ReorganiseFiles.py

   1 # Rename the dcm extension files of a given directory according
   2 # to series and image number information extracted in each respective header.
   3
   4 from gdcmPython import *
   5 import glob
   6 import os
   7 import sys
   8
   9 def PrintUsage():
  10    print "Usage: python ReorganiseFiles.py <SourceDirectory>"
  11    print "       <SourceDirectory> is the directory containing the source"
  12    print "                         images (defaulted to invocation directory."
  13
  14 def Warning(DirName):
  15    print "Warning: this script will rename files in the"
  16    print "        ", DirName, " directory."
  17    a = raw_input("Proceed ?[y/n]")
  18    if a != "y":
  19       sys.exit()
  20
  21 try:
  22    SourceDirectory = sys.argv[1]
  23 except IndexError:
  24    SourceDirectory = os.getcwd()
  25
  26 if not os.path.isdir(SourceDirectory):
  27    PrintUsage
  28 Warning(SourceDirectory)
  29 SourceFiles=glob.glob(os.path.join(SourceDirectory, "*.dcm"))
  30
  31 for file in SourceFiles:
  32    header = gdcmHeader(file)
  33    info = header.GetEntry()
  34    try:
  35       ImNum = info["Image Number"]
  36       if len(ImNum) == 0 or ImNum == "gdcm::Unfound":
  37          raise KeyError
  38    except KeyError:
  39       print "Skipped file ", file, " (unfound Image Number tag)."
  40       continue
  41    try:
  42       SeNum = info["Series Number"]
  43       if len(SeNum) == 0 or SeNum == "gdcm::Unfound":
  44          raise KeyError
  45    except KeyError:
  46       print "Skipped file ", file, " (unfound Series Number tag)."
  47       continue
  48    DestFile = "image_%02d_%04d.dcm"
  49    DestFile %= (int(info["Image Number"]), int(info["Series Number"]))
  50    DestFile = os.path.join(SourceDirectory, DestFile)
  51    # necessary to close the file descriptor to enable further rename.
  52    del header
  53    if os.path.isfile(DestFile):
  54       print "Skipped file ", file, " (allready existing destination"
  55       print "     file ", DestFile
  56       continue
  57    os.rename(file, DestFile)