Linux/scripts/ThirdParty-install-ITK.sh

   1 # ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Santé)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 #
   7 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
   8 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
   9 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  10 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  11 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  12 #  or in the file LICENSE.txt.
  13 #
  14 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  15 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  16 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  17 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  18 #  liability.
  19 #
  20 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  21 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  22 # ------------------------------------------------------------------------
  23
  24
  25 #!/bin/bash
  26
  27  echo  "in ThirdParty-install-ITK.sh, source " $PWD/scripts/CreaTools-configure.sh
  28  if [ ! -f $PWD/scripts/CreaTools-configure.sh ]
  29  then
  30    echo
  31    echo "..ERROR.."
  32    echo "==================================================="
  33    echo "REMEMBER !"
  34    echo ""
  35    echo "YOU NEED TO RUN 'Configure' (0) First !"
  36    echo "==================================================="
  37    echo
  38    echo
  39    exit 0
  40 fi
  41 echo $PWD/scripts/CreaTools-configure.sh
  42 echo --- beg
  43 more $PWD/scripts/CreaTools-configure.sh
  44 echo --- end
  45 source $PWD/scripts/CreaTools-configure.sh
  46
  47    echo "------"
  48    echo $PWD/scripts/CreaTools-configure.sh
  49    echo --generationdir--
  50    echo $generationdir
  51    echo --docgeneration--
  52    echo $docgeneration
  53    echo --installPrefix--
  54    echo $installPrefix
  55    echo --installPrefixThird--
  56    echo $installPrefixThird
  57    echo --buildType--
  58    echo $buildType
  59    echo --gdcmVersion--
  60    echo $gdcmVersion
  61    echo --ITKVersion--
  62    echo $ITKVersion
  63 #   echo --sourcesFrom--
  64 #   echo $sourcesFrom
  65 #   echo --scriptDir--
  66 #   echo $scriptDir
  67 #   echo --start_point--
  68 #   echo $start_point
  69    echo "------"
  70
  71  if [ $OperatingSystem = "MacOS" ]
  72  then
  73     # Itk is all ready installed with the macport mechanism
  74     exit 0
  75  fi
  76
  77
  78
  79
  80 #EED 2017-03-24
  81   source $PWD/scripts/LocalFunctions.sh
  82   if [ `getDistrib` == "CentOS" ] && [ `getKernelVersion` < "2.6.34" ]
  83   then
  84         stdCompiler=c++98
  85   else
  86         stdCompiler=c++11
  87   fi
  88
  89
  90
  91 scriptDir=$PWD
  92 sourcesDir=$generationdir/thirdparty_sources
  93 binDir=$generationdir/thirdparty_bin
  94 #EED itkfile=InsightToolkit-3.20.0.patchCreatis.tar.gz
  95
  96 if [ ! -e $generationdir ]
  97 then
  98    mkdir -p $generationdir
  99    chown -R $loginUserName  $generationdir
 100    chgrp -R $loginGroupName $generationdir
 101
 102 fi
 103 if [ ! -e $sourcesDir ]
 104 then
 105    mkdir -p $sourcesDir
 106    #was : (pb on MacOS?)
