16Enum("tag", &nb);
  93
  94    if (groupelem != 0)
  95    {
  96       if (nb != 1)
  97       {
  98          std::cout << "TAG : one and only one group,elem!" << std::endl;
  99          delete am;
 100          return 0;
 101       }
 102    }
 103
 104
 105    /* if unused Param we give up */
 106    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 107    {
 108       am->ArgMgrUsage(usage);
 109       delete am;
 110       return 0;
 111    }
 112
 113    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 114
 115
 116    gdcm::SerieHelper *s;
 117
 118    s = gdcm::SerieHelper::New();
 119    s->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL);     // Load everything for each File
 120    //gdcm::TagKey t(0x0020,0x0013);
 121    //s->AddRestriction(t, "340", gdcm::GDCM_LESS); // Keep only files where
 122                                               // restriction is true
 123    s->SetDirectory(dirName, true); // true : recursive exploration
 124
 125 /*
 126    std::cout << " ---------------------------------------- "
 127              << "'Single UID' Filesets found in :["
 128              << dirName << "]" << std::endl;
 129
 130    s->Print();
 131    std::cout << " ------------------------------------- Result after splitting"
 132              << std::endl;
 133 */
 134    int nbFiles;
 135    std::string fileName;
 136    // For all the Single SerieUID Files Sets of the gdcm::Serie
 137    gdcm::FileList *l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 138
 139    gdcm::XCoherentFileSetmap xcm;
 140    while (l)
 141    {
 142       nbFiles = l->size() ;
 143       if ( l->size() > 3 ) // Why not ? Just an example, for testing
 144       {
 145          std::cout << "Split the 'Single SerieUID' FileSet :["
 146                    << s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID()
 147                    << "]  " << nbFiles << " long" << std::endl;
 148          std::cout << "-----------------------------------" << std::endl;
 149
 150          if (ori)
 151             xcm = s->SplitOnOrientation(l);
 152          if (pos)
 153             xcm = s->SplitOnPosition(l);
 154          if (groupelem != 0)
 155             xcm = s->SplitOnTagValue(l, groupelem[0],groupelem[1] );
 156
 157          for (gdcm::XCoherentFileSetmap::iterator i = xcm.begin();
 158                                                   i != xcm.end();
 159                                                 ++i)
 160          {
 161             if (ori)
 162                std::cout << "Orientation : ";
 163             if (pos)
 164                std::cout << "Position : ";
 165             if (groupelem != 0)
 166                std::cout << "Tag (" << std::hex << groupelem[0]
 167                                  << "|" << groupelem[1] << ") value : ";
 168
 169              std::cout << "[" << (*i).first << "]" << std::endl;
 170
 171            // Nowadays OrderFileList() causes trouble, since some files
 172            // (MIP views) don't have 'Position', now considered as mandatory
 173            // Commented out for the moment.
 174
 175            //s->OrderFileList((*i).second);  // sort the XCoherent Fileset
 176
 177             for (std::vector<gdcm::File* >::iterator it =  ((*i).second)->begin();
 178                                                      it != ((*i).second)->end();
 179                                                    ++it)
 180             {
 181                fileName = (*it)->GetFileName();
 182                std::cout << "    " << fileName << std::endl;
 183             }
 184             std::cout << std::endl;
 185          }
 186       }
 187       l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
 188    }
 189
 190    s->Delete();
 191
 192    return 0;
 193 }