Example/exXCoherentFileSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: exXCoherentFileSet.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/06/15 13:18:51 $
   7   Version:   $Revision: 1.10 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmSerieHelper.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include <iostream>
  22
  23 #include "gdcmArgMgr.h"
  24
  25 int main(int argc, char *argv[])
  26 {
  27
  28    START_USAGE(usage)
  29    "\n exXCoherentFileSet :\n                                                 ",
  30    "Shows the various 'XCoherent' Filesets within a directory                 ",
  31    "usage: exXCoherentFileSet {dirin=inputDirectoryName}                      ",
  32    "                       { tag= group-elem | pos | ori }  sort              ",
  33    "                       [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]  ",
  34    "                                                                          ",
  35    "       inputDirectoryName : user wants to analyze *all* the files         ",
  36    "                            within the directory                          ",
  37    "       pos  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  38    "                         'Image Position '                                ",
  39    "       ori  : user wants to split each Single SerieUID Fileset on the     ",
  40    "                         'Image Orientation '                             ",
  41    "       tag : group-elem    (in hexa, no space)                            ",
  42    "                       the user wants to split on                         ",
  43    "       sort :  user wants FileHelper to sort the images                   ",
  44    "               Warning : will probabely crah if sort has no meaning       ",
  45    "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
  46    "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
  47    "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
  48    "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",
  49    FINISH_USAGE
  50
  51    // ----- Initialize Arguments Manager ------
  52
  53    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
  54
  55    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1)
  56    {
  57       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  58       delete am;
  59       return 0;
  60    }
  61
  62    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
  63       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
  64
  65    int loadMode = GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL;
  66    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
  67       loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ;
  68    else
  69    {
  70       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
  71          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW;
  72       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
  73          loadMode |= GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ;
  74    }
  75
  76    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");
  77    if (dirName == 0)
  78    {
  79        std::cout <<std::endl
  80                  << "'dirin=' must be present;"
  81                  <<  std::endl;
  82        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
  83        delete am;
  84        return 0;
  85  }
  86
  87    // FIXME : check only one of them is set !
  88
  89    int pos  = am->ArgMgrDefined("pos");
  90    int ori  = am->ArgMgrDefined("ori");
  91    int sort = am->ArgMgrDefined("sort");
  92
  93    int nb;
  94    uint16_t *groupelem;
  95    groupelem = am->ArgMgrGetXInt16Enum("tag", &nb);
  96
  97    if (groupelem != 0)
  98    {
  99       if (nb != 1)
 100       {
 101          std::cout << "TAG : one and only one group,elem!" << std::endl;
 102          delete am;
 103          return 0;
 104       }
 105    }
 106
 107
 108    /* if unused Param we give up */
 109    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 110    {
 111       am->ArgMgrUsage(usage);
 112       delete am;
 113       return 0;
 114    }
 115
 116    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------
 117
 118
 119    GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *s;
 120
 121    s = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 122    s->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);     // Load everything for each File
 123    //GDCM_NAME_SPACE::TagKey t(0x0020,0x0013);
 124    //s->AddRestriction(t, "340", GDCM_NAME_SPACE::GDCM_LESS); // Keep only files where
 125                                               // restriction is true
 126    s->SetDirectory(dirName, true); // true : recursive exploration
 127
 128    // The Dicom file set is splitted into several 'Single SerieUID Files Sets'
 129    // (a 'Single SerieUID Files Set' per SerieUID)
 130    // In some cases, it's not enough, since, in some cases
 131    // we can find scout view with the same SerieUID
 132
 133 /*
 134    std::cout << " ---------------------------------------- "
 135              << "'Single UID' Filesets found in :["
 136              << dirName << "]" << std::endl;
 137
 138    s->Print();
 139    std::cout << " ------------------------------------- Result after splitting"
 140              << std::endl;
 141 */
 142    int nbFiles;
 143    std::string fileName;
 144    // For all the Single SerieUID Files Sets of the GDCM_NAME_SPACE::Serie
 145    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l = s->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 146
 147    GDCM_NAME_SPACE::XCoherentFileSetmap xcm;
 148    while (l) // for each 'Single SerieUID FileSet'
 149    {
 150       nbFiles = l->size() ;
 151       if ( l->size() > 3 ) // Why not ? Just an example, for testing
 152       {
 153          std::cout << "Split the 'Single SerieUID' FileSet :["
 154                    << s->GetCurrentSerieUIDFileSetUID()
 155                    << "]  " << nbFiles << " long" << std::endl;
 156          std::cout << "-----------------------------------" << std::endl;
 157
 158          if (ori)
 159             xcm = s->SplitOnOrientation(l);
 160          if (pos)
 161             xcm = s->SplitOnPosition(l);
 162          if (groupelem != 0)
 163             xcm = s->SplitOnTagValue(l, groupelem[0],groupelem[1] );
 164
 165          for (GDCM_NAME_SPACE::XCoherentFileSetmap::iterator i = xcm.begin();
 166                                                   i != xcm.end();
 167                                                 ++i)
 168          {
 169             if (ori)
 170                std::cout << "Orientation : ";
 171             if (pos)
 172                std::cout << "Position : ";
 173             if (groupelem != 0)
 174                std::cout << "Tag (" << std::hex << groupelem[0]
 175                                  << "|" << groupelem[1] << ") value : ";
 176
 177              std::cout << "[" << (*i).first << "]" << std::endl;
 178
 179            // Within a 'just to see' program,
 180            // OrderFileList() causes trouble, since some files
 181            // (eg:MIP views) don't have 'Position', now considered as mandatory
 182            // Commented out for the moment.
 183
 184            if (sort) {
 185               s->OrderFileList((*i).second);  // sort the XCoherent Fileset
 186               std::cout << "ZSpacing for the file set " << s->GetZSpacing()
 187                         << std::endl;
 188             }
 189
 190             for (GDCM_NAME_SPACE::FileList::iterator it =  ((*i).second)->begin();
 191                                           it != ((*i).second)->end();
 192                                         ++it)
 193             {
 194                fileName = (*it)->GetFileName();
 195                std::cout << "    " << fileName << std::endl;
 196             }
 197             std::cout << std::endl;
 198          }
 199       }
 200       l = s->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
 201    }
 202
 203    s->Delete();
 204
 205    return 0;
 206 }