 107    #chown -R $loginUserName:$loginGroupName $sourcesDir
 108    chown -R $loginUserName  $sourcesDir
 109    chgrp -R $loginGroupName $sourcesDir
 110 fi
 111
 112 if [ ! -e $binDir ]
 113 then
 114    mkdir -p $binDir
 115    chown -R $loginUserName  $binDir
 116    chgrp -R $loginGroupName $binDir
 117 fi
 118
 119   echo "we remove old stuff"
 120   if [ $ITKVersion = ITK3 ]
 121   then
 122      rm -rf $sourcesDir/InsightToolkit*
 123      rm -rf $binDir/InsightToolkit*
 124   else
 125      rm -rf $sourcesDir/ITK*
 126      rm -rf $binDir/ITKt*
 127   fi
 128   cd $sourcesDir
 129
 130  echo "we download new stuff"
 131   if [ $ITKVersion = ITK3 ]
 132   then
 133      # deal with ITK3
 134      #EED itkfile=InsightToolkit-3.20.0.patchCreatis.tar.gz
 135      #EED libname=InsightToolkit-3.20.0
 136
 137      #EED itkfile=InsightToolkit-3.20.1.tar.gz
 138      #EED libname=InsightToolkit-3.20.1
 139
 140      itkfile=InsightToolkit-3.20.1-patchCreatis.tgz
 141      libname=InsightToolkit-3.20.1-patchCreatis
 142
 143   else
 144     # deal with ITK4
 145     itkfile=InsightToolkit-4.13.1.zip
 146     libname=InsightToolkit-4.13.1
 147   fi
 148
 149   if [ $OperatingSystem = "MacOS" ]
 150     then
 151       curl -O http://www.creatis.insa-lyon.fr/~davila/creatools_back_site/crea_ThirdParty_Libraries/source/$itkfile
 152   else
 153 ##EED19mai2015      wget http://www.creatis.insa-lyon.fr/software/public/creatools/crea_ThirdParty_Libraries/source/$itkfile
 154       wget http://www.creatis.insa-lyon.fr/~davila/creatools_back_site/crea_ThirdParty_Libraries/source/$itkfile
 155 ##  tar -xzvf $itkfile
 156   fi
 157
 158   unzip  $itkfile
 159
 160
 161 #fi # JPR ------------1
 162
 163 #if [ $buildType = "Debug" ]
 164 #then
 165 #   debug="ON"
 166 #else
 167 #   debug="OFF"
 168 #fi
 169
 170 # the following stupid test is used at debug time; Please don't remove!
 171 #if [ true = false ]
 172 if [ true = true ]
 173 then
 174
 175   dirInstall=$binDir/$libname-Bin
 176   export ITK_DIR=$installPrefixThird/lib/InsightToolkit/
 177   mkdir -p $dirInstall
 178   cd $dirInstall
 179
 180   cmake -G"Unix Makefiles" -H$sourcesDir/$libname -B$dirInstall/
 181   ##cmake -G"CodeBlocks - Unix Makefiles" -H$sourcesDir/$libname -B$dirInstall/
 182   cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=$buildType -D CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=$installPrefixThird CMakeCache.txt
 183
 184   cmake -D BUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON -D BUILD_EXAMPLES:BOOL=OFF -D BUILD_TESTING:BOOL=OFF CMakeCache.txt
 185   if [ $ITKVersion = ITK3 ]
 186   then
 187     cmake -D ITK_USE_REVIEW:BOOL=ON CMakeCache.txt
 188   fi
 189
 190   if [ $ITKVersion = ITK4 ]
 191   then
 192
 193 ##EED ITK4.0
 194 #     cmake -D ITKV3_COMPATIBILITY:BOOL=ON -D ITKGroup_Nonunit:BOOL=ON -D  ITKGroup_IO:BOOL=ON  -D Module_ITK-Deprecated:BOOL=ON -D Module_ITK-Review:BOOL=ON  CMakeCache.txt
 195
 196 ##EED ITK4.12
 197 # -D ITK_USE_SYSTEM_GDCM=ON
 198      cmake -D ITKV3_COMPATIBILITY:BOOL=ON -D Module_ITKReview:BOOL=ON  CMakeCache.txt
 199
 200   fi
 201   cmake -D CMAKE_CXX_FLAGS:STRING=-std=${stdCompiler} CMakeCache.txt
 202
 203   #uncomment following line if you want to use the bleeding edge of GDCM2!
 204   #cmake -D ITK_USE_SYSTEM_GDCM:BOOL=ON CMakeCache.txt
 205   cmake CMakeCache.txt
 206   make -j $corenumber
 207   make -j $corenumber install
 208   cd ..
 209 fi